PermutMatrix est un logiciel conçu pour faciliter l'analyse graphique d'un tableau de données. Il met en oeuvre diverses approches de la sériation statistique.

Dans un premier temps, on transforme les valeurs numériques d'un tableau de données statistiques en dégradés de couleurs.
On cherche ensuite, par permutation des lignes ou des colonnes, à faire ressortir une structuration des données du tableau.
On tente de faire en sorte que l'ordre d'énumération des lignes ou des colonnes révèle l'organisation statistique des données initiales.

Cette approche ancienne fut beaucoup pratiquée en archéologie, en sociologie, ou en recherche opérationnelle.
Elle a trouvé de nouvelles applications en biologie, à la suite des travaux de Eisen sur la classification hiérarchique pour les données d'expression génétique.

Ce site apporte des informations pratiques sur le logiciel.
On y trouve un moyen de le télécharger ainsi qu'un mode d'emploi détaillé.
On y rencontre également des animations permettant de tester l'effet de certaines icônes ou bien de simuler deux exemples de traitement de données : un cas théorique (Guttman) et un cas réel (Wood).

Références bibliographiques :

Caraux, G., and Pinloche, S. (2005), "Permutmatrix: A Graphical Environment to Arrange Gene Expression Profiles in Optimal Linear Order," Bioinformatics, 21, 1280-1281

Eisen, M. B., Spellman, P. T., Brown, P. O., and Botstein, D. (1998), "Cluster Analysis and Display of Genome-Wide Expression Patterns," Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 14863-14868.