Matériel supplémentaire sur l'article Reconstruction combinatoire des réseaux phylogénétiques

La base HOGENOM contient un ensemble de familles de gènes, c'est à dire d'ensembles de séquences homologues pour chacun desquels un arbre a été reconstruit.

A partir d'un extrait de cette base de données (ne contenant que des arbres étiquetés sans répétition de taxons, filtrés grâce au script keepSingleLabeledTrees.pl de Vincent Berry), a été créé un fichier qui à chaque espèce associe l'ensemble des familles qui la contiennent. Le nuage arboré de ce fichier est alors créé (avec le logiciel TreeCloud et les options "unit=0 nbwords=150 sepchar=espece distance=jaccard color=yahoo") : il rapproche dans un arbre les familles qui concernent des ensembles d'espèces similaires, et permet d'identifier un sous-ensemble de 16 familles (qui apparaît dans un même sous-arbre sélectionné dans l'image ci-dessous : hbg224295 hbg533583 hbg276235 hbg226707 hbg387411 hbg031034 hbg249756 hbg413308 hbg248175 hbg447397 hbg248092 hbg001289 hbg503592 hbg312541 hbg006057 hbg006611) qui ont 46 taxons en commun, correspondant à plusieurs espèces d'alpha et gamma-protéobactéries.


Le script restrictToCommonLeavesLinux de Celine Scornavacca est alors utilisé sur le fichier contenant les 16 arbres de gènes sélectionnés pour se restreindre aux 46 taxons en commun sur ces 16 arbres et obtenir ce fichier.

A partir du fichier d'HOGENOM détaillant les abréviations de noms d'espèces, et de la base de données taxonomiques Uniprot, l'ordre taxonomique des 46 taxons est récupéré et permet de créer un fichier de commandes à Dendroscope qui charge les arbres en les colorant. Le réseau Dendroscope est construit en utilisant le bouton Network (threshold : 20, type de réseau : Galled Network). Le réseau SplitsTree est construit en chargeant successivement les 16 arbres (menu File, Tools, Import multiple trees) puis en calculant un "supernetwork" (threshold : 0.2).