Protein PFA0180w (PlasmoDB link) - New domain DEAD (Pfam link)

Sequence and domain localizations (colored) at: 697...1140 

   1 MYVSFFSLIFCFYVSFYILFITLFTKKNCLCIVLKEREESYNIILKKKNKTKQNKTKYFV   60
  61 HNFFKKNNVHPYYKSIRIFPGRTFLPYYQNVKDKKKRNIKLKDNNNNNNNNKYNSICNYY  120
 121 DNQNVKTNKKNLPPYNNIKNQHDHVVSTNNKKRNSLGKDKQNILLIDKQLNNTEYKSNIE  180
 181 QQKQDNNHSYFEKKEKKKKKKKIHKFKTSKKQENILNMFENNLNYSIDKLNKKTKKYEIF  240
 241 TQKENIKSDVLQNEILKKILSKDTKSKNKHDQVKNKDDQVKNKDDKIKNKHDKVKNKHDK  300
 301 VKNKKDKIKNKKDKVKNKDDKIKNNNDERQNKIKMPINNNQNNFKHQDKCNINHQHENNK  360
 361 IKHYIDDITNQQNEQNNKDLHNCLNDHQHIHNKNIITEHTNYLHNHITTNAHVNNNQPII  420
 421 NIQQIFQVSKSVDNFRRQIQIKYNKQNNGNEIKKRLQQYDCIIDFNANKNIITQGIAENK  480
 481 NEKKNEKKKINKNYTFYDVGIYDNFINIYLKYNDINYTTDHQAEYIPIILFFLNNVKNDL  540
 541 YNCYKQMITYHNNNILNHNSNILSKENEKKQPFSTYNISNLCSPDQMVINKKMNQRQSTH  600
 601 VDEQKDTSCHIKNVYNNNDNNFVIQNNELLTSNLLIKDNNINSKQNQDMPNKINFAKEDD  660
 661 NKKCDEKNYMDDQKCGEKNYMDDKEKTSNIKQILYVNKYNEKLKKLIRTFFLHCPTGTGK  720
 721 TFIYLLPLFQEISNYNFLEYEQNQIQTKESYDENNLFCKHKFFYANKNINEQLTSFLCVN  780
 781 KTEEQIFRNYNIERMKHIFNSIINQNNQVNLKTENTTNGSLNNEKEYAFHEKKKLNDNHK  840
 841 NHIYNTERQKKKKDILLITYNKELAVQIYELYKDIINSFYKSYDASFFKNNNSIIYPSSI  900
 901 QKHGQMLIEKLNINFKEKLNMNVHLLIGGNNIKYQLKSLKKKKNNNIKNININKNINVNK  960
 961 NINVNKNININKNINVNINSNNNSNNNYYYDKDNHVNDKMDRHHINDKHSNEQHVIQSSF 1020
1021 CDEENINIYIGTPGRLHKLIHEKKIIKLNNISTVIFDEYDFFFNSMKVKNNLKNKEHVVE 1080
1081 LENQFFAKLLKSIYLKNKEEIVQKKKSIKDTKNIHHYKNNNSVINVICCSATSAIYPYLT 1140
1141 YTKHIITTNFLNNLYSELISDKYITDQNYKERKQIQNEDITKKKKEIVSDDNDNDNDNDN 1200
1201 DNNNNNNNNNNNNDGDAIYSSSSSSSCSNSCSSGAGLHLNNQKNNDTEQTNNSFINYKKE 1260
1261 QIMLNDLFKINNIVKMPKNLIHLNYCYDKKNKERNNNATSNFLRVLFSNPLNKNVLVFCN 1320
1321 TKKKVLDLWSLFRNRFDVDIQTIFSQKDKGKKKIFKDINYANFFKNDLIDYKNLKKYVNF 1380
1381 LFISTNLLYRGINCMGFTTIINYDMPFDTTEYVHRCGRIGRINNKGAIINIFEKKMKRNY 1440
1441 NKEIFNKLNIKTYDIDCYMNNMFTFKEKVKRK 1472

Alignement of domain consensus (first line) on the sequence (colored line).

Each position reports the amino acid with highest probability; capital letters mean highly conserved residues (i.e. with probability > 50%).

Occurence 697...1140 
   1 tpiQaeaipailDvlvqApTGSGKTlAfllPileallk.p....................   59
 697 NKYNEKLKKLIRTFFLHCPTGTGKTFIYLLPLFQEISNyNfleyeqnqiqtkesydennl  756

  61 ............................................................  119
 757 fckhkffyanknineqltsflcvnkteeqifrnyniermkhifnsiinqnnqvnlktent  816

 121 ..............................ekkkdgpqalvlaPTReLaeQiyeelkklg  179
 817 tngslnnekeyafhekkklndnhknhiyntERQKKKKDILLITYNKELAVQIYELYKDII  876

 181 kglgl.......................................................  239
 877 NSFYKsydasffknnnsiiypssiqkhgqmlieklninfkeklnmnvhlliggnnikyql  936

 241 ............................................................  299
 937 kslkkkknnniknininkninvnkninvnknininkninvninsnnnsnnnyyydkdnhv  996

 301 ................kallGdsikeqkgpdIlvgTPgrLldllgrkrsldlknlkllVl  359
 997 ndkmdrhhindkhsneQHVIQSSFCDEENINIYIGTPGRLHKLIHEKKIIKLNNISTVIF 1056

 361 DEAdrll.dmGfgddleeirrl...............................ppkr...  419
1057 DEYDFFFnSMKVKNNLKNKEHVvelenqffakllksiylknkeeivqkkksikDTKNihh 1116

 421 fqdlpnrq.tllfSATlprnvedl  444
1117 YKNNNSVInVICCSATSAIYPYLT 1140