Publications

Thèmes :
Mathématiques discrètes et algorithmique
Informatique pour la biologie
Informatique pour le traitement
des langues et des textes
Visualisation

Articles de journal

• [J6] 2012 : Philippe Gambette et Alain Guénoche
  Bootstrap Clustering for Graph Partitioning,
  to appear in RAIRO-Operations Research [DOI].
• [J5] 2012 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul
  Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks,
  to appear in JBCB (Journal of Bioinformatics and Computational Biology) [DOI].
• [J4] 2012 : Philippe Gambette et Katharina Huber
  On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level,
  to appear in JMB (Journal of Mathematical Biology) [DOI].
• [J3] 2010 : Christophe Crespelle et Philippe Gambette,
  Unrestricted and Complete Breadth-First Search of Trapezoid Graphs in O(n) Time,
  IPL (Information Processing Letters) 110, p. 497-502 [DOI].
• [J2] 2009 : Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette et Christophe Paul,
  Computing Galled Networks from Real Data,
  Bioinformatics 25(12), ISMB/ECCB'09 (Proceedings of the 17^th Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8^th European Conference on Computational Biology), p. i85-i93 [DOI].
• [J1] 2008 : Philippe Gambette et Daniel H. Huson,
  Improved Layout of Phylogenetic Networks,
  TCBB (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics) 5(3), p. 472-479 [DOI]. (⇒ Erdős nb 3)

Articles de conférence internationale avec actes et comité de lecture

• [C5] 2010 : Delphine Amstutz et Philippe Gambette,
  Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire,
  JADT'10 (Proceedings of the 10^th International Conference on statistical analysis of textual data), Statistical Analysis of Textual Data, p. 227-238 [URL] (matériel supplémentaire).
• [C4] 2009 : Christophe Crespelle et Philippe Gambette,
  Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
  IWOCA'09 (Proceedings of the 20^th International Workshop on Combinatorial Algorithms), LNCS 5874, p. 146-157 [DOI].
• [C3] 2009 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul,
  The Structure of Level-k Phylogenetic Networks,
  CPM'09 (Proceedings of the 20^th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), LNCS 5577, p. 289-300 [DOI].
• [C2] 2009 : Philippe Gambette et Jean Véronis,
  Visualising a Text with a Tree Cloud,
  IFCS'09 (Proceedings of the International Federation of Classification Societies 2009 Conference), Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization 40, p. 561-570 (matériel supplémentaire) [DOI].
• [C1] 2007 : Philippe Gambette et Stéphane Vialette,
  On Restrictions of Balanced 2-Interval Graphs,
  WG'07 (Proceedings of the 33^rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science), LNCS 4769, p. 55-65 [DOI].

Articles de conférence nationale avec actes et comité de lecture

• [F4] 2012 : Philippe Gambette, Nuria Gala, Alexis Nasr et Alain Guénoche,
  Longueur de branches et arbres de mots,
  Colloque La cooccurrence : du fait statistique au fait textuel.
• [F3] 2011 : Laurent Tichit, Philippe Gambette et Alain Guénoche,
  ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks,
  MARAMI'11 (2^ème conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique).
• [F2] 2010 : Hyeran Lee, Philippe Gambette, Elsa Maillé et Constance Thuillier,
  Densidées : calcul automatique de la densité des idées dans un corpus oral,
  RECITAL'10 (12^èmes Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues).
• [F1≈C3] 2009 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul,
  Structure des réseaux phylogénétiques de niveau borné,
  SFC'09 (XVI^èmes Rencontres de la Société Francophone de Classification).

Article invité

• [I1] 2011 : Philippe Gambette,
  Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques,
  Journées de la Société Française de Systématique, Biosystema 28 L'arbre du vivant existe-t-il ?, p. 85-92 (matériel supplémentaire).

Rencontres nationales

• [N5≈I1] 2011 : Philippe Gambette
  Utilisation pratique des méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques,
  Rencontres ALPHY 2011.
• [N4≈J5] 2010 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul,
  Quadruplets et réseaux non enracinés de niveau k,
  JGA'10 (12^èmes Journées Graphes et Algorithmes).
• [N3≈C4] 2009 : Christophe Crespelle et Philippe Gambette,
  Codage des voisinages et parcours en largeur en temps O(n) des graphes d'intervalles et de permutation,
  JGA'09 (11^èmes Journées Graphes et Algorithmes).
• [N2≈C3] 2009 : Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette et Christophe Paul,
  Reconstruction de réseaux phylogénétiques à structure arborée depuis un ensemble de clusters,
  Rencontres ALPHY-GTGC'09.
• [N1≈C1] 2006 : Philippe Gambette,
  Graphes 2-intervallaires et classes apparentées,
  JGA'06 (8^èmes Journées Graphes et Algorithmes).

Poster

• [P1] 2010 : Hyeran Lee, Philippe Gambette et Melissa Barkat-Defradas,
  Utilisation de l'analyse textuelle automatique dans la recherche sur la maladie d'Alzheimer,
  poster présenté à CEDIL'10 (Deuxième Colloque international des jeunes chercheurs en Didactique des Langues et en Linguistique).

Article de vulgarisation

• [V1] 2011 : Philippe Gambette,
  La recette de la meilleure recette,
  Plume! papier 14.

Mémoires

• [D4] 2010 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques
  Thèse sous la direction de Vincent Berry et Christophe Paul au LIRMM (⇒ petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-fillot de Lagrange).
• [D3] 2006 : Les graphes 2-intervallaires
  Mémoire de master sous la direction de Michel Habib au LIAFA.
• [D2] 2005 : La représentation des réseaux phylogénétiques
  Mémoire de maîtrise sous la direction de Daniel Huson au ZBIT, à l'université de Tübingen.
• [D1] 2004 : Quelques propriétés topologiques des arbres de duplication
  Mémoire de licence sous la direction d'Olivier Gascuel et Denis Bertrand, au LIRMM.

Rapports techniques

• 2011 : Two modularity-based graph clustering algorithms (11p, avec Laurent Tichit et Alain Guénoche, soumis).
• 2009 : A Note on Minimum Flip Consensus and Maximum Compatible Subset (2p, un complément à [C4]).
• 2009 : Estimation du nombre de citations de papillotes et de blagues Carambar (5p).
• 2008 : An Obstruction Approach to Reconstruct Phylogenies and Level-k Networks from Triplets (22p, avec Vincent Berry et Christophe Paul).
• 2007 : Graphes (2,2)-intervallaires bipartis (4p).
• 2007 : Graphes 2-intervallaires, variantes et restrictions (67p, avec Michel Habib et Stéphane Vialette, mise à jour de [D3] en insérant les résultats de [C1]).