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Affiner la recherche Interroger des sources externesCodage Indirect de la Forme dans les Systèmes Multi-Agents: Emergence Multi-Niveaux, Evolution et Morphogénèse / Grégory BEURIER
Titre : Codage Indirect de la Forme dans les Systèmes Multi-Agents: Emergence Multi-Niveaux, Evolution et Morphogénèse Type de document : texte imprimé Auteurs : Grégory BEURIER, Auteur Année de publication : 2007 Langues : Français (fre) Tags : SYSTEME MULTI-AGENTS VIE ARTIFICIELLE AUTO-ORGANISATION EMERGENCE MULTI-NIVEAUX EVOLUTION MORPHOGENESE SYSTEMES COMPLEXES Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : La fin du XXème siècle a connu une augmentation drastique de la complexité des systèmes crées de mains d'hommes. Cette nouvelle classe de systèmes met en œuvre des dynamiques qui posent de réels problèmes en termes de compréhension et de conception. Nous nous proposons dans cette thèse d'aborder la thématique de la modélisation et du design de systèmes complexes artificiels du point de vue de la forme. En effet, la forme est dans les systèmes à la fois le support et le moyen d'adaptation de la fonction, il est donc intéressant de pouvoir contrôler ce paramètre lors du développement de systèmes complexes (informatiques, robotiques, etc.). Nous présentons, à cet effet, une approche constructive de la forme. Notre objectif est de développer des modèles comportementaux capables d'inscrire une forme donnée dans la dynamique de systèmes composés d'un grand nombre d'entités autonomes en interaction. Après avoir justifié l'utilisation des systèmes multi-agents (SMA) comme paradigme de modélisation et de simulation, nous présentons deux modèles de SMA capables de produire des formes. Le premier modèle utilise une approche multi-phéromonale pour construire par agrégations des formes émergentes sur plusieurs niveaux. Les agents réagissent à des lois comportementales récursives et s'orientent par des tropismes sur les phéromones, via leurs interactions dans l'environnement. Le second modèle présente une approche morphogénétique pour faire évoluer, au sein d'un SMA, un patrimoine génétique qui code la forme du système. Via l'utilisation d'outils de l'algorithmique évolutionniste et d'un modèle bio-inspiré par le fonctionnement des gènes sélecteurs et de segmentations présents chez les animaux, nous présentons des SMA capables d'évoluer pour apprendre à s'organiser en formes complexes. Nous raffinons ensuite ce modèle pour reproduire la croissance de la forme par agrégation. Nous présentons ensuite la plate-forme de simulation de Vie Artificielle, TurtleKit 2, modifiée et améliorée pour les besoins de cette thèse et nous concluons enfin en exhibant des applications possibles des modèles présentés. Directeur(s) de thèse : FERBER J. Rapporteur(s) : HASSAS S.;CHEVRIER V. Examinateur(s) : BOURGINE P.;MICHEL F.;MULLER J.P.;SIMONIN O. Date de soutenance : 19/12/2007 Codage Indirect de la Forme dans les Systèmes Multi-Agents: Emergence Multi-Niveaux, Evolution et Morphogénèse [texte imprimé] / Grégory BEURIER, Auteur . - 2007.
Langues : Français (fre)
Tags : SYSTEME MULTI-AGENTS VIE ARTIFICIELLE AUTO-ORGANISATION EMERGENCE MULTI-NIVEAUX EVOLUTION MORPHOGENESE SYSTEMES COMPLEXES Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : La fin du XXème siècle a connu une augmentation drastique de la complexité des systèmes crées de mains d'hommes. Cette nouvelle classe de systèmes met en œuvre des dynamiques qui posent de réels problèmes en termes de compréhension et de conception. Nous nous proposons dans cette thèse d'aborder la thématique de la modélisation et du design de systèmes complexes artificiels du point de vue de la forme. En effet, la forme est dans les systèmes à la fois le support et le moyen d'adaptation de la fonction, il est donc intéressant de pouvoir contrôler ce paramètre lors du développement de systèmes complexes (informatiques, robotiques, etc.). Nous présentons, à cet effet, une approche constructive de la forme. Notre objectif est de développer des modèles comportementaux capables d'inscrire une forme donnée dans la dynamique de systèmes composés d'un grand nombre d'entités autonomes en interaction. Après avoir justifié l'utilisation des systèmes multi-agents (SMA) comme paradigme de modélisation et de simulation, nous présentons deux modèles de SMA capables de produire des formes. Le premier modèle utilise une approche multi-phéromonale pour construire par agrégations des formes émergentes sur plusieurs niveaux. Les agents réagissent à des lois comportementales récursives et s'orientent par des tropismes sur les phéromones, via leurs interactions dans l'environnement. Le second modèle présente une approche morphogénétique pour faire évoluer, au sein d'un SMA, un patrimoine génétique qui code la forme du système. Via l'utilisation d'outils de l'algorithmique évolutionniste et d'un modèle bio-inspiré par le fonctionnement des gènes sélecteurs et de segmentations présents chez les animaux, nous présentons des SMA capables d'évoluer pour apprendre à s'organiser en formes complexes. Nous raffinons ensuite ce modèle pour reproduire la croissance de la forme par agrégation. Nous présentons ensuite la plate-forme de simulation de Vie Artificielle, TurtleKit 2, modifiée et améliorée pour les besoins de cette thèse et nous concluons enfin en exhibant des applications possibles des modèles présentés. Directeur(s) de thèse : FERBER J. Rapporteur(s) : HASSAS S.;CHEVRIER V. Examinateur(s) : BOURGINE P.;MICHEL F.;MULLER J.P.;SIMONIN O. Date de soutenance : 19/12/2007 Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité THE-07 / 13440 Non renseigné THESES INFORMATIQUE Disponible
Titre : Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire Type de document : texte imprimé Auteurs : G. PERRIERE, Auteur ; Céline Brochier-Armanet, Auteur Editeur : Springer Année de publication : 2010 Importance : 250 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-2-287-99047-2 Langues : Anglais (eng) Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Concepts et Méthodes en Phylogénie Moléculaire [texte imprimé] / G. PERRIERE, Auteur ; Céline Brochier-Armanet, Auteur . - [S.l.] : Springer, 2010 . - 250 p.
ISBN : 978-2-287-99047-2
Langues : Anglais (eng)
Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15175 CD OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012
Titre : From Hieroglyphics to Isotype : A Visual Autobiography Type de document : texte imprimé Auteurs : Neurath O., Auteur Editeur : Hyphen Press Année de publication : 2010 Importance : 191 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-907259-44-2 Langues : Anglais (eng) Tags : Visualisation rétrospective évolution illustration pictogramme Index. décimale : I10 I10 - Infographie From Hieroglyphics to Isotype : A Visual Autobiography [texte imprimé] / Neurath O., Auteur . - [S.l.] : Hyphen Press, 2010 . - 191 p.
ISBN : 978-0-907259-44-2
Langues : Anglais (eng)
Tags : Visualisation rétrospective évolution illustration pictogramme Index. décimale : I10 I10 - Infographie Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité I10 / 15119 Papier OUVRAGES INFORMATIQUE Emprunté par: Bérenger Arnaud
Sorti jusqu'au 31/10/2011
Titre : Méthodes de Super-Arbres pour la Phylogénomique Type de document : texte imprimé Auteurs : Céline SCORNAVACCA, Auteur Année de publication : 2009 Langues : Français (fre) Tags : INFORMATIQUE BIOLOGIE EVOLUTION ALGORITHMES SUPER-ARBRES Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les relations évolutives entre les espèces peuvent être résumées dans un arbre communément appelé "arbre des espèces". Ces arbres sont principalement estimés en analysant des "arbres de gènes", ie, des arbres évolutifs construits par l'analyse d'une famille de gènes. Toutefois, pour des raisons méthodologiques et biologiques, un arbre de gènes peut différer de l'arbre des espèces. Pour estimer ce dernier, les biologistes analysent plusieurs jeux de données à la fois. Cette thèse se focalise sur l'approche "super-arbre" pour combiner les jeux de données, qui consiste à construire des arbres "sources" à partir de données primaires puis à les assembler en un arbre plus grand. Au sein d'une approche "diviser pour régner" visant à reconstituer l'Arbre de Vie, il est préférable d'utiliser une méthode conservative afin d'obtenir des arbres fiables. Dans ce contexte, une méthode de super-arbre doit afficher seulement des informations présentes ou induites par les arbres sources(propriété d'induction), et qui n'entrent pas en conflit avec ces derniers ou avec une de leurs combinaisons (propriété de non contradiction). Nous avons défini de manière formelle ces deux propriétés (nommées PI et PC) et développé un algorithme permettant de modifier un super-arbre afin qu'il les satisfasse. Nous avons également conçu deux méthodes,PhySIC et PhySIC_IST, qui construisent directement des super-arbres satisfaisant ces deux propriétés. Les événements de duplication aboutissent souvent à la présence de plusieurs copies du même gène dans les génomes. Les arbres de gènes sont donc généralement multi-étiquetés, ie, une seule espèce étiquette plusieurs feuilles. Comme aucune méthode n'existe actuellement pour combiner ces arbres, ils sont ignorés dans un approche super-arbre. Dans cette thèse, nous proposons plusieurs algorithmes pour extraire une quantité maximale de signal de spéciation à partir d'arbres multi-étiquetés. Ce signal est rendu sous la forme d'arbres où chaque espèce n'apparaît qu'une fois, i.e d'arbres que les méthodes de super-arbres savent gérer. En plus de tests sur des données simulées, plusieurs applications sur des données réelles, conduites en collaboration avec des biologistes, ont permis de montrer la pertinence de ces travaux. Directeur(s) de thèse : GASCUEL O. Co-directeur(s) de thèse : BERRY V.;RANWEZ V. Rapporteur(s) : SAGOT M.F.;HUSON D. Examinateur(s) : GRIBALDO S. Date de soutenance : 08/12/2009 Méthodes de Super-Arbres pour la Phylogénomique [texte imprimé] / Céline SCORNAVACCA, Auteur . - 2009.
Langues : Français (fre)
Tags : INFORMATIQUE BIOLOGIE EVOLUTION ALGORITHMES SUPER-ARBRES Index. décimale : THE Thèses de doctorat Résumé : Les relations évolutives entre les espèces peuvent être résumées dans un arbre communément appelé "arbre des espèces". Ces arbres sont principalement estimés en analysant des "arbres de gènes", ie, des arbres évolutifs construits par l'analyse d'une famille de gènes. Toutefois, pour des raisons méthodologiques et biologiques, un arbre de gènes peut différer de l'arbre des espèces. Pour estimer ce dernier, les biologistes analysent plusieurs jeux de données à la fois. Cette thèse se focalise sur l'approche "super-arbre" pour combiner les jeux de données, qui consiste à construire des arbres "sources" à partir de données primaires puis à les assembler en un arbre plus grand. Au sein d'une approche "diviser pour régner" visant à reconstituer l'Arbre de Vie, il est préférable d'utiliser une méthode conservative afin d'obtenir des arbres fiables. Dans ce contexte, une méthode de super-arbre doit afficher seulement des informations présentes ou induites par les arbres sources(propriété d'induction), et qui n'entrent pas en conflit avec ces derniers ou avec une de leurs combinaisons (propriété de non contradiction). Nous avons défini de manière formelle ces deux propriétés (nommées PI et PC) et développé un algorithme permettant de modifier un super-arbre afin qu'il les satisfasse. Nous avons également conçu deux méthodes,PhySIC et PhySIC_IST, qui construisent directement des super-arbres satisfaisant ces deux propriétés. Les événements de duplication aboutissent souvent à la présence de plusieurs copies du même gène dans les génomes. Les arbres de gènes sont donc généralement multi-étiquetés, ie, une seule espèce étiquette plusieurs feuilles. Comme aucune méthode n'existe actuellement pour combiner ces arbres, ils sont ignorés dans un approche super-arbre. Dans cette thèse, nous proposons plusieurs algorithmes pour extraire une quantité maximale de signal de spéciation à partir d'arbres multi-étiquetés. Ce signal est rendu sous la forme d'arbres où chaque espèce n'apparaît qu'une fois, i.e d'arbres que les méthodes de super-arbres savent gérer. En plus de tests sur des données simulées, plusieurs applications sur des données réelles, conduites en collaboration avec des biologistes, ont permis de montrer la pertinence de ces travaux. Directeur(s) de thèse : GASCUEL O. Co-directeur(s) de thèse : BERRY V.;RANWEZ V. Rapporteur(s) : SAGOT M.F.;HUSON D. Examinateur(s) : GRIBALDO S. Date de soutenance : 08/12/2009 Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité THE-09 / 13805 Non renseigné THESES INFORMATIQUE Disponible
Titre : Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach Type de document : texte imprimé Auteurs : R.D.M. PAGE, Auteur ; E.C. HOLMES, Auteur Editeur : Blackwell Scientific Publication Année de publication : 2000 Langues : Inconnue (und) Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évoluation gène arbre population inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach [texte imprimé] / R.D.M. PAGE, Auteur ; E.C. HOLMES, Auteur . - [S.l.] : Blackwell Scientific Publication, 2000.
Langues : Inconnue (und)
Tags : phylogénie bioinformatique évolution modèles d'évoluation gène arbre population inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15174 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 7048 Papier OUVRAGES GENERALITES Disponible
Titre : The Evolution and Emergence of RNA Viruses Type de document : texte imprimé Auteurs : Edward C. Holmes, Auteur Editeur : Oxford University Press Année de publication : 2009 Importance : 254 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-19-921113-5 Langues : Anglais (eng) Tags : virus évolution ARN virologie pathogénicité phylogéographie génomique comparative adaptation Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine The Evolution and Emergence of RNA Viruses [texte imprimé] / Edward C. Holmes, Auteur . - [S.l.] : Oxford University Press, 2009 . - 254 p.
ISBN : 978-0-19-921113-5
Langues : Anglais (eng)
Tags : virus évolution ARN virologie pathogénicité phylogéographie génomique comparative adaptation Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15180 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012
Titre : The Phylogenetic Handbook : Second Edition Titre original : A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing Type de document : texte imprimé Auteurs : Philippe Lemey, Auteur ; Marco Salemi, Auteur ; Anne-Mieke Vandamme, Auteur Editeur : Cambridge University Press Année de publication : 2011 Importance : 723 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-0-521-73071-6 Langues : Anglais (eng) Tags : bioinformatique phylogénie évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance,inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine The Phylogenetic Handbook = A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing : Second Edition [texte imprimé] / Philippe Lemey, Auteur ; Marco Salemi, Auteur ; Anne-Mieke Vandamme, Auteur . - [S.l.] : Cambridge University Press, 2011 . - 723 p.
ISBN : 978-0-521-73071-6
Langues : Anglais (eng)
Tags : bioinformatique phylogénie évolution modèles d'évolution parcimonie maximum de vraisemblance,inférence Index. décimale : G4 G4 - Biologie, Médecine Réservation
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Cote Support Localisation Section Notes Disponibilité G4 / 15177 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 15178 Papier OUVRAGES GENERALITES Emprunté par: Eric Rivals
Sorti jusqu'au 09/05/2012G4 / 15186 Papier OUVRAGES GENERALITES Disponible
