Publications
2018
CompPhy2: a flexible and real-time collaborative web platform for editing and comparing phylogenies. Floréal Cabanettes, Jean-François Dufayard, Vincent Berry, Vincent Lefort, Frédéric de Lamotte and Anne-Muriel Arigon Chifolleau. Soumis à Bioinformatics
WAVES: a web application for versatile enhanced bioinformatic services. Marc Chakiachvili, Sylvain Milanesi, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Vincent Lefort. Bioinformatics 2018 july 25, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty639.
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees. Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul S Bansal, Vincent Berry, Bastien Boussau, François Chevenet, Nicolas Comte, Adrián A Davín, Christophe Dessimoz, David Dylus, Damir Hasic, Diego Mallo, Rémi Planel, David Posada, Celine Scornavacca, Gergely Szöllősi, Louxin Zhang, Éric Tannier, Vincent Daubin. Bioinformatics 2018 May 14. doi: 10.1093/bioinformatics/bty389.
2017
Le dixième gène du VIH. Elodie Cassan, Anne-Muriel Arigon-Chifolleau, Jean-Michel Mesnard, Antoine Gross and Olivier Gascuel. Medecine Sciences (Paris). 2017 May;33(5):484-485. doi: 10.1051/medsci/20173305008. Epub 2017 Jun 14.
2016
Concomitant emergence of the antisense protein gene of HIV-1 and of the pandemic. Elodie Cassan, Anne-Muriel Arigon-Chifolleau, Jean-Michel Mesnard, Antoine Gross and Olivier Gascuel. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Oct 11;113(41):11537-11542. Epub 2016 Sep 28
2015
Evolutionary analyses support that ASP (Anti Sense Protein) overlapping ORF is the 10th gene of HIV-1 M pandemic group. Elodie Cassan, Anne-Muriel Chifolleau, Antoine Gross, Olivier Gascuel, JOBIM 2015, Polydôme, Clermont-Ferrand, Philippe Leroy et Pierre Peyret (editors), Jul 2015. (Communication orale et proceedings)
2014
CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies. Nicolas Fiorini, Vincent Lefort, François Chevenet, Vincent Berry, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, BMC Evol Biol. 2014 Dec 14;14(1):253.
2013
Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit.
T.H. Nguyen, J.-P. Doyon, S. Pointet, A.-M. Arigon Chifolleau, V. Ranwez, V. Berry, Algorithms for Molecular Biology 2013, 8:12. doi:10.1186/1748-7188-8-12
2012
Accounting for gene tree uncertainties improves gene trees and reconciliation inference. Nguyen T.H., Doyon J.-P., Pointet S., Arigon Chifolleau A.-M., Ranwez V., Berry V. Proc. of the 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics 2012 (WABI'12), LNBI, Springer, Volume 7534, 2012, pp 123-134.
2010
Proposals for classification methods dedicated to biological data. Arigon A.M., Perriere G., Gouy M. International Journal of Biomedical Engineering and Technology 2010, Vol. 3, No. 1/2, pp. 4-21.
2009
Databases of homologous gene families for comparative genomics. Penel S., Arigon A.M., Dufayard J.F., Sertier A.S., Daubin V., Duret L., Gouy M. and Perrière G. BMC Bioinformatics 2009, 10(Suppl 6):S3. doi:10.1186/1471-2105-10-S6-S3.
Databases of homologous gene families for comparative genomics. Penel S., Arigon A.M., Daubin V., Calvat P., Delmotte S., Dufayard J.F., Gouy M., Perriere G., Sertier A.S. and Duret L. Dans les Actes des Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM 2009, Nantes, France, E. Rivals, I. Rusu (editeurs), Juin 2009, p.123-124.
2008
Automatic identification of large collections of protein-coding or rRNA sequences. Arigon A.M., Perriere G., Gouy M. Biochimie 2008, Vol. 90, pp. 609-614. doi:10.1016/j.biochi.2007.08.006.
2007
Multimedia data warehouses: a multiversion model and a medical application. Arigon A.M., Miquel M. and Tchounikine A. Multimedia Tools and Applications. 2007 October, 35(1):91-1008.
2006
Handling multiple points of views in a multimedia data warehouse. Arigon A.M., Tchounikine A. and Miquel M. ACM Transactions on Multimedia Computing, Communications and Applications. 2006 August; 2(3):199-218.
HoSeqI: automated homologous sequence identification in gene family databases. Arigon A.M., Perriere G., Gouy M. Bioinformatics. 2006 Jul 15; 22(14):1786-7.
2005
Identification de séquences à partir de banques de famille de séquences. Arigon A.M., Perrière G. and Gouy M. In Actes des Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM 2005, Lyon, France, G. Perrière, A. Guénoche, C. Gourgeon (editors), Jul 2005, p. 287-289.
A Proposal for a Multimedia Data Warehouse. Arigon A.M., Tchounikine A. and Miquel M. Proc. of the 11th International Workshop on Multimedia Information Systems (MIS'2005), LNCS, Springer Verlag Publishers, 2005, Volume 3665, 49-62 , ISBN: 3-540-28792-2.
A multiversion model for multimedia data warehouse. Arigon A.M., Tchounikine A. and Miquel M. MDM/KDD 2005, In proc of the Sixth International Workshop on Multimedia Data Mining , 7th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, August 21-24, 2005, Chicago, IL, USA. pp. 7-13.
Intégration de versions fonctionnelles dans les entrepôts de données multimédias. Arigon A.M., Miquel M. et Tchounikine A. 1ère journées francophones sur les entrepôts de données et l'Analyse en ligne, (EDA'2005), RNTI, Vol. B-1, 91-108, Editions Cepaduès, numéro spécial, 2005, I.S.B.N. : 2.85428.698.7.
Développements d’outils pour l’aide
à l’identification dans les grandes banques de familles de
gène. Arigon A.M. Thèse de Doctorat, Université Claude
Bernard – Lyon 1, 4 décembre 2006.
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Intégration de versions
fonctionnelles
dans les entrepôts. Arigon A.M. Rapport de DEA, sous la direction de Maryvonne Miquel et Anne Tchounikine, LIRIS, INSA de Lyon, 9 juillet 2003.
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