La conception d'algorithmes pour résoudre des problèmes posés par des biologistes, en particulier
dans le domaine de la phylogénie, est au coeur de mes préoccupations. En particulier, j'ai déjà travaillé
sur les arbres de duplication
(et leur résistance face à certains réarrangements topologiques) et
la représentation de réseaux phylogénétiques
(un certain type de graphes planaires à dessiner automatiquement avec des longueurs d'arêtes imposées).
Mon projet de thèse porte d'ailleurs sur les réseaux
phylogénétiques, et l'utilisation de décompositions de graphes pour leur construction.
Ce qui donne une excellente transition pour aborder mon autre domaine de recherche principal.
Théorie et algorithmique des graphes
Je m'intéresse également aux aspects théoriques et algorithmiques de
certaines décompositions de graphes
(décomposition modulaire,
décomposition
arborescente). J'ai aussi travaillé sur diverses classes de graphes d'intersection,
dont celle des graphes
de 2-intervalles et diverses restrictions ou variations.
Je m'interroge sur la complexité (polynomial ou NP-complétude ?) de divers
problèmes de reconnaissance de ces classes de graphes.
Cette recherche a commencé en stage de master, le nuage des mots les plus fréquents dans
mon mémoire donne une bonne idée des thèmes qui m'ont occupé l'esprit :
J'essaie de suivre l'actualité d'autres thèmes de recherche de façon plus ou moins lointaine :
le traitement automatique des langues, l'apprentissage automatique et les réseaux sociaux.
