<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en"> <html> <head>    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">    <meta name="Generator" content="Microsoft Word 97">    <meta name="Template" content="C:\PROGRAM FILES\MICROSOFT OFFICE\OFFICE\html.dot">    <meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.5 [fr] (Win95; I) [Netscape]">    <title>Ligands M&eacute;latoninergiques - Mod&eacute;lisation Mol&eacute;culaire et Etudes 3D-QSAR CoMFA</title> <!-- Url : "HTTP://www.ibcp.fr/GGMM/a12.html" --> </head> <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000EE" vlink="#FF0080" alink="#FF0000"> &nbsp; <center> <br><b><font size=+1>Apport de la th&eacute;orie de la fonctionnel de densit&eacute; (DFT) &agrave; la mod&eacute;lisation biomol&eacute;culaire: application &agrave; lARN</font></b></center>  <p><b>N. Leulliot et M. Ghomi</b> <br>Laboratoire de Physicochimie Biomol&eacute;culaire et Cellulaire, UPRESA 7033, <br>Universit&eacute; Pierre et Marie Curie, 4 Place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05 <p>La mod&eacute;lisation des mol&eacute;cules dint&eacute;r&ecirc;t biologique est confront&eacute;e au probl&egrave;me de la grande taille de ces mol&eacute;cules. Un &eacute;quilibre devrait &ecirc;tre trouv&eacute; entre les simplifications et approximations introduites dans le mod&egrave;le th&eacute;orique permettant leur &eacute;tude, et la taille de la mol&eacute;cule au-del&agrave; de laquelle les temps de calcul deviendraient trop importants. Lune des raisons pour laquelle au cours de ces derni&egrave;res ann&eacute;es les m&eacute;thodes de mod&eacute;lisation mol&eacute;culaires relevant de la m&eacute;canique classique ont connu un succ&egrave;s grandissant, &eacute;tait li&eacute;e au fait que lon pouvait traiter des syst&egrave;mes de grande taille avec des fonctions potentiel ad hoc refl&eacute;tant de fa&ccedil;on raisonnable les interactions atomiques dans le cadre de lapproximation de Born-Oppenheimer. <p>Depuis quelques ann&eacute;es, l&eacute;volution conjointe des moyens informatiques (supercalculateurs et micro-ordinateurs) utilisant les architectures vectorielles et parall&egrave;les, et les logiciels ad&eacute;quats de chimie th&eacute;orique, permet daborder l&eacute;tude des mol&eacute;cules de taille importante par des m&eacute;thodes relevant de la m&eacute;canique quantique. Cependant la prise en compte de la corr&eacute;lation &eacute;lectronique dans le cadre des m&eacute;thodes ab initio traditionnelles (MPn, CI) restait un probl&egrave;me majeur, compte tenu du temps de calcul n&eacute;cessaire. La th&eacute;orie de la fonctionnelle de densit&eacute; (prix Nobel 1998) pr&eacute;sente ici un compromis int&eacute;ressant gr&acirc;ce au d&eacute;veloppement des fonctionnelles d&eacute;change et de corr&eacute;lation hybrides permettant de mod&eacute;liser la structure &eacute;lectronique en un temps comparable aux calculs Hartree-Fock (sans corr&eacute;lation). <p>Pour la premi&egrave;re fois, nous avons appliqu&eacute; ces calculs aux diff&eacute;rents constituants de lARN, une mol&eacute;cule dont le r&ocirc;le biologique n&eacute;cessite son analyse structurale. Nous avons donc d&eacute;termin&eacute; avec pr&eacute;cision les propri&eacute;t&eacute;s structurales de cette mol&eacute;cule telles que : le plissement des sucres, lorientation des bases, la conformation du squelette phosphodiester en incluant explicitement la pr&eacute;sence de contre-ions et/ou des mol&eacute;cules du solvant. Nous avons analys&eacute; de fa&ccedil;on syst&eacute;matique les changements structuraux des diff&eacute;rents constituants de lARN, permettant dassurer ses transitions conformationnelles (A?Z, cha&icirc;ne &eacute;tir&eacute;e?cha&icirc;ne repli&eacute;). De cette &eacute;tude, il ressort &eacute;galement des r&eacute;sultats extr&ecirc;mement int&eacute;ressants quant aux liaisons hydrog&egrave;ne intramol&eacute;culaires atypiques de familles C-H...O et O-H...O jouant un r&ocirc;le ind&eacute;niable dans la stabilit&eacute; des macromol&eacute;cules biologiques. <p>Nous avons pu v&eacute;rifier lensemble des r&eacute;sultats calcul&eacute;s en les confrontant &agrave; ceux observ&eacute;s exp&eacute;rimentalement par diverses techniques spectroscopiques: vibrationnelle optique, RMN et de diffusion de neutrons. <br>&nbsp; <p><br> <center> <p><img SRC="FILET1.gif" OLDREF="HTTP://www.ibcp.fr/GGMM/FILET.GIF" naturalsizeflag="0" height=4 width=450> <br><a href="../Dourdan/lyon_affiches.html" OLDREF="HTTP://www.ibcp.fr/GGMM/ggmm.html"><img SRC="ag_arrow.gif" OLDREF="HTTP://www.ibcp.fr/GGMM/ag_arrow.gif" height=19 width=25></a> <br><font size=-1><a href="../Dourdan/lyon_affiches.html" OLDREF="HTTP://www.ibcp.fr/GGMM/ggmm.html">Accueil</a></font></center>  <p><br> </body> <!--MEMOWEB=ON--> </html> 
