Notre objectif est de développer des algorithmes et des méthodes pour la biologie moléculaire. D’une manière générale, nous visons l’exploitation des données produites par la biologie à grande échelle, qu’il s’agisse de génomes, de transcriptomes (puces à ADN ou séquences), d’interactomes ou de protéomes. Des avancées méthodologiques sont indispensables pour traiter ces problèmes de manière pertinente et efficace ; en retour, celles-ci sont à l’origine de problèmes de méthodes d’intérêt général.

Les champs d’investigation méthodologiques et les outils sont liés aux domaines suivants :
  algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation,
  statistiques, probabilités, apprentissage, analyse de données, classification.

Les applications biologiques essentielles sont :
  phylogénie et phylogénomique, modèles d’évolution, arbre de la vie, biodiversité,
  génomique comparative, réarrangements génomiques, cancer,
  génomique fonctionnelle, transcriptome, protéome, Plasmodium Falciparum (palud),
  évolution des pathogènes, HIV,
  séquencage à très haut débit.