Les données doivent se présenter sous la forme d'un fichier texte standard (ASCII), ou d'un fichier Microsoft Excel (*.xls).
Elles peuvent aussi respecter le format requis pour le logiciel Cluster de Eisen.

La première ligne du fichier est réservée, par défaut, aux intitulés des colonnes.
La première colonne est réservée, par défaut, aux identificateurs des lignes.

Les valeurs doivent être séparées entre elles par un caractère de tabulation, par un espace (plusieurs caractères blancs contigus), par un point-virgule ( ; ) ou par deux points ( : ).
Il est cependant possible de spécifier qu'un espace ne doit pas être interprété comme un séparateur (Cf. options).
Ceci est parfois utile quand le caractère blanc est utilisé dans les titres des lignes ou des colonnes.