Département INFORMATIQUE
RezUFR, UFR sciences, Université Montpellier II

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Module : Bioinformatique : Evolution, structure, réseaux géniques. CODE UMINR315

Responsable
O. Gascuel
Parcours intégrant UV
aucun.
Parcours possibles
tous. UE conseillée pour le parcours ACR.
Pré-Requis
Controle connaissances
3

Description de l'UE :

Semestre Code Intitulé Cours TD TP TER
S3 UMINR315 Bioinformatique : Évolution, structure, réseaux géniques 15h -

Detail du programme

Objectifs :
Contenu :
 
 
 
 
Objectif
 
 
 
 
Ce module présente une introduction à la bioinformatique. L'objectif est de donner les connaissances algorithmiques de base de la bioinformatique avec une priorité aux thématiques de l'équipe MAB du LIRMM. Le cours est donc axé sur les méthodes de phylogénie (méthodes pour la reconstruction de l'évolution des espèces), l'algorithmique du texte et de la comparaison de séquences génétiques.
 
 
 
 
Plan
 
 
 
 
Introduction à la bioinformatique
 
 
Méthodes de reconstruction phylogénétique
 
 
Introduction : parcimonie, distance, vraisemblance
 
 
Méthodes de distance : méthodes agglomératives, programmation mathématique
 
 
Méthodes de maximum de vraisemblance
 
 
Construction d'arbres sur la base de critères combinatoires
 
 
 
 
Bibliographie
 
 
 
 
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Dan Gusfield, Cambridge Univ. Press, 1997.
 
 
Introduction to Computational Molecular Biology, Setubal et Meidanis, Pws Pub Co, 1996.
 
 
Molecular Systematics, Swofford et al., 1996
 
 
Site Web Option bioinformatique 2000
 
 
Biological Sequence Analysis, Durbin R., Eddy Y., Krogh A. and Mitchison G., Cambridge Univ. Press, 1998.
 
 
 
 




département INFORMATIQUE dernière modification le 5 mai 2004
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