Lors du lancement de PermutMatrix, il vous est demandé le nom du fichier où est stocké le tableau des données à traiter.
Ce fichier devra respecter un certain format.

Vous devrez ensuite spécifier les caractéristiques des traitements envisagés.
Il vous est proposé des options par défaut.
Certains choix sont irréversibles et ne pourront pas être modifiés en cours de traitement.
Exemple la nature des données du tableau.

La matrice graphique des données s'affiche.
Les lignes et les colonnes étant dans l'ordre où elles apparaissent dans le fichier d'entrée.

Il vous est alors possible de choisir vos options d'affichage pour adapter l'apparence de la matrice graphique des données.

Les différents traitements ou manipulations du tableau de données sont déclenchés à l'aide de la barre d'outils.

À tout moment, il vous est possible d'accéder à un menu contextuel par un clic droit de la souris.

Certains traitements peuvent être appliqués à un sous-ensemble de lignes ou de colonnes.
Pour désigner un sous-ensemble, sélectionner les lignes / colonnes choisies avec la souris dans la matrice des données ;
Les lignes / colonnes désignées apparaissent alors entourées d'un cadre jaune.
Si un arbre a été dessiné, l'ensemble des lignes / colonnes portées par une branche peut être désigné en cliquant sur cette branche.
Le sous-arbre apparaît alors en rouge, et les lignes / colonnes désignées apparaissent entourées d'un cadre jaune.

La liste des intitulés des éléments désignés peut être affichée dans une fenêtre séparée.
Utiliser le menu contextuel pour obtenir cette facilité.