GO Annotation of Domain Combinations

Here are the GO annotations that can be associated with domain combinations using the following procedure. First, we enumerated all domain combinations of two or more Pfam domains that can be found in the SWISSPROT proteins. For example, if a protein possesses the InterPro domains A, B and C, its domain combinations are {A,B}, {A,C}, {B,C} and {A,B,C}. Only domain combinations that are found in at least 10 SWISSPROT proteins were considered. Next, for each domain combination, we identified the GO annotations that are shared by all proteins associated with these domains. Only the annotations that cannot be associated this way with a more general combination are reported here. For example, if the GO term T is associated with domain combinations {A,B}, {A,C} and {A,B,D}, only the associations {A,B}->T and {A,C}->T are reported in the list below. This procedure allowed us to associate at least one GO term with 2235 domain combinations: 2115 domain pairs, 119 domain triplets and 1 quadruplet. Note that among the 1502 Pfam domains involved, 519 are not associated with a GO annotation in the InterPro2GO file.

In the following list of domain combination ⇒ GO term, we indicate in parentheses the number of SWISSPROT proteins annoted with the GO term and possessing the domain combination.

Domains Pairs :

PF10417 PF00578 -> GO:0004601 (103);
PF00389 PF01842 -> GO:0004617 (17); GO:0006564 (17);
PF02826 PF01842 -> GO:0004617 (17); GO:0006564 (17);
PF00198 PF00364 -> GO:0044424 (64);
PF00198 PF00676 -> GO:0004591 (13); GO:0006096 (13); GO:0030976 (13);
PF00198 PF02817 -> GO:0044424 (54);
PF00198 PF02779 -> GO:0004591 (13); GO:0006096 (13); GO:0030976 (13);
PF03171 PF08336 -> GO:0005506 (12); GO:0019538 (12);
PF00725 PF02737 -> GO:0043231 (147); GO:0044444 (147);
PF00725 PF00378 -> GO:0043231 (143); GO:0044444 (143);
PF02737 PF00378 -> GO:0043231 (143); GO:0044444 (143);
PF05902 PF08736 -> GO:0007010 (12); GO:0019898 (12);
PF05902 PF09380 -> GO:0007010 (12); GO:0019898 (12);
PF05902 PF00373 -> GO:0007010 (12); GO:0019898 (12);
PF05902 PF09379 -> GO:0007010 (12); GO:0019898 (12);
PF05902 PF04382 -> GO:0005737 (11); GO:0019898 (11);
PF07694 PF01590 -> GO:0005524 (21); GO:0005886 (21);
PF07694 PF00990 -> GO:0005886 (15);
PF07694 PF02518 -> GO:0005886 (26);
PF07694 PF06580 -> GO:0005524 (26); GO:0005886 (26);
PF01367 PF02739 -> GO:0005622 (48); GO:0006259 (37);
PF01367 PF00476 -> GO:0005622 (28); GO:0006281 (34);
PF02739 PF00476 -> GO:0005622 (28); GO:0006281 (34);
PF02872 PF00149 -> GO:0000166 (21); GO:0016788 (21); GO:0046872 (21);
PF01591 PF00300 -> GO:0005737 (14); GO:0006003 (23);
PF00001 PF01462 -> GO:0005515 (21); GO:0005886 (21); GO:0016500 (21);
PF00001 PF00560 -> GO:0004930 (30); GO:0005886 (30);
PF00001 PF10413 -> GO:0004930 (87); GO:0007602 (87); GO:0009881 (87); GO:0018298 (87);
PF00002 PF07645 -> GO:0005509 (13); GO:0005886 (13); GO:0007218 (13); GO:0016021 (13);
PF00002 PF01825 -> GO:0005886 (71); GO:0016021 (71);
PF00002 PF02793 -> GO:0016021 (90);
PF00207 PF01835 -> GO:0005576 (35);
PF00207 PF07703 -> GO:0005576 (35);
PF00207 PF01821 -> GO:0005515 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF00207 PF01759 -> GO:0005515 (14); GO:0005576 (15); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF00207 PF10569 -> GO:0005576 (31);
PF01835 PF07678 -> GO:0005515 (34);
PF01835 PF01821 -> GO:0005515 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF01835 PF01759 -> GO:0005515 (14); GO:0005576 (15); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF01835 PF10569 -> GO:0005576 (31);
PF07703 PF07678 -> GO:0004866 (34); GO:0005515 (34);
PF07703 PF07677 -> GO:0004866 (34);
PF07703 PF01821 -> GO:0004866 (14); GO:0005515 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF07703 PF01759 -> GO:0004866 (14); GO:0005515 (14); GO:0005576 (15); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF07703 PF10569 -> GO:0004866 (30); GO:0005515 (30); GO:0005576 (31);
PF07678 PF01821 -> GO:0004866 (14); GO:0005515 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF07678 PF01759 -> GO:0005515 (15); GO:0006956 (16); GO:0016064 (16);
PF07678 PF10569 -> GO:0005515 (31);
PF07677 PF01821 -> GO:0004866 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF07677 PF01759 -> GO:0006956 (17); GO:0016064 (17);
PF02177 PF03494 -> GO:0004867 (10);
PF02177 PF00014 -> GO:0007166 (10);
PF00004 PF07724 -> GO:0017111 (188); GO:0044464 (146);
PF00004 PF02933 -> GO:0044464 (23);
PF00004 PF02359 -> GO:0044464 (22);
PF00004 PF09079 -> GO:0006260 (23); GO:0017111 (23);
PF00004 PF10431 -> GO:0017111 (187); GO:0044464 (145);
PF00004 PF02861 -> GO:0005737 (139); GO:0017111 (168);
PF00004 PF05695 -> GO:0009570 (64);
PF00004 PF06480 -> GO:0044267 (62);
PF00004 PF02190 -> GO:0005737 (53); GO:0008236 (56);
PF00004 PF05362 -> GO:0005737 (53);
PF00004 PF04212 -> GO:0005737 (11); GO:0017111 (11);
PF00004 PF01434 -> GO:0044464 (84);
PF00004 PF05491 -> GO:0009379 (11);
PF00004 PF05496 -> GO:0009379 (11);
PF00004 PF06068 -> GO:0009987 (31);
PF00004 PF02151 -> GO:0017111 (41);
PF07724 PF02861 -> GO:0005737 (138); GO:0017111 (167);
PF07724 PF02151 -> GO:0017111 (41);
PF07724 PF06689 -> GO:0044267 (432);
PF07728 PF08385 -> GO:0003777 (33); GO:0007018 (33); GO:0030286 (33);
PF07728 PF08393 -> GO:0003777 (40); GO:0007018 (40); GO:0030286 (40);
PF00696 PF00583 -> GO:0004042 (46); GO:0005737 (46); GO:0006526 (46);
PF00696 PF00742 -> GO:0004072 (12); GO:0009067 (12);
PF00696 PF03447 -> GO:0004072 (12); GO:0004412 (12); GO:0009067 (12);
PF00696 PF01472 -> GO:0004349 (274); GO:0005737 (271); GO:0006561 (274);
PF00324 PF08403 -> GO:0006814 (11); GO:0006821 (11); GO:0015377 (11); GO:0016021 (11); GO:0031402 (11);
PF01061 PF08370 -> GO:0006810 (17);
PF06472 PF00005 -> GO:0016021 (17);
PF00005 PF02687 -> GO:0005215 (97); GO:0015893 (97); GO:0044425 (96);
PF00005 PF09383 -> GO:0005886 (246); GO:0006810 (250); GO:0042626 (250);
PF00005 PF08370 -> GO:0006810 (17); GO:0016020 (23);
PF00005 PF03412 -> GO:0006810 (36); GO:0042626 (36);
PF00005 PF08352 -> GO:0016020 (92);
PF08326 PF02785 -> GO:0004075 (10); GO:0005737 (10); GO:0009374 (10);
PF08326 PF00364 -> GO:0004075 (10); GO:0005737 (10); GO:0009374 (10);
PF08326 PF02786 -> GO:0004075 (10); GO:0005737 (10); GO:0009374 (10);
PF08326 PF00289 -> GO:0004075 (10); GO:0005737 (10); GO:0009374 (10);
PF08326 PF01039 -> GO:0004075 (10); GO:0005737 (10); GO:0009374 (10);
PF08545 PF08541 -> GO:0005737 (330);
PF01842 PF10369 -> GO:0003984 (24); GO:0009082 (24);
PF01842 PF00351 -> GO:0016714 (17);
PF01842 PF03445 -> GO:0006807 (13); GO:0008773 (13);
PF01842 PF08335 -> GO:0008773 (140);
PF01842 PF01966 -> GO:0003824 (165);
PF01842 PF00742 -> GO:0009067 (20);
PF01842 PF03447 -> GO:0004412 (20); GO:0009067 (20);
PF01842 PF01909 -> GO:0008773 (117);
PF01842 PF02153 -> GO:0008977 (14); GO:0055114 (14);
PF01842 PF04607 -> GO:0003824 (31);
PF01842 PF02824 -> GO:0003824 (31); GO:0015969 (31);
PF00976 PF08384 -> GO:0005179 (19); GO:0005576 (19); GO:0007218 (19);
PF00976 PF08035 -> GO:0005179 (21); GO:0005576 (21); GO:0007218 (21);
PF08674 PF00135 -> GO:0004104 (15);
PF08516 PF07974 -> GO:0016021 (38);
PF05986 PF01562 -> GO:0005578 (34);
PF05986 PF01421 -> GO:0005578 (36); GO:0008270 (36);
PF00107 PF00698 -> GO:0000036 (10); GO:0016747 (10); GO:0031177 (10); GO:0044249 (10); GO:0048037 (10);
PF00107 PF02801 -> GO:0000036 (10); GO:0016747 (10); GO:0031177 (10); GO:0044249 (10); GO:0048037 (10);
PF00107 PF00550 -> GO:0000036 (10); GO:0016747 (10); GO:0031177 (10); GO:0044249 (10);
PF00107 PF00109 -> GO:0000036 (10); GO:0016747 (10); GO:0031177 (10); GO:0044249 (10); GO:0048037 (10);
PF10397 PF00206 -> GO:0009987 (37);
PF01808 PF02142 -> GO:0004643 (318);
PF00586 PF02769 -> GO:0044237 (640);
PF00586 PF01071 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF00586 PF02843 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF00586 PF02844 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF02769 PF01071 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF02769 PF02843 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF02769 PF02844 -> GO:0004641 (10); GO:0005524 (10); GO:0005737 (10); GO:0006189 (10);
PF00501 PF01553 -> GO:0005524 (29); GO:0005886 (29); GO:0008779 (29); GO:0008922 (29); GO:0016021 (29);
PF00501 PF00668 -> GO:0000036 (44); GO:0005488 (44); GO:0016874 (44);
PF00501 PF00550 -> GO:0000036 (50); GO:0016874 (50);
PF00501 PF00975 -> GO:0000036 (17); GO:0016874 (17); GO:0048037 (17);
PF05195 PF00557 -> GO:0008237 (15);
PF01821 PF01759 -> GO:0004866 (14); GO:0005515 (14); GO:0006956 (15); GO:0016064 (15);
PF01821 PF10569 -> GO:0004866 (12); GO:0005515 (12); GO:0006956 (13); GO:0016064 (13);
PF01094 PF10562 -> GO:0004970 (16); GO:0005234 (16); GO:0006811 (16); GO:0016020 (16);
PF01094 PF00211 -> GO:0004672 (25); GO:0005524 (25); GO:0006468 (25); GO:0016020 (25);
PF01094 PF10613 -> GO:0004970 (61); GO:0005234 (61); GO:0006811 (60); GO:0016020 (61);
PF01094 PF07562 -> GO:0016021 (63);
PF01094 PF00069 -> GO:0009190 (14); GO:0016021 (14); GO:0016849 (14);
PF01094 PF07714 -> GO:0004383 (12); GO:0006182 (12); GO:0007242 (12); GO:0016020 (12);
PF10515 PF03494 -> GO:0004867 (10);
PF10515 PF00014 -> GO:0005488 (12); GO:0007166 (10); GO:0016021 (12);
PF01583 PF01747 -> GO:0005737 (20);
PF01583 PF00009 -> GO:0004020 (10); GO:0004781 (10);
PF01583 PF03144 -> GO:0003924 (10); GO:0004020 (10); GO:0004781 (10);
PF01388 PF02373 -> GO:0005634 (20);
PF01388 PF02375 -> GO:0005515 (19); GO:0005634 (19);
PF01388 PF00628 -> GO:0005634 (18);
PF01388 PF08429 -> GO:0005515 (17); GO:0005634 (17); GO:0008270 (17);
PF01388 PF02928 -> GO:0005515 (19);
PF08688 PF08687 -> GO:0003779 (12); GO:0005737 (12); GO:0016043 (11); GO:0032502 (11); GO:0044430 (12);
PF03477 PF00317 -> GO:0005971 (35);
PF08442 PF00549 -> GO:0005737 (19);
PF00217 PF02807 -> GO:0009987 (14); GO:0044464 (26);
PF00006 PF09378 -> GO:0015078 (18);
PF00006 PF07498 -> GO:0003723 (32); GO:0004386 (32); GO:0005524 (32); GO:0006355 (32);
PF00006 PF07497 -> GO:0004386 (33); GO:0005524 (33); GO:0006355 (33);
PF00306 PF09378 -> GO:0015078 (16);
PF01171 PF09179 -> GO:0006400 (84);
PF02178 PF00628 -> GO:0005634 (13); GO:0006355 (13);
PF04083 PF00561 -> GO:0016787 (22);
PF09290 PF01118 -> GO:0055114 (11);
PF00583 PF00439 -> GO:0004402 (12); GO:0005634 (12); GO:0016568 (12); GO:0045449 (12);
PF00583 PF04055 -> GO:0043229 (12);
PF00330 PF00694 -> GO:0005737 (52);
PF01064 PF00069 -> GO:0016021 (39);
PF01064 PF08515 -> GO:0016021 (25);
PF00441 PF02770 -> GO:0008152 (107);
PF00441 PF02771 -> GO:0008152 (95);
PF02770 PF02771 -> GO:0008152 (92);
PF00698 PF02801 -> GO:0000036 (21); GO:0005488 (21); GO:0009058 (21); GO:0016740 (21);
PF00698 PF00550 -> GO:0000036 (19); GO:0009058 (19); GO:0016740 (19);
PF00698 PF00106 -> GO:0000036 (10); GO:0009058 (10); GO:0016740 (10); GO:0031177 (10); GO:0048037 (10);
PF00698 PF00109 -> GO:0000036 (21); GO:0005488 (21); GO:0009058 (21); GO:0016740 (21);
PF00928 PF01217 -> GO:0043231 (17);
PF05221 PF00670 -> GO:0005737 (161);
PF05641 PF00013 -> GO:0005737 (16);
PF01262 PF05222 -> GO:0008152 (46);
PF00128 PF00686 -> GO:0005509 (25); GO:0005576 (17); GO:0030246 (25);
PF00128 PF01833 -> GO:0005509 (16); GO:0005576 (15); GO:0030246 (16);
PF02806 PF00686 -> GO:0005509 (21); GO:0005576 (15); GO:0030246 (21);
PF02806 PF01833 -> GO:0005509 (16); GO:0005576 (15); GO:0030246 (16);
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