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Eric Rivals : Curriculum Vitae scientifique

Table des matières

Date : 27-11-2017

1 Parcours et distinctions

1.1 Informations summary in English

Position Research director CNRS
ORCID # 0000-0003-3791-3973
Location / Lieu Montpellier, France
Lab & Institute LIRMM & IBC
Affiliation Université de Montpellier

1.2 Faits marquants et distinctions

  1. Interview et article en août 2017 Radio France Internationale en anglais suite à l'article de SAVAGE dans Genome Research.
  2. Projet étendard du LABEX NUMEV en 2016 "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression (GEM)".
  3. Directeur de l'Institut de Biologie Computationnelle 2015-
  4. Keynote speaker à la German Conference on Bioinformatics 2015.
  5. Directeur GdR Bioinformatique Moléculaire 2010-2013 et 2014-2015.
  6. La revue Nature publie une note qui distingue l'article de CRAC à sa sortie en 2013.
  7. "Chercheurs d'Avenir confirmés" de la Région Languedoc Roussillon en 2010.
  8. Prix Dortmunder Gambrinus Fellowship décerné par l'Univ. de Dortmund 2009.
  9. L'article (Bonhomme, Rivals et al., Genome Biology, 2007) est évalué comme étant d'intérêt exceptionnel par la (Faculty of 1000 in Biology).

1.3 Études, diplômes, et parcours

  • Nomination Directeur de Recherches (DR) 1 Classe en 2016
  • Nomination Directeur de Recherches (DR) 2 Classe en 2008
  • Habilitation à diriger des recherches en informatique en 2005 à Université de Montpellier
  • Nomination CR1 en 2002
  • Entrée CR2 CNRS au LIRMM à Montpellier en 1999
  • Postdoctorat au German Cancer Research Center à Heidelberg, RFA, équipe de M. Vingron d'octobre 1996 à septembre 1999
  • Thèse d'informatique en octobre 1993 à janvier 1996 au LIFL à Université de Lille

1.4 Thématiques de recherche

Ma recherche est pluridisciplinaire et se situe dans et à l'interface de trois disciplines : l'informatique, la bioinformatique et la biologie. Elle se partage entre conception algorithmique, réalisations bioinformatiques, et applications en génomique.

Voici quelques mots clés:

  1. Algorithmique, algorithmique du texte, optimisation, complexité, combinatoire, structure de données, indexation, compression
  2. Bioinformatique, méthodes d'analyse de séquences, analyse séquençage à haut débit, assemblage, recherche de motifs, alignement
  3. Génomique, transcriptomique, assemblage de génomes, analyse de séquences répétées, micro- et mini-satellites, évolution

1.5 Sélection de 5 publications représentatives

Voir la liste complète disponible sur le oueb.

  1. De novo assembly of viral quasispecies using overlap graphs Jasmijn Baaijens, Amal Zine El Aabidine, Eric Rivals, Alexander Schoenhuth Genome Research, 27: 835-848, 2017.
  2. LoRDEC: accurate and efficient long read error correction L. Salmela, E. Rivals Bioinformatics, (24): 3506-3514, 2014.
  3. CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads N. Philippe, M. Salson, T. Commes, E. Rivals Genome Biology, 14:R30, 2013.
  4. Species-wide distribution of highly polymorphic minisatellite markers suggests past and present genetic exchanges among House Mouse subspecies F. Bonhomme*, E. Rivals*, A. Orth, G.R. Grant, A.J. Jeffreys, P.J. Bois. *: joint first co-authors Genome Biology, Vol. 8, p. R80, 2007.
  5. Combinatorics of Periods in Strings E. Rivals, S. Rahmann Journal of Combinatorial Theory - Series A, 104(1), p. 95-113, October 2003

2 Projets de recherches et responsabilités de projet

2.1 Responsabilités de projets (en cours durant la période 2017-2019)

  • Projet étendard du Labex Numev, "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression", porteur adjoint Prof. J. Palmeri, 2016-2019.
  • Institut Français de Bioinformatique (IFB), projet CORGEN "Assembly for 3rd generation sequencing reads" (2016-2018), "Correction de longues lectures", (24 mois CDD ingénieur)
  • Défi "Big Data" MASTODONS (2017-?), projet C3G sur la correction de séquences, comportant 5 labos français et un belge; (25 KE/an)
  • Institut de Biologie Computationnelle (IBC) directeur (2015-18), (2 millions d'euros); responsable du Workpackage "Bioinformatics for High Throughpout Sequencing" (2012-18)
  • Projet Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) 2014-2017 avec J. Pannequin de l'Institut de Génomique Fonctionelle de Montpellier. 250 KE
  • France Génomique, co-responsable du Workpackage 2.5 "Transcriptome" (2013-2019) avec D. Gautheret d'Orsay, (36 mois CDD ingénieur)

2.2 Autres responsabilités de projets

  1. ANR blanche "Colib'read" "Méthodes d’extraction d’information biologique dans les données HTS non assemblées" (2013-16), responsable pour l'équipe du LIRMM; (137 KE pour le LIRMM)
  2. Projet Labex NumEV "Assembling the reference genome of a marine algae for assessing its biodiversity." avec Lab. Arago (Banyuls/Mer, UPMC) (2013-2014); 40KE postdoc
  3. Défi "Big Data" MASTODONS (2012-16), projet SeqPheHD++ comportant 5 labos français; (370 KE)
  4. PEPS CNRS − Algorithmes d'identification de transcrits chimères dans les données de transcriptome haut−débit et implications en cancérologie.
  5. ANR Blanche CoCoGen (2008-2012) "Comparison of Complete Genomes : an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution" avec INRA unités UBLO et MIG, et SupAgro Paris Tech.
  6. ACI IMPBio RepEvol 2004-2007 avec l'INRIA Nancy, CEFE Montpellier, IGH Montpellier, Univ. Boston.
  7. Responsable du groupe Algorithmique pour la génomique du programme MathSTIC du CNRS financé à hauteur de 9KE pour une année juin 2005 à juin 2006.
  8. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes des séquences, indexation de motifs du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy), août 2003 à août 2004.
  9. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes et séquences du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy) et T. Lecroq (Univ. Rouen). 2002-2003, financement 20 KEuros.
  10. Projet Inter-EPST Bioinformatique. Évolution intra-génomique des séquences répétées. 2000 à 2003, financement 250KF.
  11. Co-responsable du projet Clustering d'EST pour la fabricatin de puces à ADN avec M. Vingron au DKFZ; 1998-1999, financement Deutsches Human Genome Project.

2.3 Participation à des projets ou consortium

2.3.1 Actuels

  1. Membre du Pan-Genomics Consortium depuis 2015, participant au Workshop de Leiden en 2015 dont est issu un récent article de revue sur ce sujet dans Briefings in Bioinformatics.
  2. Participation au réseau COST européen "Translatome" - réunion à Montpellier en janvier 2017.

2.3.2 Par le passé

  1. ANR PlasmoExplore 2007-2009, porteur O. Gascuel.
  2. Académie des Sciences de Finlande. Projet "Fast multi-pattern searches or intrusion detection and DNA". 2006-2008, responsalble J. Tarhio (Helsinki Univ. Technology).
  3. Action BIO-STIC LR, Projet "Evolution des structures répétées en tandem dans les génomes", coordinateur P. Jarne du CEFE, et projet INRIA-Color "Dynamique évolutive d'éléments répétés du génome (microsatellites)", 2004-2005.
  4. Action de coopération France-Belgique entre le LIFL et l'Univ. Mons Hainaut (Belgique), 1995-1996. "Compression de textes"
  5. Équipe du LIFL participant au GDR "Informatique et Génomes". 1993-1996; demande de financement.
  6. Participant au GREG: Groupement de recherches et d'études des génomes (88-92)

3 Encadrements et formation par la recherche

3.1 Doctorants

  1. Sébastien Relier, depuis octobre 2017, thèse en biologie, Co-encadrant: Alexandre David (IGF)
  2. Sylvain Pulicani. en cours depuis 12 octobre 2015. "Réarrangements et chromatine". Co-encadrant: Giacomo Cavalli (IGH) et Krister Swenson (LIRMM).
  3. Bastien Cazaux, soutenance 7 décembre 2016. "Lien entre structures d’indexation et problèmes sur les superchaines"
  4. Pierre Riou. Univ. Montpellier. non soutenue. 2008-2012. "Calculs d'intervalles de gènes communs pour la comparaison de génomes". Co-encadrement : Annie Chateau.
  5. Nicolas Philippe, doctorat Montpellier 29 septembre 2011. "Développement de méthodes et d'algorithmes pour la caractérisation et l'annotation des transcriptomes avec les séquenceurs haut débit". Co-encadrant: T. Commes. Actuellement, montage Start-Up, employé SATT AxLR
  6. Raluca Uricaru, doctorat Montpellier 14 Décembre 2010. "Algorithmes de comparaison de génomes appliqués aux génomes bactériens". Actuellement Maitre Conférences Univ. Bordeaux I, LABRI
  7. Sébastien Leclercq, doctorat Montpellier 19 décembre 2007. Co-encadrant: Philippe Jarne (CEFE). Actuellement, postdoctorant Univ. Poitiers
  8. François Nicolas, doctorat Montpellier 13 décembre 2005. "Algorithmique du texte : recherche de motifs et calcul de consensus".
  9. Sèverine Bérard, doctorat Montpellier 5 décembre 2003. "Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique". Actuellement Maitre Conférences Univ. Montpellier
  10. Jean Stéphane Varré, doctorat Univ. Lille I, 10 juillet 2000. "Concepts et algorithmes pour la comparaison de séquences génétiques : une approche informationnelle". Encadrant principal: JP. Delahaye. Actuellement, Prof. Univ. Lille I.

3.2 Diplôme de mathématiques (Allemagne)

  1. Sven Rahmann, Univ. Heidelberg, 2000. "Word statistics in random texts and applications to computational molecular biology". Actuellement, prof. Univ. Essen et Dortmund.

3.3 Master en informatique ou biologie

  1. Samuel Juhel 2017. "Calcul de superchaînes".
  2. Valentin Klein 2017 "Profil et correction d'erreurs dans les longues lectures de séquençage"
  3. Quentin Desmettre 2015. "Réoptimisation de superchaîne" Ecole Ingénieur ISIMA. Co-encadrant B. Cazaux.
  4. Bastien Cazaux 2013. "Étude et Comptage : reconstruction de l'arbre compact des suffixes". Master mathématiques et informatique
  5. Sarah Sini 2010 "Unicité des fenêtres d'un génome par recherche de mots". Master informatique.
  6. Benjamin Sèverac 2008. "Comparaison de génomes et distance de transformation". Master informatique. Encadrants : Sèverine Bérard et Éric Rivals
  7. Vanessa Douttez 2008. "Comparaison de génomes : Chaînage avec chevauchement". Master informatique. Co-encadrants: R. Uricaru et A. Chateau.
  8. Valentin Guignon, 2006. "Alignement multiple de séquences répétées", Master de bioinformatique, Univ. du Québec (UQAM).
  9. Raluca Uricaru 2006. "Hidden Markov Models for the Detection of Motif Repeats in Protein Sequences". Master Thesis, École Normale Supérieure of Lyon.
  10. Leila Aouati 2005. "Comparaison de répétitions en tandem". Master informatique
  11. Rémy Orain, 2004. "Répétitions en tandem dans les protéines". Master informatique (non soutenu pour cause d'embauche).
  12. Eric Fontanillas, 2002. Master Physiologie Végétale Appliquée. "Utilisation d'un modèle informatique d'alignement de cartes MVR pour l'étude phylogénétique du minisatellite humain MS205".
  13. Edmond Torres, 2001. "Algorithmes de recherche de motifs par filtration". Master informatique
  14. Sèverine Bérard, 2000. "Reconstruction d'histoire de répétitions en tandem". Master informatique
  15. Jean-Stéphane Varré 1996, Université de Lille I, "Distances basées sur des notions de compression de données et application à la phylogénie". Master informatique. Encadrant principal: JP. Delahaye.

3.4 Licence

  1. Antoine Limasset, 2012. "Indexations de séquences courtes". Actuellement, doctorant à IRISA de Rennes, GenScale team.
  2. Jin Li. 2014. ENS Cachan. Co-encadrant : Bastien Cazaux.

3.5 Comités de thèses

  • Université de Montpellier: Ankit Diwedi (thèse 2016; E. Cornillot), François Richard (thèse 2016; A. Kajava), Maximilien Servajean (thèse 2015; E. Pacitti), Mireille Lejeune (thèse 2005; J. Marti)
  • Université de Lyon: Anne-Sophie Sertier (thèse 2009; D. Kahn)
  • Université Paris-Sud 11, Orsay - INRA Versailles : José Hernandez Mora (thèse 2010; F. Budar)

4 Organisation de colloques, conférences et workshops et animation scientifique.

4.1 Internationales et nationales

  1. Workshop Colib'read, 7-8 novembre 2016 à Paris.
  2. France Génomique Workshop WetLab and Bioinformatics in Montpellier, 9-10th May 2016.
  3. Workshop international "Data Structures in Bioinformatics" Bielefeld, Allemagne, February 23-24, 2016.
  4. Colloque de Bioinformatique du GdR BIM, Paris, 7-8 octobre 2015
  5. First international Workshop "Data Structures in Bioinformatics" Montpellier 8-9 Dec. 2014.
  6. Workshop SeqBio, Montpellier, nov. 2014
  7. Colloquium "Indexing for scientific big data", Paris 15th Jan 2014.
  8. Workshop SeqBio in Montpellier 25-26 Nov. 2013
  9. Colloque de Bioinformatique Moléculaire du GdR BIM, Paris 19 et 20 novembre 2013
  10. Workshop international VARIAHTON 2013 Udine Italie, 21 May 2013.
  11. Session "Galaxy Tour de France" (avec l'équipe Galaxy), Montpellier, 29 mai 2012.
  12. Journées du GdR BiM 2012 http://mig.jouy.inra.fr/?q=fr/journees-gdrbim-2012 Paris.
  13. Colloque Bioinformatics and High Throughput Sequencing - 2011 Paris, mars 2011.
  14. Colloque Bioinformatique pour le séquençage haut-débit 2010, Paris, mars 2010.
  15. Conférence JOBIM à Nantes en 2009.
  16. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2010.
  17. Réunion thématique "Algorithmique génomique" Orsay 24-25 novembre 2005
  18. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2003.
  19. Rencontre sur l'algorithmique des séquences Nancy, 20-21 janvier 2003
  20. Journées Actions Spécifiques autour de Algorithmique et la Génomique en 2002 à Montpellier.
  21. Réunion "Algorithmes pour la bioinformatique" Action spécifique du département STIC du CNRS, Montpellier, 11-12 mars 2002
  22. Conférence JOBIM à Montpellier 2000.
  23. École thématique du CNRS "Analyse in-silico de séquences génomiques" à Marseille, 17 au 28 juillet 2000.
  24. Rencontre Roche - DKFZ à Heidelberg Allemagne 1999.
  25. Lille Rencontres GdR "Informatique et génomes" Lille sept 1994.

4.2 Locales

  1. Formation programmation avec librairie GATB (avec équipe GATB) à l'IBC, Montpellier, 16 Juin 2017.
  2. Viral Metagenomics Workshop, at IBC Montpellier, 27-28th April 2017, avec N. Rascovan (Marseille), Montpellier, France
  3. Workshop Mastodons Montpellier "Gestion de données à grande échelle en Sciences de la Vie" décembre 2012
  4. Inauguration Institute of Computational Biology IBC Montpellier 1 octobre 2012 http://www.ibc-montpellier.fr/
  5. Journée du Département Informatique, Montpellier, mars 2007.
  6. Séminaires de la Génopole de Montpellier 2003-2004.
  7. Journée du Département Informatique Fondamentale et Appliquée du LIRMM, Mèze, 29 novembre 2001.

5 Activité éditoriale et relecture

5.1 Chair ou area-chair de conférences internationales

  1. ECCB European Conference on Computational Biology 2014
  2. JOBIM 2009

5.2 Comités de programme de conférences internationales

  1. 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval SPIRE 2017
  2. 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2017
  3. NGS Conference - Structural variation and population genomics 2017
  4. ECCB European Conference on Computational Biology: 2003, 2008, 2012, 2014, 2016
  5. RECOMB-SEQ RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing: 2016
  6. NGS Conference - Genome Annotation: 2016
  7. IEEE BIBM International Conference on Bioinformatics and Biomedicine: 2015, 2016
  8. RECOMB Comparative Genomics: 2010, 2013
  9. Bioinformatics: 2010, 2011, 2012
  10. International Conference on Digital Information and Communication Technology and its Applications (DICTAP): 2011
  11. STACS International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science: 2008

5.3 Comités de programme de conférences ou workshops nationaux

  1. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique: 2016.
  2. JOBIM Conférence française de bioinformatique: 2010, 2012, 2013, 2015, 2018.
  3. Workshop SeqBio: 2002, 2003, 2005, 2010 à 2016.
  4. German Conference on Bioinformatics en 2007.

5.4 Comités éditoriaux de revues internationales

  1. BMC Bioinformatics depuis 2008.
  2. Dataset Papers in Biology (section Bioinformatics) 2012-2017.
  3. The Open Bioinformatics Journal 2010-2015
  4. The Open Applied Informatics Journal 2007-2013

5.5 Rapport d'Habilitation à diriger des recherches

  1. Laurent Mouchard habilitation en informatique, Univ. Rouen en 2016, "Contributions algorithmiques à l'analyse des séquences génomiques"
  2. Nicolas Thierry-Mieg habilitation en informatique Univ. Joseph Fourier Grenoble en 2013 à Grenoble; "Smart-pooling et interactomes".
  3. Cédric Chauve habilitation en informatique, Univ. Vancouver et Bordeaux I en 2011, "A la recherche des génomes perdus : Modèles, Méthodologies et Algorithmes pour la Comparaison de Génomes"

5.6 Rapport de thèse de doctorat

5.6.1 En Finlande, en informatique

  • "Opposant" à la soutenance de Niko Välimäki, Univ. Helsinki, août 2012, sur l'indexation de séquences et données structurées. Le jury n'inclut qu'un seul opposant extérieur et la soutenance consiste en un exposé de 20 min et 2h de discussion entre l'opposant et le candidat.

5.6.2 Biologie

  1. Lauriane Cacheux au Muséum d'Histoire Naturelle de Paris, 15 novembre 2016, "Diversité et histoire évolutive des séquences alpha-satellites chez les Cercopithèques"
  2. Claire Lemaître, Univ. Lyon I, en 2008, "Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères : caractérisation des points de cassure".

5.6.3 Informatique et Bioinformatique

  1. Hélène Lopez-Maestre, Univ. Lyon, 15 février 2017 "Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d'espèces non modèles"
  2. Andreea Radulescu, Univ. Nantes, 25 novembre 2015 "Assemblage de novo de répétitions à partir de données NGS"
  3. Laure Sambourg, Univ. Joseph Fourier Grenoble, soutenance 18/12/2013 "Décrypter les données omiques : importance du contrôle qualité. Application au cancer de l’ovaire"
  4. Rayan Chikhi, ENS Cachan, Rennes, en 2012 "Computational Methods for de novo Assembly of Next-Generation Genome Sequencing Data".
  5. Eric Audemard, Univ. Toulouse en 2011, sur la génomique compartive. Thèse non soutenue.
  6. Marta Girdea, Univ. Lille I, en décembre 2010, "New methods for biological sequence alignment"; le 10 décembre 2010.
  7. Mikael Salson, Univ. Rouen, en 2009, "Indexation dynamique et compressée de textes".
  8. Yann Ponty, Univ. Paris Sud, en 2006, "Modélisation de séquences génomiques structurées, génération aléatoire et applications".
  9. Arnaud Lefebvre, Univ. Rouen, en 2003 avec O. Gascuel, "Compression de texte et la comparaison de séquences".

5.7 Jurys d'HdR

  1. Guillaume Blin habilitation en informatique Université de Marne-la-vallée en 2012, "Combinatorial Objects in Bio-Algorithmics: Related problems and complexities"; lundi 18 juin 2012.

5.8 Jurys de thèse

5.8.1 Informatique ou bioinformatique

  1. Olivier Chabrol, Univ. Aix Marseille, 14 déc. 2017.
  2. Yassin Refahi, Univ. Montpellier, 15 nov. 2011, "Modélisation multi-échelle de la phyllotaxie des plantes".
  3. Hugo Devillers, Univ. Evry, 21 fév. 2011, "Statistique de comparaison de génomes bactériens".
  4. Matthias Gallé, Univ. Rennes I, 14 février 2011, "Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem".
  5. Denis Bertrand, Univ. Montpellier, en déc. 2005, "Phylogénie et répétitions en tandem"
  6. Martin Figeac, Univ. Lille I, en 2004, "Scénarios de réarrangements et génomique comparative"

5.8.2 Biologie

  1. Mireille Lejeune, Univ. Montpellier en 2005 "Transcriptome et SAGE et applications en cancérologie"

5.9 Relecture pour des journaux ou conférences internationales

5.9.1 Informatique (Computer Science)

  • J. of Combinatorial Theory series A
  • Theoretical Computer Science
  • J. Discrete Algorithms
  • Information Processing Letters
  • INFORMS
  • Fundamenta Informaticae

5.9.2 Bioinformatique

  • Bioinformatics
  • J. of Computational Biology
  • IEEE Transactions on Bioinformatics \& Computational Biology
  • J. of Bioinformatics and Computational Biology
  • BMC Bioinformatics
  • Int. J. for Bioinformatics Research and Applications

5.9.3 Biologie

  • Genome Biology
  • Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS),
  • BMC Evolutionary Biology

5.9.4 Conférences

  • Informatique : IWOCA 2014, Symp. on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Symp. on String Processing and Information Retrieval (SPIRE) 2006 et 2011, STACS 2007 \& 2010, Int. Symp. on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS) en 2006, International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA) en 2005.
  • Bioinformatique : ACM Int. Conf. on Computational Molecular Biology (RECOMB) 2004-2008, Comparative Genomics 2010, 2012, 2013, NGS 2016, Bioinformatics 2010-2012, Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2001 et 2004, RECOMB Seq 2016.

5.10 Evaluations de projet de recherches pour organismes étrangers

6 Responsabilités et administration de la recherche

6.1 Responsabilités et implications internationales, nationales, ou hors région

  1. Directeur du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" de 2010-2015
  2. Comité scientifique du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2016
  3. Membre du Comité d'Orientation Scientifique du GdR MaDICS depuis sa création en 2015.
  4. Membre du Management Committee de l'Action COST "SeqAhead" (2011-2015) (nom complet: Next Generation Sequencing Data Analysis Network), sur la Bioinformatique pour le Séquençage Haut-débit, et responsable des Séjours Jeunes Chercheurs (STSM).
  5. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2015.
  6. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2010.

6.2 Responsabilités et implications régionales

  1. Responsable scientifique de la plateforme de Bioinformatique ATGC depuis 2016.
  2. Responsable des formations "Bioinformatique pour les NGS" et "Linux et script pour la bioinformatique" proposées par CNRS Formation depuis 2015.
  3. Labex Numev, co-responsable du Projet Intégré "ADN et génomes" depuis 2015.
  4. Membre commission Bioinformatique de l'Université de Montpellier, depuis 2016. Cette commission n'a pas de statut officiel.
  5. Membre du comité de direction de l'Institut de Biologie Computationnelle (IBC) depuis 2012.
  6. Responsable du Département-Informatique du LIRMM de mai 2007 à 2010 (90 permanents, 100 non permanents, 13 équipes).
  7. Membre du Conseil Doctoral de la Spécialité Informatique de l'Ecole Doctorale de Montpellier depuis 2008.
  8. Membre du Comité de Sélection d'Informatique de l'Université de Montpellier, depuis 2008.
  9. Membre du Conseil Scientifique du LIRMM de 2012 à 2014.
  10. Membre du Comité de Sélection de l'université d'Aix Marseille en 2010.
  11. Membre élu du Conseil de Département de Recherche STICS de l'Université de Montpellier 2 de 2005-2008.
  12. Responsable des séminaires bioinformatique du LIRMM de 2005 à décembre 2007.
  13. Membre des Commissions de Spécialistes section 26-27 de l'Université de Montpellier 3 (U. Paul Valéry) de 2005 à 2009
  14. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27-61 de l'université de Perpignan de 2002 à 2004.
  15. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27 de l'université de Montpellier II de 2001 à 2004.
  16. Membre du Conseil de laboratoire du LIRMM de février 2001 à mars 2003.

7 Enseignement, formations, diffusion

7.1 Écoles à destination des chercheurs

  1. École internationale de Bioinformatique Tunis, sep. 2014 organisée par l'Institut Pasteur et l'European Molecular Biology Organisation
  2. École de Printemps d'Informatique Théorique ile d'Oléron, mai 2014
  3. Next Generation Sequencing, Bioinformatics Spring School from NOVA network (The Nordic Forestry, Veterinary and Agricultural University Network) march 2012, Enaforsholm Sweden
  4. International Summer School in Paleogenomics, organisée par CNRS, 17-21 octobre 2011, Cargèse, France.
  5. Plateforme ATGC 3 formations au catalogue CNRS Formation 2015-2017

7.2 Formations de Bioinformatique de la Plateforme ATGC

7.2.1 Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

7.2.2 Linux et script pour la bioinformatique

7.3 Formation externes

  • Formation à la Bioinformatique, Institut de recherche pour le développement (IRD), 1 semaine, novembre 2002.
  • Formation à la Bioinformatique, Institut de recherche pour le développement (IRD), 1 semaine, avril 2004.

7.4 Enseignement universitaire régulier à l'Université de Montpellier

  • Module "Algorithmique du texte" Master d'informatique M1 depuis 2010
  • Module "Bioinformatique avancée" Master d'informatique M2 (anciennement DEA) depuis 1999

8 Valorisation

  1. Plateforme ATGC : responsabilité depuis 2016, co-responsabilité depuis 2017
  2. Volet NGS "Analyse de Séquençage" de la plateforme ATGC : création 2012
  3. Formation "Bioinformatique pour le Séquençage Haut Débit" d'ATGC au catalogue CNRS Formation 2015-2018
  4. Formation "Linux et script pour la bioinformatique" d'ATGC au catalogue CNRS Formation 2017, 2018
  5. Diffusion de LoRDEC : distributions, FAQ, intégration sous Galaxy, intégration GeneOuest, site GATB, 25 citations depuis 2014.
  6. Brevets US et EU (cf. Publication List) on DNA replication

8.1 Réseaux auxquels la plateforme ATGC participe

8.2 Brevets

  1. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, P. Prorok, Purification process of nascent DNA, patent n° US 20150267208 (2015).
  2. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, Purification process of nascent DNA, patent n° US 61/238 315 (2011) and European patent EP2473623 (2012).

8.3 Licences pour logiciels

  • Logiciel QOD : licence numéro IDDN.FR.001.440001.000.S.C.2011.000.31.235

9 Communication à destination du grand public

  1. Octobre 2017: Article en anglais sur le site américain phys.org concernant les implications de nos résultats sur l'effet des changements environnementaux sur le cycle du carbone.
  2. Août 2017: Interview et article concernant notre travail sur l'assemblage de génomes de virus à Radio France International (in English).
  3. Juillet 2017 : communiqué sur le site du CNRS à propos des recherches sur la diversité génomique des micro-algues.
  4. Juin 2017 : article dans le Journal du CNRS "Un outil pour démêler la jungle des virus" concernant notre travail sur l'assemblage de génomes de virus paru dans Genome Research.
  5. Aout 2007 : Communiqué sur le site du CNRS concernant notre travail sur la diversité génomique et l'évolution des souris paru dans Genome Biology en 2007.
  6. Avril 2005 : Intervention publique dans le cadre des Rendez-vous Scientifiques de Montpellier "Bioinformatique : concepts, résultats et enjeux".

10 Logiciels - Software

Pour une liste à jour des divers logiciels issus des projets de recherches voir la page dédiée : Software list.

Please see my Software list and some web services on ATGC platform.

Auteur: Eric Rivals

Created: 2017-11-27 lun. 23:08

Emacs 25.2.2 (Org mode 8.3.6)

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