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9 résultat(s) recherche sur le tag 'bioinformatique'
Affiner la recherche Interroger des sources externesBio-Informatique / Denis Tagu
Titre : Bio-Informatique Titre original : Principes d'Utilisation des Outils Type de document : texte imprimé Auteurs : Denis Tagu, Auteur ; Jean-Loup Risler, Auteur Editeur : Editions Quae Année de publication : 2010 Importance : 270 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-2-7592-0870-8 Langues : Anglais (eng) Tags : Bioinformatique Outils Fiches Pratiques Banque de Données, Alignement Séquences Génomes,Transcriptome Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Bio-Informatique = Principes d'Utilisation des Outils [texte imprimé] / Denis Tagu, Auteur ; Jean-Loup Risler, Auteur . - [S.l.] : Editions Quae, 2010 . - 270 p.
ISBN : 978-2-7592-0870-8
Langues : Anglais (eng)
Tags : Bioinformatique Outils Fiches Pratiques Banque de Données, Alignement Séquences Génomes,Transcriptome Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15305 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Vincent Berry
Sorti jusqu'au 08/03/2013
Titre : Computational Molecular Evolution Type de document : texte imprimé Auteurs : Ziheng Yang, Auteur Editeur : Oxford University Press Année de publication : 2010 Importance : 357 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-19-856699-1 Langues : Anglais (eng) Tags : bioinformatique évolution moléculaire méthodes analytiques vraisemblance Monte Carlo Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Computational Molecular Evolution [texte imprimé] / Ziheng Yang, Auteur . - [S.l.] : Oxford University Press, 2010 . - 357 p.
ISBN : 978-0-19-856699-1
Langues : Anglais (eng)
Tags : bioinformatique évolution moléculaire méthodes analytiques vraisemblance Monte Carlo Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15176 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012
Titre : Phylogenetic Networks Type de document : texte imprimé Auteurs : Daniel H. Huson, Auteur ; Regula Rupp, Auteur ; Céline SCORNAVACCA, Auteur Editeur : Cambridge University Press Année de publication : 2010 Importance : 362 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-521-75596-2 Langues : Anglais (eng) Tags : bioinformatique algorithmique phylogénie réseaux phylogénétiques Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Phylogenetic Networks [texte imprimé] / Daniel H. Huson, Auteur ; Regula Rupp, Auteur ; Céline SCORNAVACCA, Auteur . - [S.l.] : Cambridge University Press, 2010 . - 362 p.
ISBN : 978-0-521-75596-2
Langues : Anglais (eng)
Tags : bioinformatique algorithmique phylogénie réseaux phylogénétiques Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15179 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012
Titre : The Phylogenetic Handbook : Second Edition Titre original : A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing Type de document : texte imprimé Auteurs : Philippe Lemey, Auteur ; Marco Salemi, Auteur ; Anne-Mieke Vandamme, Auteur Editeur : Cambridge University Press Année de publication : 2011 Importance : 723 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-521-73071-6 Langues : Anglais (eng) Tags : bioinformatique phylogénie évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance,inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine The Phylogenetic Handbook = A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing : Second Edition [texte imprimé] / Philippe Lemey, Auteur ; Marco Salemi, Auteur ; Anne-Mieke Vandamme, Auteur . - [S.l.] : Cambridge University Press, 2011 . - 723 p.
ISBN : 978-0-521-73071-6
Langues : Anglais (eng)
Tags : bioinformatique phylogénie évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance,inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15177 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 15178 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 15186 Papier OUVRAGES GENERALITES Disponible
Titre : Combinatorics of Genome Rearrangements Type de document : texte imprimé Auteurs : G. FERTIN, Auteur ; A. LABARRE, Auteur ; I. RUSU, Auteur ; E. TANNIER, Auteur ; S. VIALETTE, Auteur Editeur : MIT Press Année de publication : 2009 Importance : 288 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-262-06282-4 Langues : Inconnue (und) Tags : COMBINATOIRE GÉNOMES BIOINFORMATIQUE Index. décimale : I1 I1 - Informatique Théorique Combinatorics of Genome Rearrangements [texte imprimé] / G. FERTIN, Auteur ; A. LABARRE, Auteur ; I. RUSU, Auteur ; E. TANNIER, Auteur ; S. VIALETTE, Auteur . - [S.l.] : MIT Press, 2009 . - 288 p.
ISBN : 978-0-262-06282-4
Langues : Inconnue (und)
Tags : COMBINATOIRE GÉNOMES BIOINFORMATIQUE Index. décimale : I1 I1 - Informatique Théorique Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité I1 / 13797 Papier OUVRAGES INFORMATIQUE Emprunté par: Philippe Gambette
Sorti jusqu'au 26/02/2011
Titre : Comparaison de Séquences Répétées en Tandem et Application à la Génétique Type de document : texte imprimé Auteurs : S. BERARD, Auteur Année de publication : 2003 Langues : Français (fre) Tags : ALIGNEMENT BIOINFORMATIQUE GRAPHE DE CHEVAUCHEMENT ALIGNEMENT BIOINFORMATIQUE GRAPHE DE CHEVAUCHEMENT MINISATELLITE SEQUENCE REPETEE EN TANDEM ALIGNMENT BIOINFORMATICS MINISATELLITE OVERLAP GRAPH TANDEM REPEAT Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cette thèse, nous traitons le problème de la comparaison de séquences répétées en tandem sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, nous nous intéressons au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, nous considérons l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est l'événement inverse. L'amplification (resp. la contraction) est dite " n-aire d'ordre m ", si elle copie (resp. retire) m motif(s) n fois. Nous proposons une méthode donnant un score d'alignement, qui est une métrique, entre deux séquences répétées en tandem, sous un modèle comprenant les cinq opérations précédemment citées où l'amplification et la contraction sont unaires d'ordre 1. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de l'algorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. À l'aide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif s'applique bien à ce type de séquences d'ADN. Nous avons construit à partir de nos résultats des arbres phylogénétiques semblables à ceux obtenus grâce à d'autres marqueurs du chromosome Y indépendants de MSY1, nos arbres offrent une meilleure résolution. Une partie de cette thèse est consacrée au problème général où nous relaxons les contraintes sur les amplifications et contractions.
Tandem repeats consists of a heterogeneous tandem array of a repeat unit. Microsatellites and minisatellites belong to this class of genetic sequences. In this thesis, we deal with the problem of alignment of tandem repeats under a specific evolutionary model. This model, termed sse, involves 5 operations : mutation, insertion and deletion (the classical operations in string alignment) plus tandem amplification and tandem contraction. An amplification duplicates a character to produce an identical character next to it. Contraction removes a character if and only if it is next to an identical character. The amplification (resp. contraction) is said "of arity n and order m" if it copies (resp. deletes) m motifs n times. We propose an algorithm to compute the distance between two tandem repeats under the SSe model where amplifications and contractions are of arity 1 and order 1. This problem is difficult because of the non-commutativity of operations. We have integrated our algorithm in a software named MS Align. It is the first software to align minisatellites maps. We have study biological data from human minisatellite MSY1. Our evolutionary model well fit this kind of DNA sequences. We have construct phylogenetic trees similar to those constructed with other markers on Y chromosome. We observed that our tree shows a better resolution. A part of this thesis is devoted to the general problem obtained when relaxing the constraints on amplifications and contractions.Directeur(s) de thèse : GASCUEL O. Co-directeur(s) de thèse : RIVALS E. Président du jury : HABIB M. Rapporteur(s) : SAGOT M.F.;DENISE A.;VERGNAUD G. Invité(s) : CROCHEMORE M. Date de soutenance : 05/12/2003 Comparaison de Séquences Répétées en Tandem et Application à la Génétique [texte imprimé] / S. BERARD, Auteur . - 2003.
Langues : Français (fre)
Tags : ALIGNEMENT BIOINFORMATIQUE GRAPHE DE CHEVAUCHEMENT ALIGNEMENT BIOINFORMATIQUE GRAPHE DE CHEVAUCHEMENT MINISATELLITE SEQUENCE REPETEE EN TANDEM ALIGNMENT BIOINFORMATICS MINISATELLITE OVERLAP GRAPH TANDEM REPEAT Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cette thèse, nous traitons le problème de la comparaison de séquences répétées en tandem sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, nous nous intéressons au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, nous considérons l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est l'événement inverse. L'amplification (resp. la contraction) est dite " n-aire d'ordre m ", si elle copie (resp. retire) m motif(s) n fois. Nous proposons une méthode donnant un score d'alignement, qui est une métrique, entre deux séquences répétées en tandem, sous un modèle comprenant les cinq opérations précédemment citées où l'amplification et la contraction sont unaires d'ordre 1. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de l'algorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. À l'aide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif s'applique bien à ce type de séquences d'ADN. Nous avons construit à partir de nos résultats des arbres phylogénétiques semblables à ceux obtenus grâce à d'autres marqueurs du chromosome Y indépendants de MSY1, nos arbres offrent une meilleure résolution. Une partie de cette thèse est consacrée au problème général où nous relaxons les contraintes sur les amplifications et contractions.
Tandem repeats consists of a heterogeneous tandem array of a repeat unit. Microsatellites and minisatellites belong to this class of genetic sequences. In this thesis, we deal with the problem of alignment of tandem repeats under a specific evolutionary model. This model, termed sse, involves 5 operations : mutation, insertion and deletion (the classical operations in string alignment) plus tandem amplification and tandem contraction. An amplification duplicates a character to produce an identical character next to it. Contraction removes a character if and only if it is next to an identical character. The amplification (resp. contraction) is said "of arity n and order m" if it copies (resp. deletes) m motifs n times. We propose an algorithm to compute the distance between two tandem repeats under the SSe model where amplifications and contractions are of arity 1 and order 1. This problem is difficult because of the non-commutativity of operations. We have integrated our algorithm in a software named MS Align. It is the first software to align minisatellites maps. We have study biological data from human minisatellite MSY1. Our evolutionary model well fit this kind of DNA sequences. We have construct phylogenetic trees similar to those constructed with other markers on Y chromosome. We observed that our tree shows a better resolution. A part of this thesis is devoted to the general problem obtained when relaxing the constraints on amplifications and contractions.Directeur(s) de thèse : GASCUEL O. Co-directeur(s) de thèse : RIVALS E. Président du jury : HABIB M. Rapporteur(s) : SAGOT M.F.;DENISE A.;VERGNAUD G. Invité(s) : CROCHEMORE M. Date de soutenance : 05/12/2003 Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité THE-03 / 9925 Papier THESES INFORMATIQUE Disponible Documents numériques
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Titre : Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire Type de document : texte imprimé Auteurs : G. PERRIERE, Auteur ; Céline Brochier-Armanet, Auteur Editeur : Springer Année de publication : 2010 Importance : 250 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-2-287-99047-2 Langues : Anglais (eng) Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire [texte imprimé] / G. PERRIERE, Auteur ; Céline Brochier-Armanet, Auteur . - [S.l.] : Springer, 2010 . - 250 p.
ISBN : 978-2-287-99047-2
Langues : Anglais (eng)
Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15175 CD OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012
Titre : Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach Type de document : texte imprimé Auteurs : R.D.M. PAGE, Auteur ; E.C. HOLMES, Auteur Editeur : Blackwell Scientific Publication Année de publication : 2000 Langues : Inconnue (und) Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évoluation gène arbre population inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach [texte imprimé] / R.D.M. PAGE, Auteur ; E.C. HOLMES, Auteur . - [S.l.] : Blackwell Scientific Publication, 2000.
Langues : Inconnue (und)
Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évoluation gène arbre population inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15174 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 7048 Papier OUVRAGES GENERALITES Disponible
Titre : Mutaliser et Partager, un Défi pour la Génomique Fonctionnelle Végétale Type de document : texte imprimé Auteurs : Pierre LARMANDE, Auteur Année de publication : 2007 Langues : Français (fre) Tags : GENOMIQUE FONCTIONNELLE VEGETALE INTEGRATION MEDIATION SERVICES WEB BIOMOBY LE SELECT BIOINFORMATIQUE Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre des problématiques d'intégration de données hétérogènes en génomique fonctionnelle végétale. La génomique fonctionnelle se définit en biologie comme un cadre dans lequel plusieurs disciplines et techniques participent à la découverte de la fonction des gènes. Elle génère un volume important de données que les scientifiques gèrent de manières diverses. Or de nombreuses sources de données, qu'elles soient complémentaires ou chevauchantes, sont nécessaires pour enrichir les informations sur la fonction des gènes. Le problème est qu'elles sont stockées de manière distribuées, autonomes avec plusieurs niveaux d'hétérogénéité, laissant le biologiste chercher l'information et intégrer les résultats manuellement. L'objectif de cette thèse est de permettre aux scientifiques d'accéder de manière transparente aux informations issues de plusieurs sources de données de génomique fonctionnelle. Pour cela nous nous proposons d'aborder deux approches afin d'en évaluer les avantages et les inconvénients. Premièrement nous proposons l'intégration de sources à travers l'adaptation d'un système de médiation de données et de programmes : Le Select. Successeur de DISCO, Le Select permet l'intégration de sources de données hétérogènes et distribuées avec un modèle pivot relationnel. Deuxièmement, nous proposons la création d'un environnement utilisateur personnalisé intégrant les sources à travers des enchaînements de services Web. Ce système est basé sur l'application BioMOBY et son annuaire de services bioinformatiques. Pour conclure, fort de l'expérience menée sur l'intégration et le partage, nous proposons une méthodologie adaptée aux besoins d'intégration pour des projets analogues. Directeur(s) de thèse : LIBOUREL T. Co-directeur(s) de thèse : MOUGENOT I.;RUIZ M. Rapporteur(s) : FROIDEVAUX C.;DOUCET A. Examinateur(s) : CAUVET C. Date de soutenance : 20/12/2007 Mutaliser et Partager, un Défi pour la Génomique Fonctionnelle Végétale [texte imprimé] / Pierre LARMANDE, Auteur . - 2007.
Langues : Français (fre)
Tags : GENOMIQUE FONCTIONNELLE VEGETALE INTEGRATION MEDIATION SERVICES WEB BIOMOBY LE SELECT BIOINFORMATIQUE Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre des problématiques d'intégration de données hétérogènes en génomique fonctionnelle végétale. La génomique fonctionnelle se définit en biologie comme un cadre dans lequel plusieurs disciplines et techniques participent à la découverte de la fonction des gènes. Elle génère un volume important de données que les scientifiques gèrent de manières diverses. Or de nombreuses sources de données, qu'elles soient complémentaires ou chevauchantes, sont nécessaires pour enrichir les informations sur la fonction des gènes. Le problème est qu'elles sont stockées de manière distribuées, autonomes avec plusieurs niveaux d'hétérogénéité, laissant le biologiste chercher l'information et intégrer les résultats manuellement. L'objectif de cette thèse est de permettre aux scientifiques d'accéder de manière transparente aux informations issues de plusieurs sources de données de génomique fonctionnelle. Pour cela nous nous proposons d'aborder deux approches afin d'en évaluer les avantages et les inconvénients. Premièrement nous proposons l'intégration de sources à travers l'adaptation d'un système de médiation de données et de programmes : Le Select. Successeur de DISCO, Le Select permet l'intégration de sources de données hétérogènes et distribuées avec un modèle pivot relationnel. Deuxièmement, nous proposons la création d'un environnement utilisateur personnalisé intégrant les sources à travers des enchaînements de services Web. Ce système est basé sur l'application BioMOBY et son annuaire de services bioinformatiques. Pour conclure, fort de l'expérience menée sur l'intégration et le partage, nous proposons une méthodologie adaptée aux besoins d'intégration pour des projets analogues. Directeur(s) de thèse : LIBOUREL T. Co-directeur(s) de thèse : MOUGENOT I.;RUIZ M. Rapporteur(s) : FROIDEVAUX C.;DOUCET A. Examinateur(s) : CAUVET C. Date de soutenance : 20/12/2007 Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité THE-07 / 13437 Non renseigné THESES INFORMATIQUE Disponible
