;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; SEMINAIRE DE BIOINFORMATIQUE DIFFUSER LARGEMENT ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Nous avons le plaisir de vous inviter à la prochaine édition du séminaire de Bioinformatique de la Génopole Montpellier Languedoc-Roussillon qui aura lieu le : Jeudi 25 novembre 2004, de 9 h 00 à 12 h 30 dans l'amphithéâtre de l'Institut Européen des Membranes de Montpellier 300 Avenue du Professeur Emile JEANBRAU à Montpellier Plan d'accès à http://www.iemm.univ-montp2.fr/ et abordera le thème : DUPLICATION DE GENES Les intervenants sont : - Prof. Pierre Pontarotti, de l'Université de Provence 3, - Prof. Erich Bornberg-Bauer de l'Université de Muenster (RFA). Les titres, les résumés des interventions et les horaires détaillés sont donnés ci-dessous. Ces séminaires ont une double vocation de formation et de recherche. L'objectif est de favoriser les rencontres entre chercheurs de la Génopole issus de différents horizons et d'introduire à chaque séance un domaine de recherche d'actualité. Les résumés des éditions précédentes sont disponibles sur le site de la Génopole Montpellier Languedoc-Roussillon (http://www.genopole-montpellier-lr.org/). Pour des questions d'organisation (de la pause café notamment), il est INDISPENSABLE de s'inscrire par mèl auprès de Séverine Heurdier (heurdier@lirmm.fr). Toutes les inscriptions sont enregistrées dès leur réception (même si il n'y a pas de confirmation). Cordialement Eric RIVALS (PhD) - rivals@lirmm.fr - www.lirmm.fr/~rivals LIRMM, 161 rue Ada, 34392 Montpellier Cedex 5 FRANCE Tel. (33 or 0 from France) 4 67 41 86 64 Fax. (33 or 0 from France) 4 67 41 85 00 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9h15-10h30 Pierre Pontarotti Laboratoire de phylogénomique EA EGEE (Evolution Génome Environnement) Université de Provence - Marseille Web: http://www.up.univ-mrs.fr/evol/phylogenomics-lab/ Titre : Duplication des gènes : impact sur l'évolution biologique des espèces et pour l'annotation fonctionnelle des génomes. Résumé : Plusieurs types de mutations peuvent survenir dans nos génomes, mutation ponctuelle, délétion , duplication, etc. Dans le cas d'une duplication la taille du duplicon (unité de duplication) peut aller d'un acide nucléique à un génome complet (polyploïdisation). Après l'événement de duplication plusieurs scénarii sont possibles 1) la duplication n'est pas fixée dans les populations soit à cause de pression de sélection négatives ou par dérive génétique , 2) la duplication est fixée (dans le cas d'une unité génique complète) les mécanismes sont les suivant : la première possibilité est que une des copie va garder sa « fonction » ancestrale et l'autre copie va évoluer vers une nouvelle « fonction » sous pression de sélection positive, la deuxième possibilité est que les deux copies soient « sous fonctionnalisée » une dernière possibilité est la dérive génétique. Nous pouvons noter ici que l'utilisation du mot fonction est floue. C'est pour cette raison qu'une partie de ce séminaire sera consacrée à une précision sémantique du terme fonction. En effet la notion de fonction peut se voir à différent niveaux , moléculaire, cellulaire, de l'organisme. La mutation qui survient donc au niveau moléculaire peut avoir un impact a différents niveaux de ce qu'on appelle fonction. Une notion importante, qui sera aussi développée, pour la compréhension de la « fonction » des gènes et l'apparition de nouvelles « fonctions » est la notion de co option ou recrutement. Finalement, je montrerai comment ces concepts sont intgrés au laboaratoire dans une plateforme informatique dédiée à l'annotation automatique des génomes . ----------------------------------------------------------------------- 10h30-11h00 Pause café (croissants, tartines, discussions, ...) ----------------------------------------------------------------------- 11h00-12h15 Erich Bornberg-Bauer University of Muenster Web: http://www.uni-muenster.de/Biologie.Botanik/ebb/ Email: ebb@uni-muenster.de Titre : Some principles of Network Evolution: The roles of single gene duplication, large scale duplications, homodimerisation and domain rearrangements in the evolution of transcription factor interaction networks Résumé : Explaining the evolution of complexity has been a challenge to Darwinian theory since its conception. At the molecular level, biological complexity involves networks of ligand-protein, protein-protein and protein-nucleic acid interactions in metabolism, signal transduction, gene regulation, protein synthesis and so on. The duplication of genes is the predominant mechanism for the generation of new members of a protein family and so is central to the evolution of complexity. The duplication that increases the size of a network may occur either via single-gene duplication events or by duplication of genes on a large-scale, including the entire genome. The need for networks to remain stable and functional in the cellular environment after the duplication event(s) is thought to favor whole-genome duplication By combining phylogenetic, proteomic and structural information, we have elucidated the evolutionary driving forces for the gene-regulatory interaction networks of bHLH transcription factors. We infer that recurrent events of single-gene duplication and domain rearrangement repeatedly gave rise to distinct networks with almost identical hub-based topologies, and multiple activators and repressors. We thus provide the first empirical evidence for: scale-free protein networks emerging through single-gene duplications, the dominant importance of molecular modularity in the bottom-up construction of complex biological entities, and the convergent evolution of networks. [1] G. Amoutzias, D.L. Robertson, S.G. Oliver and E. Bornberg-Bauer (2004) Convergent Evolution of Gene Networks by single-gene duplication in higher eukaryotes. EMBO Reports. 5:274-279; (2004). [2] G. Amoutzias, D.L. Robertson and E. Bornberg-Bauer (2004) Evolution of protein-protein interaction networks in homo- and heterodimerising eukaryotic transcription factors. Comparative and Functional Genomics. 5:79-84. ----------------------------------------------------------------------- ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les personnes qui ont reçu cette annonce de manière indirecte et qui souhaitent s'inscrire sur la liste de diffusion Montpellier Bioinfo peuvent le faire en envoyant un mail à sympa@lirmm.fr , avec comme message : SUBscribe mtp-bioinfo votre_prénom votre_nom ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; LIRMM, 161 rue Ada, 34392 - Montpellier - FRANCE Tel. (33 or 0 from France) 4 67 41 85 48 Fax. (33 or 0 from France) 4 67 41 85 00 http://www.lirmm.fr/~w3ifa/MAAS/