Concepts de base en informatique (GLIN102)
Deux possibilités pour pratiquer les commandes shell (terminal) dans windows.
- Cygwin est un logiciel windows qui simule un terminal linux.
- Virtualbox est un logiciel windows qui simule un nouvel ordinateur sur votre système d'explotation windows.
- L'autre possibilité est d'installer Linux sur votre ordinateur.
Il vous faudra partitionner votre disque dur en deux partitions (une
linux, une windows) et installer Linux dans la partition réservée pour linux.
Bonne chance.
GLIN103 Consultation de portails Web ensciences du vivant
Cours de bioinformatique (FMIN338 et FMIN368)
Les notes de cours sont données ci-dessous:
- La première partie: bioinfo-I.pdf
- La deuxième partie: bioinfo-II.pdf (Combinatoire sans HGT)
- La troisième partie: bioinfo-III.pdf (Approche de parcimonie et algorithmes avec HGT)
L'enoncé du TP5 sur les réconciliations
TP5_FLIN368.pdf et le code java que vous devez compléter
TP5code-Questions.tgz.
Vous pouvez décompresser cette archive sous linux en tapant (dans une fenêtre terminal): "tar -zxvf TP5code-Questions.tgz".
La section sur les approches probabilistes n'a pas été donné durant le cours, elle a donc été retiré des notes de cours.
Quelques références utilisées pour les notes de cours:
- Space of
Gene/Species Trees Reconciliations and Parsimonious Models. (pdf)
- An Efficient
Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with
Losses, Duplications, and Transfers. LIRMM, 2010 (link)
- L'algorithme de Zmasek et de Eddy (pdf)