Anne-Muriel Arigon Chifolleau
Recherche
Je travaille dans le domaine de la bioinformatique et je m'intéresse plus particulièrement au
développement de méthodes et applications pour l’étude de l'évolution des organismes vivants et des mécanismes évolutifs dans les données génomiques. Mes axe de recherche concernent la phylogénomique (réconciliation, détection d'orthologie, fonction de gène) et le développement de services en phylogénie.
• 2011 - 2016 : développement d'une application web collaborative dédiée à la
comparaison d‘arbres phylogénétiques (CompPhy puis CompPhy v2) et d’un outil de
visualisation rapide d’arbres phylogénétiques (PRESTO). Ce projet s’est effectué en
collaboration avec des chercheurs du CIRAD et de Bioversity à Montpellier.
• 2013 - 2016 : développement de méthodes pour l'étude des mécanismes
évolutifs chez les virus et notamment l’étude du VIH (Virus du Sida) et de son évolution. Ce
projet s’est effectué en collaboration avec des chercheurs du CPBS de Monpellier.
• 2015 - 2018 : développement d’une application web orientée services
(WAVES) dédiée à la bioinformatique évolutive.
• 2013 – 2018 : développement d'un système d'information pour l’étude du
modèle Microcebus murinus et de l’évolution des gènes responsables de pathologies chez
ce modèle (pathologies caractéristiques de la maladie d’Alzheimer chez l’humain). Ce
projet s’effectue en collaboration avec des chercheurs du laboratoire MMDN à Montpellier.
• Depuis 2017 : développement de méthodes et d’une plateforme web dédiées
aux analyses phylogénomiques : recherche et prédiction de gènes orthologues,
reconstruction de super-arbres, réconciliation d’arbres de gènes et d’espèces, visualisation.
Ce projet s’effectue en collaboration avec des chercheurs de l’ISEM et du CIRAD à
Montpellier.