ALBIO
Algorithmes
pour la bioinformatique
Action
spécifique du département STIC du CNRS
11 et
12 mars 2002, Montpellier
La réunion de l’action STIC-CNRS "Algorithmes pour la bioinformatique" aura lieu les 11 et 12 Mars à Montpellier, dans la salle Renaissance, 3 rue Collot, au centre ville, juste a coté de la place Jean-Jaurès et à 5 mn de la gare. Une liste d'hôtels est disponible sur la page de JOBIM'2000. Il faut vraiment être centre ville, pas loin de la gare, par exemple à l'hôtel du Palais.
Résumés des
interventions Liste des participants
PROGRAMME
Lundi 11 mars
9 h 00 Accueil des participants
9 h 15 Présentation des journées
9 h 30 – 12 h 30 ORDRE DE GENES (Serge
Dulucq, Marie-France Sagot)
o
Le tri de permutations
signées, revu et simplifié
Anne Bergeron (IGM,
Marne-la-Vallée, et LABRI, Bordeaux)
o
Réarrangements entre
génomes avec insertion/délétion de gènes
Martin Figeac (LIFL,
Lille)
PAUSE
o
Inférence fonctionnelle par
l’analyse du contexte génétique – une application aux transporteurs ABC
Tristan Colombo (ISBM,
Marseille)
o
The syntenic distance
between genomes
Nadia Pisanti (INRIA
Rhône Alpes)
12 h 30 – 14 h 00 Repas
14 h 00 – 18 h 00 SEQUENCES REPETEES (Gregory Kucherov, Eric Rivals)
o
Algorithmes de détection de
répétitions en tandem
Grégory Kucherov
(LORIA, Nancy)
o
Algorithmes de recherche de
répétitions distantes dans les génomes
Thierry Lecrocq
(LIFAR-ABISS, Rouen)
PAUSE
o
Stratégies de recherche des
similitudes de séquences dans des génomes complets
Pierre Vincens (ENS,
Paris)
o
Histoire de duplication et
séquences répétées en tandem
Eric Rivals (LIRMM,
Montpellier)
Mardi 12 mars
9 h 15 – 11 h 45 DECOUVERTE ET RECHERCHE DE MOTIFS (Jacques Nicolas, Mathieu
Raffinot)
o
Problèmes et méthodes en
découverte de motifs
Jacques Nicolas (IRISA,
Rennes)
o
Distances d'arbres pour les
ARN
Helene Touzet (LIFL,
Lille)
PAUSE
o
Caractérisation de
séquences : l'approche inférence grammaticale
Francois Coste (IRISA,
Rennes)
o
Alignement de séquences,
filtration par q-grams et graphes de de Bruijn - Problèmes ouverts
Pierre Nicodème (CNRS –
Génopole d’Evry)
11 h 45 – 12 h 30 Discussion générale
12 h 30 – 14 h 00 Repas
14 h 00 – 17 h 30 ALIGNEMENT (Saïd Abdeddaim, Jean-Stéphane Varré)
o
Alignement multiple et
phylogénie
Gilles Parmentier
(LID/IMAG, Grenoble)
o
Utilisation de la
consistance pour le calcul et l'evaluation d'alignements multiples
Cedric Notredame (IGS,
Marseille)
o
Parallélisme et alignement
multiple
Frédéric Guinand (LIH,
Le Havre)
PAUSE
o
Alignement de structures
secondaires d’ARN
Laurent Tichit (LABRI,
Bordeaux)
o
Alignement sous-séquentiel
Maxime Crochemore (IGM,
Marne La Vallée)
Page maintenue par Sylvie Pinloche (pinloche@lirmm.fr)