Mathématiques discrètes et algorithmique
Informatique pour la biologie
Informatique pour le traitement
Visualisation

Clust&See: a Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters,
BioSystems,
à paraître
[DOI].

On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level,
JMB
(Journal of Mathematical Biology)
61(1), p. 157-180
[DOI].

Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks,
JBCB
(Journal of Bioinformatics and Computational Biology)
10(4), 1250004 (23 p.)
[DOI].

Bootstrap Clustering for Graph Partitioning,
RAIRO-Operations Research 45(4), p. 339-352
[DOI].
Unrestricted and Complete Breadth-First Search of Trapezoid Graphs in O(n) Time,
IPL
(Information Processing Letters)
110, p. 497-502
[DOI].

Computing Galled Networks from Real Data,
Bioinformatics 25(12),
ISMB/ECCB'09
(Proceedings of the 17th Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
& 8th European Conference on Computational Biology), p. i85-i93
[DOI].

Improved
Layout of Phylogenetic Networks,
TCBB
(IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
5(3), p. 472-479
[DOI].
(⇒ Erdős nb 3)
Linear-time Constant-ratio Approximation Algorithm and Tight Bounds for the Contiguity of Cographs,
WALCOM'13
(Proceedings of the 7th International Workshop on Algorithms and Computation),
LNCS 7748, p. 126-136
[DOI].

Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire,
JADT'10
(Proceedings of the 10th International Conference on statistical analysis of textual data),
Statistical Analysis of Textual Data, p. 227-238
[URL]
(matériel supplémentaire).
Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
IWOCA'09
(Proceedings of the 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms),
LNCS 5874, p. 146-157
[DOI].

The Structure of Level-k Phylogenetic Networks,
CPM'09
(Proceedings of the 20th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching),
LNCS 5577, p. 289-300
[DOI].

Visualising a Text with a Tree Cloud,
IFCS'09
(Proceedings of the International Federation of Classification Societies 2009 Conference),
Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization 40, p. 561-570
(matériel supplémentaire)
[DOI].

On Restrictions
of Balanced 2-Interval Graphs,
WG'07
(Proceedings of the 33rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science),
LNCS 4769, p. 55-65
[DOI].
Élaboration d'un outil d'évaluation des performances en dénomination pour les patients bilingues atteints de la maladie d'Alzheimer,
Longueur de branches et arbres de mots,
Longueur de branches et arbres de mots,
ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks,
MARAMI'11
(2ème conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique).
Densidées : calcul automatique de la densité des idées dans un corpus oral,
RECITAL'10
(12èmes Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues).

Structure des réseaux phylogénétiques de niveau borné,
SFC'09
(XVIèmes Rencontres de la Société Francophone de Classification).

Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques,
Journées de la Société Française de Systématique,
Biosystema 28 L'arbre du vivant existe-t-il ?, p. 85-92
(matériel supplémentaire).
(Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs,
L'affaire du Médiator au prisme de la textométrie,
Utilisation pratique des méthodes combinatoires de reconstruction
de réseaux phylogénétiques,
Quadruplets et réseaux non enracinés de niveau k,
Codage des voisinages et parcours en largeur en temps O(n) des graphes d'intervalles et de permutation,
Reconstruction de réseaux phylogénétiques à structure arborée depuis un ensemble de clusters,
Graphes 2-intervallaires et classes apparentées,
An in silico approach to model the assembly pathway of protein respiratory complexes in Saccharomyces cerevisiae,
Estimation de la neutralité culturelle d'un ensemble d'images destinées à l'évaluation des performances en dénomination,
Utilisation de l'analyse textuelle automatique dans la recherche sur la maladie d'Alzheimer,
La recette de la meilleure recette,
Plume! papier 14.

Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques
Les graphes 2-intervallaires
La
représentation des réseaux phylogénétiques
Quelques propriétés
topologiques des arbres de duplication
(Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs (20p, avec
Christophe Crespelle).

A Note on Minimum Flip Consensus
and Maximum Compatible Subset (2p, un complément à [C4]).
Estimation du nombre de citations de papillotes et de blagues Carambar
(5p).

An Obstruction Approach to Reconstruct Phylogenies and Level-k Networks from Triplets
(22p, avec Vincent Berry
et Christophe Paul).
Graphes (2,2)-intervallaires bipartis
(4p).

Graphes 2-intervallaires, variantes et restrictions
(67p, avec Michel Habib
et Stéphane Vialette,
mise à jour de [D3] en insérant les résultats de [C1]).