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Conférence du Pr. Susan Holmes - 2015 - September, 8th

Conférence du Pr. Susan Holmes, Mardi 8 septembre 10h30 Amphi 208, SupAgro

Titre : Integration of heterogeneous data in a longitudinal context: examples of the analyses of the microbiome under perturbation.

Susan Holmes est professeur de statistique au département Statistics de l’Université de Stanford et membre de BioX (http://statweb.stanford.edu/~susan/ ). Elle présentera une partie de ses travaux de recherche, résumée ci-après, lors d’une conférence financée par le Labex Numev :

The human microbiome is a complex assembly of bacteria that are sensitive to many perturbations.

We have developed specific tools for studying the vaginal, intestinal and oral microbiomes under different perturbations (pregnancy, chemically induced hypo-salivation and antibiotics are some examples).

A suite of statistical tools written in R based on Bioconductor packages (phyloseq and DADA2) allow denoising, normalization, visualization and statistical testing of the longitudinal multi-table data composed of 16sRNA reads combined with clinical data, transcriptomic and metabolomic profiles. Challenges we have had to address include information leaks, the heterogeneity of the data, multiplicity of choices during the analyses and validation of results. Our tools allow us to provide a reproducible research workflow for the analysis of bacterial communities relevant for predicting preterm birth and resilience after perturbations.

Cette conférence sera suivie pour ceux que cela intéresse par une séance de travail l’après-midi sur l’enseignement de la Data Science en salle 9/306 (SupAgro) à partir de 14h. Le nombre de places étant limité pour la séance de travail, merci de vous pré-inscrire auprès de Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. si vous êtes intéressé(e).