Anne-Muriel Arigon Chifolleau



Recherche



Je travaille dans le domaine de la bioinformatique et je m'intéresse plus particulièrement à l'évolution. Un de mes axes de recherche concerne l'étude du VIH et de son évolution. Un autre axe de recherche concerne la phylogénomique (réconciliation, détection d'orthologie, fonction de gène) et le développement de services en phylogénie.

Un de mes axes de recherche porte sur l'étude de l'évolution et la conservation de la protéine putative ASP (Anti-Sens Protein) du VIH-1 (Viruse du Sida de type 1) en collaboration avec Elodie Cassan (LIRMM - Montpellier), Antoine Gross (CPBS - Montpellier) et Olivier Gascuel (LIRMM - Montpellier). Le gène d'ASP est un gène chevauchant un autre gène du VIH (gène env) en phase -2, ce qui implique des nombreuses contraintes du point de vue évolutif. Nous avons montré que ce gène est présent principalement dans les séquences du groupe pandémique (groupe M) et nous avons montré que cette protéine subit une pression de sélection. Pour cela, nous avons mis en place des méthodes spécifiques et adpatées à ce gène chevauchant en phase -2.

Un autre de mes axes de recherche porte sur le développement d'un portail web collaboratif « CompPhy » en colloboration avec Floréal Cabanettes (LIRMM - Montpellier), Vincent Lefort(LIRMM - Montpellier), Vincent Berry(LIRMM - Montpellier), Frédéric De Lamotte (INRA - Montpellier), Jean-François Dufayard (CIRAD - Montpellier) et Mathieu Rouard (Bioversity - Montpellier). Ce portail permet de comparer des arbres phylogénétiques. Il offre, en un seul outil, des fonctionnalités d'édition et de comparaison d'arbres, de gestion de données et plus spécifiquement de travail collaboratif. Une première version de cette plateforme a été publiée en 2014 et nous travaillons actuelllement sur la 2eme version.
Ce portail viendra compléter une offre de services intégrés en phylogénie que nous développons par ailleurs en collaboration avec Marc Chakiachvili (LIRMM - Montpellier) et Vincent Lefort(LIRMM - Montpellier).

Enfin, je travaille sur le développement d'un système d'information (base de données et interface web) pour l'étude du modèle "Microcebus murinus" en collaboration avec Corinne Lautier (MMDN - INSERM - Montpellier).



Projet en cours

Projet Exploratoire Premier Soutien (PEPS) : Mécanismes évolutifs et conservation de la protéine anti-sens (ASP) du VIH-1.

Projet NUMEV : portail web collaboratif de visualisation et comparaison de phylogénies