Plateforme Bioinformatique ATGC

La plateforme ATGC, labellisée par IBiSA en 2010, est soutenue par des Projets d'Investissement d'Avenir : l'IFB (Institut Français de Bioinformatique), France Génomique et le Labex NUMEV. La plateforme est adossée à l’équipe de recherche MAB (Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique) et bénéficie également des recherches réalisées au sein de l'IBC (Institut de Biologie Computationelle).

La plateforme a la triple vocation de diffuser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté montpelliéraine, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d’apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux.

Les outils qu’elle propose sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM. Cette activité vise donc la communauté régionale, nationale et internationale. Les outils distribués sur ATGC ont une très grande visibilité internationale. Par exemple, le logiciel PhyML (développé au sein de l’équipe MAB, et classé « Current Classic » depuis Octobre 2007 par Science Watch) a été cité plus de 15 000 fois (cf. Web of Science).

Un axe majeur de la plateforme concerne les études évolutives. Nous développons des algorithmes de reconstruction phylogénétique (par exemple PhyML) et des outils d'analyse et de visualisation d'arbres. Ces travaux sont implémentés dans des logiciels que nous diffusons grâce à la plateforme. Ceux-ci peuvent être téléchargés et/ou exécutés en ligne. Un effort d'intégration de ces outils a été réalisé (en collaboration avec la plateforme de bioinformatique de Marseille) afin de les rendre accessibles au sein d'un pipeline d'analyse phylogénétique en ligne particulièrement convivial (http://www.phylogeny.fr : 300 analyses par jour).

Un autre axe concerne le traitement des données issues du séquençage à haut débit. Nous développons des algorithmes de traitement rapide de ces données, pour identifier les transcrits et les replacer sur le génome. Par exemple, nous avons développés le logiciel LorDEC qui est le premier à proposer de corriger les erreurs de séquençage issues de la dernière génération de séquenceurs. Ce projet se place dans un contexte régional très favorable en collaboration avec la plateforme Montpellier Genomix.

Dernière mise à jour le 15/03/2017