<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en"> <html> <head>    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">    <meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.78 [en] (X11; U; Linux 2.4.7-10 i686) [Netscape]">    <title>S&eacute;minaire Langage du G&eacute;nome de l'Universit&eacute; Paris-Sud XI</title> </head> <body bgcolor="#FFFFFF" link="#003366" vlink="#999966" alink="#FFFFFF">  <center> <h1> S&eacute;minaire Langage du G&eacute;nome de l'universit&eacute; Paris-Sud XI</h1></center>  <hr> <p>Derni&egrave;re mise &agrave; jour le lundi 24 mars 2003. <p> <hr> <p>Le s&eacute;minaire "Langage du G&eacute;nome" est une &eacute;manation du groupe du m&ecirc;me nom, qui a &eacute;t&eacute; fond&eacute; par <a href="http://www.igmors.u-psud.fr/BioInfo/fr/staff/termier.html">Michel Termier</a> en 1998 &agrave; l'universit&eacute; Paris-Sud. Le s&eacute;minaire est &eacute;troitement associ&eacute; au <a href="http://ppfbioinfo.lri.fr">Plan Pluriformation "Bioinformatique et G&eacute;nomique"</a> de l'universit&eacute; Paris-Sud. <p>Le principe du s&eacute;minaire est le suivant : un orateur biologiste, informaticien ou math&eacute;maticien pr&eacute;sente un expos&eacute; "accessible a tous publics scientifiques" sur un sujet susceptible d'int&eacute;resser les chercheurs de diff&eacute;rentes disciplines. Cela peut &ecirc;tre par exemple <ul> <li> une pr&eacute;sentation d'un sujet &agrave; la fronti&egrave;re entre deux domaines,</li>  <li> une initiation, pour des coll&egrave;gues d'une autre discipline, a des notions importantes du domaine de l'orateur,</li>  <li> un probl&egrave;me que l'orateur a rencontr&eacute; et qui pourrait donner lieu a des collaborations interdisciplinaires,</li>  <li> &nbsp;etc.</li> </ul> Le s&eacute;minaire se d&eacute;roule g&eacute;n&eacute;ralement le jeudi a 16h a l'Universit&eacute; Paris-Sud (l'endroit pouvant varier entre diff&eacute;rents laboratoires impliqu&eacute;s). Il est pr&eacute;vu un expos&eacute; d'environ une heure, suivi de questions et discussions &eacute;ventuelles. <p><b><font color="#FF0000">Prochains s&eacute;minaires :</font></b> <ul> <li> <font color="#FF0000">jeudi 27 mars 2003 &agrave; 16h au LRI (B&acirc;t. 490, salle 101, 1er &eacute;tage). <a href="http://www.esil.univ-mrs.fr/~dgaut/">Daniel Gautheret</a> (TAGC, Marseille). L'identification d'ARN non codants dans les g&eacute;nomes.</font></li>  <br>&nbsp; <li> <font color="#000000">jeudi 24 avril 2003 &agrave; 16h. <a href="http://www.lps.u-psud.fr/Informations/Personne.asp?Id=F_LIVOLANT&Sel=G">Fran&ccedil;oise Livolant</a> (LPS, Orsay).</font></li>  <br>&nbsp; <li> <font color="#000000">jeudi 22 mai 2003. Alain Arn&eacute;odo (Laboratoire de Physique, ENS Lyon). A la recherche d'informations structurales et dynamiques dans les s&eacute;quences ADN &agrave; l'aide des techniques ondelette.</font></li>  <br>&nbsp; <li> <font color="#000000">jeudi 19 juin 2003 : Christophe Pichon (Biochimie Pharmaceutique, Rennes). Identification de nouveaux ARN bact&eacute;riens.</font></li>  <br>&nbsp;</ul> S&eacute;minaires pr&eacute;c&eacute;dents : <ul> <li> <font color="#000000">Mardi 5 novembre 2002 &agrave; 16h au LRI (B&acirc;t. 490, salle 101, 1er &eacute;tage). <a href="http://www.ucmb.ulb.ac.be/~jvanheld/">Jacques van Helden</a> (Service de Conformation des Macromol&eacute;cules Biologiques,Universit&eacute; Libre de Bruxelles). Analyse de s&eacute;quences r&eacute;gulatrices - D&eacute;tection de motifs et classification de g&egrave;nes sur base de comptages de mots.</font></li>  <li> Jeudi 2 mai 2002 &agrave; 16h au LIMSI (B&acirc;t. 508, salle de conf&eacute;rences, rez-de-chauss&eacute;e). Claude Thermes (Centre de G&eacute;n&eacute;tique Mol&eacute;culaire, Gif). Analyse multi-&eacute;chelle des g&eacute;nomes : relation avec la structure et la dynamique des nucl&eacute;osomes.</li>  <li> Jeudi 4 avril 2002 &agrave; 16h au b&acirc;timent 430 (Biochimie), salle E.Lederer (rez-de-chauss&eacute;e). Jean-Paul Mornon (Laboratoire de Min&eacute;ralogie Cristallographie Paris). Courbures de l'espace des s&eacute;quences prot&eacute;iques en tant qu'outil de leur d&eacute;cryptage.</li>  <li> Jeudi 21 mars 2002 &agrave; 16h au LIMSI (b&acirc;timent 508, salle de conf&eacute;rences). Philippe Bessi&egrave;res (MIG, INRA Versailles). Nouvelles approches d'annotation de g&eacute;nomes et int&eacute;gration des connaissances</li>  <li> Jeudi 14 f&eacute;vrier 2002 &agrave; 16h au LRI (b&acirc;timent 490, salle 101, 1er &eacute;tage). Bernard Prum (Statistique et G&eacute;nome, Evry). Emploi de cha&icirc;nes de Markov cach&eacute;es pour l'annotation du g&eacute;nome.</li>  <li> Lundi 10 d&eacute;cembre 2001 &agrave; 11h &agrave; l'IGM (bat. 400, salle A. Kalogeropoulos). Philipp Bucher (ISB, Lausanne). Computational modelling of a transcription factor binding site from over 4500 in vitro selected target sequences.</li>  <li> Jeudi 6 d&eacute;cembre 2001 &agrave; 10h, LIMSI (b&acirc;timent 508, salle de conf&eacute;rences). Edward Trifonov (Weizmann Institute). Protein structure and evolution: an entirely new picture</li>  <li> Jeudi 8 novembre 2001 &agrave; 16h30, LRI (b&acirc;timent 490, salle 101, 1er etage). Serge Dulucq (LaBRI, Bordeaux). Algorithmique de la comparaison de s&eacute;quences et structures secondaires d'ARN.</li>  <li> Jeudi 28 juin 2001 &agrave; 16h30 &agrave; l'IGM (bat. 400, salle A. Kalogeropoulos). Domenico LIBRI (CGM) : La m&eacute;thode SELEX : de l'al&eacute;atoire au fonctionnel.</li>  <li> Jeudi 3 mai 2001 &agrave; 16h30, LRI (b&acirc;timent 490, salle 101, 1er etage). Jacques Nicolas (IRISA, Rennes): Inf&eacute;rence grammaticale pour la d&eacute;couverte de signatures de familles de s&eacute;quences.</li>  <li> Jeudi 8 mars 2001 &agrave; 16h30, LRI (b&acirc;timent 490, salle 101, 1er etage). Christine Froidevaux (LRI). Des banques de donnees aux bases de donnees : cooperation et extraction de connaissances.</li>  <li> Jeudi 25 janvier 2001 &agrave; 16h30, IBP (b&acirc;timent 630-enseignement, RdC gauche, salle jaune). Alain Lecharny (IBP) : "La duplication des g&egrave;nes dans le g&eacute;nome nucl&eacute;aire d'Arabidopsis thaliana".</li>  <li> Jeudi 16 novembre 2000 &agrave; 16h30, LRI, b&acirc;timent 490, salle 101 (1er &eacute;tage). Marie-Jos&eacute;e Daboussi (IGM): "Les &eacute;l&eacute;ments transposables : des architectes du g&eacute;nome".</li>  <li> Jeudi 19 octobre 2000 &agrave; 16h, LRI, b&acirc;timent 490, salle 101 (1er &eacute;tage). Sophie Laplante (LRI) : "Une introduction &agrave; la th&eacute;orie de l'information et &agrave; la complexit&eacute; de Kolmogorov"</li>  <li> Jeudi 9 mars 2000 &agrave; 16h &agrave; l'IGM Orsay (b&acirc;t.400), salle Angelos Kalogeropoulos (RdC). Edward Trifonov, (Department of Structural Biology, The Weizmann Institute of Science) : Reading earliest history of life from the genes. How it all started.</li>  <li> Jeudi 27 janvier 2000, 16h au LRI (b&acirc;t. 490), salle 101 (1er &eacute;tage). Dominique Barth (PRISM, Versailles) : Notions d'algorithmique et d'optimisation combinatoire ou "Pourquoi nous aimons les probl&egrave;mes que nous pensons difficiles".</li>  <li> Jeudi 16 d&eacute;cembre 1999, 16h &agrave; l'IGM (bat. 400), salle de conf&eacute;rences (rdc). Jean-Pierre Rousset (IGM) : D&eacute;rapage, signalisation non respect&eacute;e, acrobaties : les surprises du d&eacute;codage du message g&eacute;n&eacute;tique par le ribosome.</li>  <li> Jeudi 25 novembre 1999, 16h au Limsi (bat. 508), salle de conf&eacute;rences (rdc). Annelies Braffort (LIMSI), Rachid Gherbi (LIMSI), Fatima Kettaf (LIMSI), Claire Toffano-Nioche (IGM-LIMSI) : m&eacute;thodes a base d'apprentissage, reconnaissance de formes et application a l'analyse des g&eacute;nomes.</li>  <li> Jeudi 6 mai 1999, 16h30 au LRI (bat. 490). Alain Denise (LRI) : Bases de th&eacute;orie des langages appliqu&eacute;e &agrave; l'analyse des g&eacute;nomes.</li>  <li> Mercredi 14 avril 1999, 16h au LIMSI (bat. 508). Michel Termier (IGM), Monique Bolotin-Fukuhara (IGM), Mo&iuml;se Pinto (IGM) : El&eacute;ments de g&eacute;nomique et g&eacute;n&eacute;tique.</li> </ul>  <p><br>N'h&eacute;sitez pas a <a href="mailto: termier@igmors.u-psud.fr,Alain.Denise@lri.fr, gherbi@limsi.fr, toffano@ibp.u-psud.fr">nous contacter</a> pour toute remarque ou renseignement. <br>&nbsp; <p>Michel Termier, <br>Alain Denise, <br>Rachid Gherbi, <br>Claire Toffano-Nioche. <p> <hr><a NAME="LiensGenomique"></a> <center> <h3> Des liens vers des sites de G&eacute;nomique, et une promenade guid&eacute;e pour informaticiens, par Mo&iuml;se Pinto</h3></center> Trois sites fondamentaux en Genomique: <ul> <li> Le plus large, qui va de la bibliotheque electronique d'ouvrages scientifiques... aux sequences de genomes divers: <a href="http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/">http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/</a></li>  <li> Le site plus particulierement focalise sur le produit des genes avec des representations 3D: <a href="http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html">http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html</a></li>  <li> Le site devolu a la levure Saccharomyces cerevisiae: <a href="http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/">http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/</a></li> </ul> Un quatri&egrave;me site propose de tr&egrave;s belles images 3D: <ul> <li> <a href="http://www.imb-jena.de/image_library/DNA/">http://www.imb-jena.de/image_library/DNA/</a>.</li> </ul> En fait, comme vous pourrez tres vite le constater, les tros premiers sites ci-dessus comportent des ouvertures les uns vers les autres. Peut-etre, a titre de premier exercice, je peux vous suggerer de faire un tour de piste a partir d'un 4eme site "infobiogen": <a href="http://www.infobiogen.fr/">http://www.infobiogen.fr/</a> <br>Faire le parcours suivant en regardant toutes les possibilites-liens-analyses dans chaque page: <ul> <li> depuis la Home page de Infobiogen, dans Liens activer "DEAMBULUM"</li>  <li> dans Interrogation des bases de donnees activer "Genomes et Organismes"</li>  <li> dans liste des organismes modeles activer "champignons"</li>  <li> activer alors "Saccharomyces cerevisiae"</li>  <li> presque au bas de la liste consacree a Saccharomyces cerevisiae activer "Yeast SWISS-PROT list (ExPASY)"</li>  <li> on se trouve alors dans une page index de Saccharomyces cerevisiae. Au bas de cette page, apres le "7) Chromosome localization" on a un listing de genes de l'organisme avec des entrees pour des analyses specifiques. Allez a la 17eme ligne au gene de l'enzyme Aconitase appele par le symbole "ACO1"; sur cette ligne specifique activer "ACON Yeast"</li>  <li> on se trouve alors avec la page SWISS-PROT consacree specifiquement a la proteine en question qui se retrouve attribuee de l'index P 19414. Toutes les caracteristiques de cette proteine enzymatique y sont avec en bas de la page sa sequence en acides amines (alphabet a une lettre). Une fois de plus (c'est un hasard), 17 lignes avant cette sequence activer "SWISS-3DIMAGE"</li>  <li> en haut de la page on a alors plusieurs entrees pour des vues en 3 dimensions de la molecule, a condition de posseder des logiciels adequat (on peut telecharger certains de ceux-ci a partir de ces memes entrees). De maniere plus rapide on a, dans la rubrique"Images" 4 possibilites de representation 3D de la molecule grace a GIF ou JPEG.</li> </ul>  <hr> <br>Pour toute remarque sur cette page : <a href="mailto:Alain.Denise@lri.fr">Alain.Denise@lri.fr</a>. </body> </html> 
