Visualisation de séquences de gènes

 

Sequence Viewers développé en collaboration avec l’équipe TEXTE du LIRMM est une application Web à disposition des biologistes pour les aider à appréhender et à visualiser de gros volumes de séquences de gènes. Cette application propose une interface de navigation intuitive et est basée sur trois représentations différentes : clouds (cf. Figure 1), tree map (cf. Figure 2) et solar system (cf. Figure 3).

clouds

Figure 1 - Clouds pour visualiser les groupes de séquences

Les Clouds permettent de visualiser des groupes de séquences. Chaque groupe est identifié par un centre en rouge. Les centres sont placés en fonction de la distance les uns aux autres. L’utilisateur peut à tout moment se déplacer, zoomer, afficher les séquences ou autres informations.

treemap

Figure 2 - TreeMap basé sur la hiérarchie de séquences

 

Le Treemap est basé sur la hiérarchie de séquences et sur le nombre de séquences d’un nœud de la hiérarchie. Au premier niveau, toutes les feuilles de la racine sont affichées en fonction de leur proportion par classe. L’utilisateur peut alors naviguer au sein de la hiérarchie (drill-down, drill-up)

Documents

Figure 3 - SOLAR System pour afficher les articles associés

 Le Solar System permet de voir une séquence avec les meilleurs articles de la littérature pour l'analyser. Ces derniers sont par exemple automatiquement extraits de pubmed. La séquence est au centre et les documents sont positionnés en fonction de leur pertinence et de leur année de publication.

Ces résultats ont donné lieu à une publication dans Journal of Biomedical Informatics en 2011.

Dernière mise à jour le 20/01/2015