Eric RIVALS

Eric Rivals

Building : 5 R+1 Nord

Office : 02/165

Phone : 04 67 41 86 64

Fax : 04 67 41 85 00

Email : Eric.Rivals@lirmm.fr

Web site : E. Rivals Homepage

Status : Permanent

Recherche en bioinformatique, algorithmique et génomique.

Responsabilités

  • Responsable de la plateforme de Bioinformlatique ATGC
  • Directeur de l'Instititut de Biologie Computationnelle
  • Directeur du GdR de Bioinformatique Moléculaire de 2010-2015

Thèmes de recherche

Algorithmique

Je m'intéresse aux questions liés à l'algorithmique du texte, des mots, des séquences,

  • Calcul de plus courtes superchaînes: Comment fusionner des mots (c-à-d. des chaînes de caractères) selon leur chevauchement pour crééer des superchaînes qui les contiennent, avec l'objectif de minimiser la longueur de cette  superchaînes ?
  • Calcul de plus longues sous-séquences communes
  • Recherche de plusieurs mots dans un texte
  • Indexation de mots, de textes.

Bioinformatique

Pour étudier les génomes, et toutes les molécules qui en dérivent, les biologistes utilisent le séquençage à haut débit (SHD). L'analyse des données issues du séquençage à haut débit fournit les questions que j'aborde soit pour l'analyse des génomes, des variations dans les génomes, des ARNs produits par les cellules. Les séquences représentent des molécules et exactement l'enchaînement des briques élémentaires le long de ces chaînes. (On retrouve donc les chaines de caractères des sujets d'algorithmique.) On peut identifier à partir d'un ensemble de séquences obtenues par SHD, par ex. quels sont les gènes activés par les cellules concernées. On pratique alors une analyse bioinformatique qui identifie les différentes formes d'ARN messager présents dans les cellules. Nous concevons des algorithmes et implantons de logiciels pour de telles analyses.

  • Contrôle exercée par les ribosomes des cellules lors de la traduction des ARN en protéines (cf. projet FRM).
  • Correction d'erreur pour les séquençeurs de troisième génération. Voir par exemple l'algorithmique et logiciel LoRDEC.

 

Correction de longues séquences (long reads) sur les chemins d'un graphe de De Bruijn

  Figure : Illustration de l'algorithme de LoRDEC: Figure d'un graphe de De Bruijn sur lequel les longues séquences sont alignées et corrigées.

Génomique

J'applique les méthodes développées en recherche bioinformatique sur des données réelles issues de projets de biologie moléculaire, ou évolutive. Certains types de séquences exigent des algorithmes et outils spécifiques comme les répétitions en tandem.

  • Analyse des variants ADN du gène PRDM9 responsable des recombinaison chez la souris (avec l'Institut de Génomique Humaine, Montpellier),
  • ADN issus de prélèvements paléogénomiques en Yakoutie, une région de Sibérie orientale (voir publication Keyser et al. 2015)
  • Protéines PPR des génomes de plantes (voir publication Rivals et al. Plant Phisiology 2006)

Ci dessous un exemple d'analyse des variants de minisatellites de souris. Les séquences de minisatellite MMS30 chez 115 souris provenant de toutes les régions de la planète. Un arbre évolutif issu de nos comparaisons de ces séquences.On voit que les sous espèces de souris sont bien séparées dans l'arbre (selon ce marqueur évolutif).

Séquences du minisatellite MMS30 chez 115 souris

Séquences du minisatellite MMS30 chez 115 souris. Alignement produit par notre logiciel MS_Align (Bérard et Rivals 2003).

Arbre évolutif du minisatellite MMS30 chez les populations de souris commune

Abre évolutif obtenu à partir des alignements de séquences duminisatellite MMS30 du génome de souris commune.

Projets

  • Projet étendard du Labex Numev, "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression", porteur adjoint Prof. J. Palmeri, 2016-2019.
  • Institut Français de Bioinformatique (IFB), projet CORGEN, (2016-2018), "Correction de longues lectures"
  • Institut de Biologie Computationnelle (2012-17), responsable du Workpackage 1/5 "Bioinformatics for High Throughpout Sequencing"
  • Projet Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) 2014-2017 avec J. Pannequin de l'Institut de Génomique Fonctionelle de Montpellier
  • Défi "Big Data" MASTODONS (2012-16), projet SeqPheHD++ comportant 5 labos français;
  • ANR blanche "Colib'read" (2013-16), responsable pour l'équipe du LIRMM;
  • France Génomique, co-responsable du Workpackage 2.5 "Transcriptome" (2013-2016) avec D. Gautheret d'Orsay.

Tags

recherche, bioinformatique, algorithmique, biologie, génomique, services, plateforme

Last update on 07/03/2017