Bonsoir  michel,
nicolas avait écrit une version spécifique à sa partie, en attendant l'intégration. Dans le programme définitif, un profil d'application doit obligatoirement être chargé. Dans l'urgence et en attendant de trouver une solution de publication + simple, je te propose de lancer cogui en ligne de commande:
pour le vocabulary editor:
    java -jar cogui_0.5.0.jar -profile=resources/vocabulary_edition2.cogui_profile
pour le ontology graph editor:
    java -jar cogui_0.5.0.jar -profile=resources/ontology_graph_editor.cogui_profile
pour les deux ensembles (Ontology Editor 2.0 ?) (pas testé !)
    java -jar cogui_0.5.0.jar -profile=resources/ontology_editor.cogui_profile
pour cogui complet (pas testé !)
    java -jar cogui_0.5.0.jar

le jar executable est téléchargeable ici: http://www.lirmm.fr/~gutierre/trans/cogui_0.5.0.jar
la 'vieille' doc sur la premiere version d'ontologie editor est ici: http://www.lirmm.fr/cogui/doc/ontology_editor.htm
toujours d'actualité, notamment pour utiliser un gros vocabulaire: http://www.lirmm.fr/cogui/doc/ontology_editor.htm#big

Amicalement,
Alain