Module : Bioinformatique, analyse des séquences. CODE UMINR314
Responsable
E. Rivals
Parcours intégrant UV
Parcours possibles
tous. UE conseillée pour le parcours ACR.
Pré-Requis
notions d'algorithmique
Controle connaissances
3
Description de l'UE :
Semestre
Code
Intitulé
Cours
TD
TP
TER
S3
UMINR314
Bioinformatique, analyse des séquences
15h
-
-
Detail du programme
Objectifs :
Ce module et le module UMINR315 présentent une introduction à la bioinformatique.
L'objectif est de donner les connaissances algorithmiques de base utilisées en bioinformatique
avec une priorité aux thématiques de l'équipe MAB du LIRMM.
Contenu :
Ce premier module est axé sur
1) les méthodes d'apprentissage (modèles de Markov cachés) pour la reconnaissance de séquences (2 séances)
2) les méthodes de construction de phylogénies (arbres permettant de représenter l'évolution des
spèces) depuis des séquences ou des distances évolutives (3 séances)
Le module UMINR315 sera axé sur l'algorithmique du texte et de la comparaison de séquences génétiques.
Bibliographie
Introduction to Computational Molecular Biology, Setubal et Meidanis, Pws Pub Co, 1996.
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Dan Gusfield, Cambridge Univ. Press, 1997.
Molecular Systematics, Swofford et al., 1996
Biological Sequence Analysis, Durbin R., Eddy Y., Krogh A. and Mitchison G., Cambridge Univ. Press, 1998.
