Un outil pour mieux comprendre les données moléculaires épidémiologiques de la tuberculose.

TBminer est un outil facilitant l'analyse des données moléculaires épidémiologiques de Mycobacterium tuberculosis.
TBminer est un site web (http://info-demo.lirmm.fr/tbminer/) permettant :
- de déterminer un consensus pour tous les cas isolés cliniquement, consensus reposant sur plusieurs classifications de références ;
- d'identifier des groupes de cas isolés et de calculer un index de transmission de la maladie.
Les techniques mises en oeuvre reposent sur des données annotées de références dans la communauté. Des classifieurs ont été appris sur ces données pour mettre en évidence des prédictions consensuelles à partir de différents marqueurs moléculaires.
Genomics and Machine Learning for Taxonomy Consensus: The Mycobacterium tuberculosis Complex Paradigm (Azé Jérôme, Sola Christophe, Zhang Jian, Lafosse-Marin Florian, Yasmin Memona, Siddiqui Rubina, Kremer Kristin, van Soolingen Dick, Refregier Guislaine) In PLoS ONE, volume 10, 2015.

Dernière mise à jour le 11/11/2015