Ce groupe de travail se réunit au LIRMM généralement en salle 3.24.
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Séances en 2003
07.02.03
: An Exact and Polynomial Distance-Based Algorithm
to Reconstruct Single Copy Tandem Duplication Trees, Elemento, O.,
Gascuel, O par O. Elemento. fichier
24.02.03
: Alignement cyclique, Article de Maes, IPL
1990, par F. Nicolas
07.03.03
: Détection de répétitions exactes dans les
textes, dans ``Algorithmique du Texte'' de CHL, Vuivert 2001, par
S. Bérard
14.03.03
: Construction de l'arbre des suffixes en temps
linéaire, E. Ukkonen, voir livre ASTS de D. Gusfield, Cambridge
Univ. Press, 1997, par E. Rivals
21.03.03
: Approximate periods in strings, Sim et al,
TCS 262 (2001), par E. Rivals ?
fichier
02.04.03
: Nombre d'occurrences de puissances locales
dans un texte et détection de carré (section 9.3), dans
``Algorithmique du Texte'' de CHL, Vuivert 2001, section 9.2 et 9.3
par F. Nicolas
11.04.03
: Tandem cyclic alignment, G. Benson,
Proceedings of the 12th Annual Symposium on Combinatorial Pattern
Matching (CPM 2001), LNCS, 2089:118-130, 2001. par ?
fichier
16.04.03
: Arbres de duplication, par D. Bertrand
06.05.03
: String Matching Problems from
Bioinformatics which still need better solutions, G. Gonnet, par
E. Rivals,
fichier
21.05.03
: NP-complétude du calcul du plus long sous-mot
circulaire, par F. Nicolas
fichier
28.05.03
: Algorithmic Aspects of Tandem Repeats
Evolution, par E. Rivals,
fichier
09.07.03
: un PTAS pour le problème de la séquence
médiane, par F. Nicolas
16.07.03
: l'arbre des suffixes, U. Manber and E.
Myers, ``Suffix Arrays: A New Method for On-Line String Searches,''
SIAM Journal on Computing 22, 5 (1993), 935-948 ; aussi Manber et
Myers, SODA 1990, par E. Rivals,
fichier
17.09.03
: Algorithme de Karp Miller et Rosenberg pour
la recherche de mots répétés dans un texte, par S. Bérard ?,
fichier
02.10.03
: Plus long chemin dans un graphe oriénté
contenant des cycles., par S. Bérard
10.10.03
: Universal DNA tag systems: A Combinatorial
Design Scheme (le design de tags pour les puces à ADN) , A.
Ben-Dor, R. Karp, B. Schwikowski, Z. Yakhini, Journal of
Computational Biology 3/4, 2000, pp.503-519 par E. Rivals,
fichier
10.11.03
: Sequence-structure-function relationship of
proteins with repetitive sequences, par A. Kajava,
fichier
18.11.03
: Complexité et approximation de la conception
d'amorces multiplexes, par F. Nicolas,
fichier
20 et 21.11.03
: Journées AS Indexation de textes et
découverte de motifs, au Campus du CNRS à Montpellier,
fichier
27.11.03
: Parcimonie et cout des arches, par O.
Gascuel, fichier
Séances en 2004
05.01.04
: Histoires de répétitions en tandem sans
contraintes sur les positions de duplication, par E. Rivals
15.01.04
: Alignement de minisatellites avec coûts variables, par F. Nicolas
21.01.04
: Alignement de minisatellites avec coûts variables, par F. Nicolas