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Article sur l'enseignement

Enseignement hybride d'un module d'informatique pour non spécialistes, V. Berry, P. Gassin, J. Bezeghiche, C. Causse et O. Ducos, Conférence Technologies de l'Information et de la Communication pour l'Enseignement(TICE), pp 32-40, 2014

Enseignements (Ecole Polytech) Département Informatique et Gestion - Polytech - UM2

Supports tous départements

Supports département IG

  • Unix
    • Cours : diapos du cours 1 et du cours 2
    • Installer un Linux virtuel sur vos ordinateurs Windows
      1. Télécharger et installer le logiciel Virtual Box : ici.
      2. Télécharer une image virtuelle linux compressée : ici
      3. Décompresser l'archive contenant l'image virtuelle
      4. Lancez la VM linux en doube cliquant sur le fichier Ubuntun64-AIOP.vbox (obtenu à l'étape précédente) : le logiciel Virtual Box doit démarrer, et vous montrer cette VM dans la liste des VM qu'il connait. Si Virtual Box ne lance pas tout seul cette VM, sélectionnez -la et demander ensuite à Virtual box de la démarrer (icône sous forme de flèche verte si vous avez la même version que moi (la VM doit s'appeler Ubuntu64-AIOP). Une fois la VM linux Ubuntu lancée, vous pouvez vous y connecter par l'uilisateur bidon nommé user et de mot de passe user associé. Essayez et faites ensuite les feuilles de TP 1 et 2 pour ce vendredi.
      Si l'image que je vous indique ci-dessus ne veut pas se lancer, vous pouvez trouver d'autres images linux à cet endroit : ici. Par contre, elle viennent dans un format compressé spécial : extension .7z qui nécessite le logiciel 7zip pour les décompresser : ce logiciel est gratuit et s'obtient ici. Une fois installé ce logiciel, n'oubliez pas de décompresser l'archive .7z avant d'essayer de la lancer. Pour se connecter à La plupart de ces VMs, d'après la page web, il semble qu'il faut utiliser ubuntu comme nom d'utilisateur avec le mot de passe reverse
    • Enoncés de TP

        1 - un des environnements graphiques de Linux et ses outils (TP 1 version OS X ou version Linux)

        2 - L'éditeur nano - le Terminal et les commandes pour le SGF
           (énoncé du TP en pdf)

        3 - Processus, filtres, archives (énoncé)

        4 - Utilisations avancées du SGF : filtres, puis réseaux et variables , scripts (énoncé)

        5 - Variables d'environnement, filtres (encore) (énoncé)

        6 - Scripts avancés (énoncé, exemple de fichier memo.hlp)

        Fichiers nécessaires pour les TPs : ici

    • Exemple de fichier .bash_profile (le renommer correctement après l'avoir téléchargé)
    • Examens pour l'entrainement : octobre 2010,  septembre 2012
  • Complexité

Enseignements (Faculté des Sciences) Faculté des Sciences - UM2

Licence Info et Math-Info    

Master IFPRU    

  • Bioinformatique - parcours recherche CASAR
    Diapos de cours et programme ici.

Master STIC-Santé - parcours Bioinformatique Connaissances Données (BDC)    (resp. A. Mancheron)

  • GMIN206 - Outils bioinformatiques

Formations Sup Agro Montpellier   IRD  

  • Méthodes et mesures en reconstruction phylogénétique (SupAgro Montpellier)
  • Cours sur la Comparaison d'arbre étiquetés - Application aux phylogénies pdf
  • Semaine de formation Alignements et Phylogénies (IRD)
  • Ecole doctorale Biologie Intégrative.
    Petit exemple des conséquences des erreurs d'arrondi dans les programmes : listing.

Cours interactif