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Jeux de données publics

Ici sont référencés quelques jeux de données de biopuces du domaine public, plus ou moins classiques, et (à deux exceptions près) normalisées. Sont indiqués après le nom des données, le nom de l'organisme biologique en question, la référence du papier dans lesquelles elles ont été publiées, une courte présentation de leur contenu et l'URL d'où elles peuvent être téléchargées.

Yeast Cell-Cycle 1
Saccharomyces cerevisiae. [Cho et al., 1998]. 6218 gènes. 14 mesures/gènes effectuées lors de 2 cycles cellulaires à 10 minutes d'intervalles pendant 160 minutes. Données Affymetrix normalisées : http://genomics.stanford.edu/.
Yeast Cell-Cycle 2
Saccharomyces cerevisiae. [Spellman et al., 1998]. 6178 gènes dans 79 conditions différentes. Données puces cDNA non normalisées : http://genome-www.stanford.edu/cellcycle/.
Yeast Regulatory motif
Saccharomyces cerevisiae. [Jelinsky et al., 2000]. 6200 gènes dans 26 conditions différentes. Données Affymetrix normalisées : http://www.hsph.harvard.edu/geneexpression/index1.htm.
Colon Cancer
Homo sapiens. [Alon et al., 1999]. 2000 gènes mesurés sur 62 tissus (40 tumeurs et 22 "normaux"). Données Affymetrix non normalisées : http://microarray.princeton.edu/oncology/affydata/index.html.
Leukemia 1
Homo sapiens. [Golub et al., 1999]. $\sim$ 7000 gènes sur 72 patients (25 de type AML et 47 de type ALL). Données Affymetrix normalisées : http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/cancer/publications/pub_paper.cgi?mode=view&paper_id=43.
Leukemia 2
Homo sapiens. Données de Leukemia 1 restreint aux 47 patients ALL qui se divisent en 2 autres sous catégories (B-cell ou T-cell).
Lymphoma 1
Homo sapiens. [Alizadeh et al., 2000]. $\sim$ 4000 gènes sur 96 patients (46 de type DLBCL et 50 appartenant à 8 autres classes). Données puces cDNA normalisées : http://llmpp.nih.gov/lymphoma/data.shtml (Figure 1).
Lymphoma 2
Homo sapiens. [Shipp et al., 2002]. 7129 gènes sur 58 patients (32 "guéris" et 26 morts ou rechutes). Données Affymetrix normalisées : http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/cancer/publications/pub_paper.cgi?mode=view&paper_id=66.
NCI 60
Homo sapiens. [Ross et al., 2000]. 9703 gènes sur 60 tissus cancéreux (7 breast, 5 central nervous system, 7 colon, 6 leukemia, 8 melanoma, 9 NSCLC, 6 ovarian, 2 prostate, 9 renal, 1 inconnu). Données puces cDNA normalisées http://genome-www.stanford.edu/nci60/.
Breast cancer
Homo sapiens. [van 't Veer et al., 2002]. $\sim$ 24000 gènes sur 78 patients (34 qui ont développés des métastases sous 5 ans et 44 qui n'en ont pas développées). Données puces Agilent normalisées http://www.rii.com/publications/2002/vantveer.htm.


Quelques institutions proposent également une liste de pointeurs sur leur données (et d'autres). Ces données incluent celles déjà listées :

Enfin, il y a aussi des URLs qui pointent sur ces institutions, comme par exemple : http://linkage.rockefeller.edu/wli/microarray/data.html


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2003-04-22