Resyn-Assistant
Présentation
RéSyn-Assistant a
été conçu comme un outil
d'aide à la compréhension des
problèmes de synthèse ciblée en chimie
organique. Dans une approche rétro-synthétique,
il fournit une représentation des multiples aspects d'une
molécule cible sur lesquels le chimiste va raisonner pour
élaborer des stratégies et des tactiques de
planification de synthèse. Ces différents points
de vue concernent principalement :
- la topologie de la
molécule,
c'est-à-dire les propriétés du graphe
moléculaire :
- la stéréochimie
(aspect tridimentionnel)
- la fonctionnalité chimique
: groupements fonctionnels, aromaticité, ...
Résyn-Asssitant permet de créer,
catégoriser, manipuler et stocker des
représentations d'objets chimiques à partir de
diagrammes soumis par le chimiste. Ces objets peuvent
être des structures et sous-structures
moléculaires isolées ou organisées en
hiérarchies, des réactions
génériques et particulières.
Fonctionnalités
Resyn-Asssitant est un prototype
développé en Java depuis 2001. Il fait suite au
logiciel Resyn écrit dans le langage Yafool
[2]. Resyn-Assistant fournit :
- un éditeur simple pour décrire des
molécules ou des réactions. Il est
également possible d'importer des fichiers au format MDL
- des algorithmes d'analyse d'un graphe moléculaire
- recherche des cycles pertinents [3]
- identification des chaines et des liens de cycle [4],
représentation abstraire
- décomposition du graphe en deux parties
symétriques pour concevoir des synthèses
convergentes [5]
- des algorithmes de recherche sous-structurale (isomorphisme
de sous-graphe partiel) mis en oeuvre dans le cadre de la programmation
par contraintes (CSP)
- des algorithmes et des interfaces
élémentaires permettant de gérer des
hiérarchies de graphes chimiques (groupements fonctionnels,
...) [1]
- ...
Le logiciel a été utilisé
dans différents projets de recherche.
Copies d'écran
Références
[1] P. Vismara, Reconnaissance et
représentation d'éléments structuraux
pour la description d'objets complexes. Application à
l'élaboration de stratégies de
synthèse en chimie organique, Thèse de doctorat,
Université Montpellier 2, 1995
[2] P. Vismara, P. Jambaud, C. Laurenço,
et J. Quinqueton. “Resyn : objets, classification et raisonnement
distribué en chimie organique”. In R. Ducournau, J. Euzenat,
G. Masini, et A. Napoli, éditeurs, Langages et
modèles à objets : États des
recherches et perspectives, Volume 19 Collection didactique,
chapitre
14, pages 397--419. INRIA, 1998.
[3] P.
Vismara, “Union of all minimum cycle bases of a graph”, Electronic Journal of
Combinatories, Vol 4, n° R9, 1997
[4] P. Vismara et C. Laurenço, “An
abstract representation for molecular graphs”. In P. Hansen, P. Fowler
et M. Zheng, éditeurs, Discrete
Mathematical Chemistry,
Volume 51 série
Discrete Mathematics and Theoretical
Computer Science, American Mathematical Society, 2000.
[5] P. Vismara, Y. Tognetti, and C.
Laurenço, “Maximum Symmetrical Split of Molecular Graphs.
Application to Organic Synthesis Design”, J. Chem. Inf. Model.,
45 (3), 685 -695, 2005
