Annie Chateau

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Travaux de recherche

Mes travaux de recherche concernent essentiellement deux domaines relativement disjoints. Les travaux reliés au premier domaine, la logique mathématique, ont principalement été effectués au cours de ma thèse. Par la suite, j'ai commencé à travailler en bioinformatique, et c'est dans ce domaine que je travaille actuellement au LIRMM.

Des souris et des hommes Je suis actuellement engagée dans l'axe 1 de l'Institut de Biologie Computationnelle. Je m'intéresse pour le moment à la dynamique des graphes de scaffolding issus d'assemblages de génomes complets. De manière plus générale, je travaille sur les réarrangements génomiques et notamment aux outils formel permettant de les manipuler. Ainsi, j'ai travaillé autour des notions d'intervalles conservées, d'intervalles communs de permutations, ainsi que leurs représentations (arbres PQ), intervalles communs de séquences. J'ai aussi mis le nez dans les modèles de transformations intervenant dans les tris, tels que DCJ, afin de déterminer des scenarios parfaits parcimonieux.

Modèles, arbres et contraintes... Je suis également impliquée dans un projet de recherche qui tourne autour de l'ingénierie des modèles. L'idée est de générer des modèles à partir d'un metamodèle, de la façon la plus pertinente et représentative possible, en utilisant le paradigme de la programmation par contraintes. Ma part là-dedans ? Les modèles sont des graphes, avec des structures d'arbre sous-jacente, et on les manipule donc avec des algorithmes et outils adéquats...

Destinée... Dans une autre vie, j'ai été logicienne. Les travaux de ma thèse portaient sur un nouvel outil logique appelé k-destinées de Nézondet. Une k-destinée d'une structure consiste en une présentation arborescente des types de k-isomorphisme de Fraïssé de la structure. Nous avons analysé ce nouvel outil, en particulier nous avons montré que les destinées s'intègrent parfaitement au contexte des k-isomorphismes de Fraïssé et des jeux d'Ehrenfeucht.

Nous avons détaillé un algorithme de décision utilisant les destinées. Nous avons comparé en détail les structures dont on peut construire récursivement les destinées et les structures H-bornées. Enfin, nous avons donné quelques résultats intermédiaires du problème NE ?= CoNE et de sa version logique, la conjecture du Spectre.

Si tout cela ne vous dit rien (ce qui n'est pas dramatique, entendons-nous bien), vous pouvez vous instruire en jetant un coup d'œil à ma thèse.

Les derniers travaux réalisés portent sur l'extension des résultats obtenus sur la conjecture NE ?= CoNE à des classes de modèles intéressantes (entendre par là, indécidables, binaires, ou avec une profondeur de quantification supérieure à 3...), et au cas du second ordre.

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