Les journées se dérouleront au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique Lirmm à Montpellier du mercredi 11 Juin 10h00 au jeudi 12 Juin 17h00.
Le plan d'accès et les informations utiles sont disponibles à partir du lien éponyme sur la page d'accueil du Lirmm.
Mercredi 11 Juin :
- 10h-10h15 Accueil et Introduction des Journées
- 10h15-11h Claude Pasquier "Ontologies pour l'aide à l'analyse de puces à ADN"
- 11h-11h20 Pause "Café"
- 11h20-12h05 Sarah Cohen Boulakia "Intégration de données et ontologies de taches pour l'analyse du transcriptome de tumeurs cancéreuses : projet HKIS"
- 12h05-12h50 Oriane Matte "Création d'ontologies en biologie et leur utilisation en extraction d'information"
- 12h50-14h00 Déjeuner sur place
- 14h00-14h45 Emmanuel Cornillot "Génomique des microsporidies : recherche d'ontologie en parasitologie"
- 14h45-15h30 Pierre Larmande "Un modèle partagé pour deux bases de données plantes"
- 15h30-15h50 Pause "Café"
- 15h50-16h25 Véronique Giudicelli "IMGT-Ontology"
- 16h25-17h00 Guillaume Rousse "Vers une ontologie de la systématique"
- 17h00-17h45 Marie-Dominique Devignes/Malika Smail "Sources de données génomiques, intégration de données hétérogènes, scénario de collecte de données, métadonnées et ontologies pour guider la navigation à travers les sources de données"
- 17h45-18h30 Julie Chabalier "ISYMOD: une base de connaissances AROM pour la représentation, l'identification et la reconstruction de systèmes biologiques intégrés"
20h00 Dîner en centre ville
Jeudi 12 Juin :
- 9h00-9h45 Bernard Vatant "Partage des connaissances dans un environnement distribué: rôle et mise en oeuvre des standards sémantiques".
- 9h45-10h30 Mathieu Lafourcade "Vecteurs conceptuels et représentation du sens - comparaison entre apprentissage par jeux de concepts ou par émergence"
- 10h30-10h50 Pause "Café"
- 10h50-11h35 Yves Kodratoff "Problème générique de la chaine des prétraitements nécessaires à la création des ontologies"
- 11H35-12H20 Christine Golbreich "Langages pour le Web Sémantique et usage en Médecine""
- 12h20-12h50 Denys Chaume "IMGT-Ontology et Services WEB"
Tables rondes
- 14h-16h45 Table ronde Ontologies et Grilles de calcul (modérateurs Christophe Blanchet et Patrice Duroux)
- 14-16h45 Table ronde Métadonnées (modérateurs Thérèse Libourel et Isabelle Mougenot)
- 16h45-17h00 Discours de fin des Journées
InscriptionL'inscription aux journées est gratuite mais obligatoire à l'adresse mougenot@lirmm.fr. La date limite d'inscription est fixée au 6 Juin. Les frais de mission peuvent etre pris en charge jusqu'à une certaine hauteur grâce au financement IMPG.
Rappel des thématiquesMétadonnées
- Etat de l'art, définitions
- Standards de métadonnées : Dublin core, FGDC, ...
- Les rôles attendus : localiser une information sans connaître à priori la source, estimer la qualité d'une information, interroger de manière pertinente différentes sources de données hétérogènes
- Architectures tirant parti de métadonnées
- ...
Ontologies
- Etat de l'art, définitions,
- Les formalismes, les outils, les approches sous-jacentes
- Les rôles attendus : interopérabilite, intégration, partage de la connaissance, acquisition et représentation de la connaissance, gestion, interrogation, ...
- Ontologies et UML,
- Architectures sous-jacentes
- Ontologies et grilles pour la génomique
- ...
Exemples illustratifs de mise en oeuvre : peut être très large
- Fédération de sources de données hétérogènes pour une validation d'expériences et de modèles biologiques précis (dans le cadre du transcriptome, du protéome ou autres)
- Utilisations conjointes d'ontologies et de grille dans le cadre d'études consacrées à la parasitologie, ou autres
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