Méthodes pour comprendre l'évolution moléculaire

MAB : arbre évolution avec paela

Une partie de l'équipe MAB s’intéresse aux processus gouvernant l'évolution à l'échelle moléculaire. En particulier, nous nous focalisons sur les mécanismes agissant à différentes échelles : du génome à celle d'un gène, d’espèces de parentés évolutives éloignées à une même population. Des algorithmes et méthodes statistiques originaux sont développés pour mieux comprendre les processus ayant générés les données observées.

Nous nous concentrons sur les problèmes suivant en biologie...

  • l'élucidation des mécanismes de réarrangement génomique au cours de l’évolution,
  • la reconstruction de réseaux phylogénétiques a partir de l'analyse d'importants volumes de données,
  • les analyses en métagénomique s'appuyant sur une approche phylogénétique,
  • la prédiction d'orthologues et l'annotation automatique de gènes aidées par la phylogénie,
  • l'utilisation de séquences génétiques comme marqueurs d’événements passés, tels que la transmission virale,
  • la compréhension des forces gouvernant la distribution spatiale d’espèces/de populations contemporaines,
  • l'utilisation de la phylogénie pour améliorer les techniques d'assemblage de génomes.

Les méthodes et algorithmes développés dans l’équipe...

  • algorithmes pour reconstruire les réarrangements génomiques prenant en compte la conformation de la chromatine,
  • bases mathématiques et algorithmes pour l’inférence de réseaux phylogénétiques (ex. identifiabilité des paramètres, exploration de l'espace des solutions, etc),
  • inférence bayésienne suivant le modèle Lambda-Fleming-Viot spatial,
  • heuristiques pour la reconstruction rapide d'arbres suivant le principe du maximum de vraisemblance,
  • algorithmes pour la comparaison et la réconciliation d'arbres multiples
  • inférence en phylogénomique à partir de distances entre gènes/genomes

Nos logiciels...

  • CompPhy: une plateforme collaborative pour comparer les phylogénies
  • Sylvx: un outil graphique pour visualiser et réconcilier les arbres
  • TreeDyn: visualisation et édition d'arbres
  • ERaBLE: estimation efficace de vitesses d'evolution et de longueurs de branches en phylogénomique
  • Alpha: analyse comparative de bactériophages
  • PhyTime: estimation bayésienne de dates de divergence entre espèces
  • FastME: inférence rapide et précise de phylogénies a partir de distances génétiques
  • LSD: datation moleculaire a partir de distances genetiques
  • SMS: sélection rapide de modèles de substitution
  • scriptree: un langage de script pour le graphisme phylogénétique
  • phylotype: projection et analyse de traits d'histoire de vie sur une phylogenie
  • PhyREX : inférence suivant le coalescent structuré avec une distribution spatiale continue des individus
  • PhyML: reconstruction d'arbres par maximum de vraisemblance
  • Mowgli: réconciliation d'arbres d’hôtes et de parasites
  • ARt-DeCo: assemblage de génomes aide par la co-évolution

Chercheurs et Enseignants-chercheurs

  • Anne-Muriel Arigon Chifolleau
  • Vincent Berry
  • Fabio Pardi
  • Annie Chateau
  • Francois Chevenet
  • Krister Swenson
  • Vincent Lefort
  • Stephane Guindon

Dernière mise à jour le 17/03/2017