| Titre : | Visualisation d'Information : Dessin, Indices Structuraux et Navigation. Applications aux Réseaux Biologiques et aux Réseaux Sociaux | | Type de document : | texte imprimé | | Auteurs : | F. JOURDAN, Auteur | | Année de publication : | 2004 | | Langues : | Français (fre) | | Tags : | VISUALISATION D'INFORMATION BASE DE DONNEES RELATIONNELLES MISE A L'ECHELLE DE DONNEES MULTIDIMENSIONNELLES (MDS) DESSIN DE GRAPHES NAVIGATION DE GRAPHES VOIES METABOLIQUES GRAPHES PETITS MONDES STRUCTURE MULTI-ECHELLE FS : VISUALISATION D'INFORMATION DONNEES RELATIONNELLES MISE A L'ECHELLE DE DONNEES MULTIDIMENSIONNELLES (MDS) DESSIN DE GRAPHES NAVIGATION DE GRAPHES VOIES METABOLIQUES GRAPHES PETITS MONDES STRUCTURE MULTI-ECHELLE INFORMATION VISUALIZATION RELATIONAL DATA MULTIDIMENSIONAL SCALING (MDS) GRAPH DRAWING GRAPH NAVIGATION METABOLIC PATHWAYS SMALL WORLD NETWORKS MULTISCALE STRUCTURES | | Index. décimale : | THE Thèses de doctorat | | Résumé : | Cette thèse présente la visualisation d'information en s'attachant au processus de conception d'un outil de visualisation. Ce processus peut être divisé en trois étapes : le prétraitement, la représentation et la navigation. Pour chacune de ces étapes je propose de nouvelles approches pour la visualisation des réseaux biologiques, réseaux sociaux et réseaux utilisés en génie logiciel. La première étape, dite de prétraitement, consiste à identifier des méthodes de représentation et de navigation, en fonction de la tâche que souhaite réaliser l'utilisateur. D'autre part, les données, nécessaires pour cette visualisation, sont organisées pour faciliter les étapes de représentation et de navigation. Dans ce manuscrit nous traitons principalement deux structures de données : les données relationnelles et les données multidimensionnelles. Ce travail d'analyse du problème a été particulièrement important pour le problème biologique de la visualisation de données d'expression dans le cadre du métabolisme. La représentation permet d'analyser la donnée, même si celle-ci comporte de nombreux éléments. Dans cette thèse je présente des algorithmes de dessin (représentation), notamment un algorithme, semi-automatique, de dessin des voies métaboliques, ainsi qu'un algorithme de représentation des données multidimensionnelles. Ce dernier est plus rapide que les versions précédentes, tout en proposant un dessin d'une qualité équivalente. La visualisation d'information apporte de l'interactivité aux représentations. Cette interactivité permet d'agir sur la représentation, de la modifier, pour préciser la recherche d'information. Je présente des méthodes de navigation des réseaux, d'une part, pour visualiser les indices structuraux associés à un réseau et d'autre part, pour visualiser la structure multi-échelle des réseaux sociaux et du génie logiciel.
The thesis is focused on Information Visualization and adopts a perspective following the main steps in the design process of Information Visualization tools or systems. Roughly speaking, this process can be divided into three steps : data pre-processing, choice of graphical representations and navigational issues. Our contributions concern all of these subprocesses and relate to different application domains : networks arising in molecular biology, social networks and networks occuring in software re-engineering. The first step, we call data pre-processing, is concerned with the tasks a user wishes to conduct on the data. At this step, existing representations and means of navigation may emerge and influence both the organisation of the data and the design of graphical (and computerized) representations and navigational tools to come. The thesis is mostly concerned with relational data. The graphical representation of the data enables its analysis, even when dealing with a very large data set. Part of our work has been devoted to drawing algorithms, and we shall describe a semi-automatic algorithm helping the visualization of metabolic pathways. Information Visualization adds interactivity to already relevant graphical representations. Interactivity enables to act on the data underlying the view, modifying and updating it, as well as acting on the view to further explore the information space. We will describe navigation methods relevant when dealing with networks, focused on structural properties of the network on the one hand, as well as on the multiscale nature of social networks and those emerging from software re-engineering. | | Directeur(s) de thèse : | MELANCON G. | | Co-directeur(s) de thèse : | MARTI J. | | Président du jury : | DELEST M. | | Rapporteur(s) : | MUNZNER T.;DE DARUVAR A. | | Examinateur(s) : | MOLINA F.;GASCUEL O. | | Date de soutenance : | 07/12/2004 |
Visualisation d'Information : Dessin, Indices Structuraux et Navigation. Applications aux Réseaux Biologiques et aux Réseaux Sociaux [texte imprimé] / F. JOURDAN, Auteur . - 2004. Langues : Français ( fre) | Tags : | VISUALISATION D'INFORMATION BASE DE DONNEES RELATIONNELLES MISE A L'ECHELLE DE DONNEES MULTIDIMENSIONNELLES (MDS) DESSIN DE GRAPHES NAVIGATION DE GRAPHES VOIES METABOLIQUES GRAPHES PETITS MONDES STRUCTURE MULTI-ECHELLE FS : VISUALISATION D'INFORMATION DONNEES RELATIONNELLES MISE A L'ECHELLE DE DONNEES MULTIDIMENSIONNELLES (MDS) DESSIN DE GRAPHES NAVIGATION DE GRAPHES VOIES METABOLIQUES GRAPHES PETITS MONDES STRUCTURE MULTI-ECHELLE INFORMATION VISUALIZATION RELATIONAL DATA MULTIDIMENSIONAL SCALING (MDS) GRAPH DRAWING GRAPH NAVIGATION METABOLIC PATHWAYS SMALL WORLD NETWORKS MULTISCALE STRUCTURES | | Index. décimale : | THE Thèses de doctorat | | Résumé : | Cette thèse présente la visualisation d'information en s'attachant au processus de conception d'un outil de visualisation. Ce processus peut être divisé en trois étapes : le prétraitement, la représentation et la navigation. Pour chacune de ces étapes je propose de nouvelles approches pour la visualisation des réseaux biologiques, réseaux sociaux et réseaux utilisés en génie logiciel. La première étape, dite de prétraitement, consiste à identifier des méthodes de représentation et de navigation, en fonction de la tâche que souhaite réaliser l'utilisateur. D'autre part, les données, nécessaires pour cette visualisation, sont organisées pour faciliter les étapes de représentation et de navigation. Dans ce manuscrit nous traitons principalement deux structures de données : les données relationnelles et les données multidimensionnelles. Ce travail d'analyse du problème a été particulièrement important pour le problème biologique de la visualisation de données d'expression dans le cadre du métabolisme. La représentation permet d'analyser la donnée, même si celle-ci comporte de nombreux éléments. Dans cette thèse je présente des algorithmes de dessin (représentation), notamment un algorithme, semi-automatique, de dessin des voies métaboliques, ainsi qu'un algorithme de représentation des données multidimensionnelles. Ce dernier est plus rapide que les versions précédentes, tout en proposant un dessin d'une qualité équivalente. La visualisation d'information apporte de l'interactivité aux représentations. Cette interactivité permet d'agir sur la représentation, de la modifier, pour préciser la recherche d'information. Je présente des méthodes de navigation des réseaux, d'une part, pour visualiser les indices structuraux associés à un réseau et d'autre part, pour visualiser la structure multi-échelle des réseaux sociaux et du génie logiciel.
The thesis is focused on Information Visualization and adopts a perspective following the main steps in the design process of Information Visualization tools or systems. Roughly speaking, this process can be divided into three steps : data pre-processing, choice of graphical representations and navigational issues. Our contributions concern all of these subprocesses and relate to different application domains : networks arising in molecular biology, social networks and networks occuring in software re-engineering. The first step, we call data pre-processing, is concerned with the tasks a user wishes to conduct on the data. At this step, existing representations and means of navigation may emerge and influence both the organisation of the data and the design of graphical (and computerized) representations and navigational tools to come. The thesis is mostly concerned with relational data. The graphical representation of the data enables its analysis, even when dealing with a very large data set. Part of our work has been devoted to drawing algorithms, and we shall describe a semi-automatic algorithm helping the visualization of metabolic pathways. Information Visualization adds interactivity to already relevant graphical representations. Interactivity enables to act on the data underlying the view, modifying and updating it, as well as acting on the view to further explore the information space. We will describe navigation methods relevant when dealing with networks, focused on structural properties of the network on the one hand, as well as on the multiscale nature of social networks and those emerging from software re-engineering. | | Directeur(s) de thèse : | MELANCON G. | | Co-directeur(s) de thèse : | MARTI J. | | Président du jury : | DELEST M. | | Rapporteur(s) : | MUNZNER T.;DE DARUVAR A. | | Examinateur(s) : | MOLINA F.;GASCUEL O. | | Date de soutenance : | 07/12/2004 |
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