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Eric Rivals : Curriculum Vitae scientifique

Table des matières

Date : 01-02-2024

1. Parcours et distinctions

1.1. Informations

Emploi Directeur de Recherches CNRS
ORCID # 0000-0003-3791-3973
Lieu Montpellier, France
Labo & Institut LIRMM
Affiliation CNRS – Université de Montpellier

1.2. Faits marquants et distinctions

  1. Lauréat des "Trophées de l'innovation" 2023 de l'Univ Montpellier (link) dans la catégorie sciences de la vie avec le projet EpiTransDiag (co-lauréats A. David et C. Hirtz).
  2. Publication et brevet d'une méthode de diagnostic du gliome (un cancer du cerveau) sept 2022.
  3. Invitation au "Leçons de Mathématiques et Informatique d'Aujourd'hui" à Bordeaux 14/04/2022.
  4. Mise en lumière de nos travaux sur les génomes de virus dans le Rapport annuel du CNRS 2017.
  5. Projet étendard du LABEX NUMEV en 2016 "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression (GEM)".
  6. Directeur de l'Institut de Biologie Computationnelle 2015-2018
  7. Keynote speaker à la German Conference on Bioinformatics 2015.
  8. Directeur GdR Bioinformatique Moléculaire 2010-2013 et 2014-2015.
  9. La revue Nature publie une note qui distingue l'article de CRAC à sa sortie en 2013.
  10. "Chercheurs d'Avenir confirmés" de la Région Languedoc Roussillon en 2010.
  11. Prix Dortmunder Gambrinus Fellowship décerné par l'Univ. de Dortmund 2009.
  12. L'article (Bonhomme, Rivals et al., Genome Biology, 2007) est évalué comme étant d'intérêt exceptionnel par la (Faculty of 1000 in Biology).

1.3. Études, diplômes, et parcours

  • Nomination Directeur de Recherches (DR) 1 Classe en 2016
  • Nomination Directeur de Recherches (DR) 2 Classe en 2008
  • Habilitation à diriger des recherches en informatique en 2005 à Université de Montpellier
  • Nomination CR1 en 2002
  • Entrée CR2 CNRS au LIRMM à Montpellier en 1999
  • Postdoctorat au German Cancer Research Center à Heidelberg, RFA, équipe de M. Vingron d'octobre 1996 à septembre 1999
  • Thèse d'informatique en octobre 1993 à janvier 1996 au LIFL à Université de Lille

1.4. Thématiques de recherche

Ma recherche est pluridisciplinaire et se situe dans et à l'interface de trois disciplines : l'informatique, la bioinformatique et la biologie. Elle se partage entre conception algorithmique, réalisations bioinformatiques, et applications en génomique.

Voici quelques mots clés:

  1. Algorithmique, algorithmique du texte, optimisation, complexité, combinatoire, structure de données, indexation, compression
  2. Bioinformatique, méthodes d'analyse de séquences, analyse séquençage à haut débit, assemblage, recherche de motifs, alignement
  3. Génomique, transcriptomique, assemblage de génomes, analyse de séquences répétées, micro- et mini-satellites, évolution

1.5. Sélection de 6 publications représentatives

Voir la liste complète disponible sur le oueb.

  1. Multivariate Analysis of RNA Chemistry Marks Uncovers Epitranscriptomics-Based Biomarker Signature for Adult Diffuse Glioma Diagnostics S. Relier, A. Amalric, A. Attina, I.B. Koumare, V. Rigau, F. Burel Vandenbos, D. Fontaine, M. Baroncini, J.P. Hugnot, H. Duffau, L. Bauchet, C. Hirtz, E. Rivals, A. David Analytical Chemistry, 94, 35, 11967–11972, 2022.
  2. De novo assembly of viral quasispecies using overlap graphs Jasmijn Baaijens, Amal Zine El Aabidine, Eric Rivals, Alexander Schoenhuth Genome Research, 27: 835-848, 2017.
  3. LoRDEC: accurate and efficient long read error correction L. Salmela, E. Rivals Bioinformatics, (24): 3506-3514, 2014.
  4. CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads N. Philippe, M. Salson, T. Commes, E. Rivals Genome Biology, 14:R30, 2013.
  5. Species-wide distribution of highly polymorphic minisatellite markers suggests past and present genetic exchanges among House Mouse subspecies F. Bonhomme*, E. Rivals*, A. Orth, G.R. Grant, A.J. Jeffreys, P.J. Bois. *: joint first co-authors Genome Biology, Vol. 8, p. R80, 2007.
  6. Combinatorics of Periods in Strings E. Rivals, S. Rahmann Journal of Combinatorial Theory - Series A, 104(1), p. 95-113, October 2003

2. Projets de recherches et responsabilités de projet

2.1. Responsabilités globales de projets (en cours durant la période 2017-2024)

  • Projet NUMEV sur le phénomène de rechute dans le Myélome Multiple (cancer de la möelle osseuse). Bioinformatic, network based, investigation of molecular pathways involved in relapse in Multiple Myeloma. Collaborateur: Dr. Jérôme MOREAUX (IGH, CHU Montpellier), 2024.
  • Projet d'innovation et de maturation technologique EpiTransDiag, co-porteurs A. David, C. Hirtz, financement SATT AxLR, 2023-2025 (link).
  • Projet BIO-PEA financement "Plan de relance" avec compagnie SPYGEN, Bioinformatic Optimisations for Proficient eDNA Analysis, co-porteur Dr. F. Pardi, 2022-2023.

2.2. Responsabilités partielles de projets (en cours durant la période 2017-2024)

Dans ces projets, je suis responsable de l'équipe LIRMM, ou de la partie bioinformatique du projet.

  • Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, RNaSIST 2023-2026, porteur V. Marcel (CRCL Lyon).
  • Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP « Programme de recherche translationnelle en Cancérologie - PRTK 2022-23 », EPIGLIO 2023-2027, porteur A. David (IGF Montpellier).
  • Projet Ligue Contre le Cancer AnaLyse des marqueurs tumoraux CirculaNts sAnguins ALCINA 2, porteuse A. Darlix (ICM), 2022-2023. Responsable LIRMM.
  • Consortium européen Int. Training Network (ITN) ALPACA ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, 14 bourses de doctorat en Europe 2021-2024, porteur Univ. Bielefeld. Responsable LIRMM.
  • Projet Fondation ARC, TRANSLATOL Role of translational control in the colorectal cancer cell plasticity in response to 5-FU: impact on tumor recurrence. 2021-2024, 36 mois. Porteur J-J. Diaz (CRCL Lyon); Responsable LIRMM.
  • Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, SCORE 2021-2024. Porteur A. David (IGF), 4 partenaires; Responsable LIRMM.
  • Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, projet FluoRib - La face cachée du 5-Fluorouracile: Impact sur le contrôle traductionnel et conséquences sur la plasticité des cellules cancéreuses., porteur JJ. Diaz (CRCL Lyon), 5 partenaires (2018-21), responsable LIRMM.

2.3. Autres responsabilités de projets

  1. Projet étendard du Labex Numev, GEM "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression", porteur adjoint Prof. J. Palmeri, 2017-2021.
  2. Institut de Biologie Computationnelle (IBC) directeur (2015-18), (2 millions d'euros); responsable du Workpackage "Bioinformatics for High Throughpout Sequencing" (2012-18)
  3. Institut Français de Bioinformatique (IFB), projet CORGEN "Assembly for 3rd generation sequencing reads" (2016-2018), "Correction de longues lectures", (24 mois CDD ingénieur)
  4. France Génomique, co-responsable du Workpackage 2.5 "Transcriptome" (2013-2019) avec D. Gautheret d'Orsay, (36 mois CDD ingénieur)
  5. Projet Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) 2014-2017 co-porteur avec J. Pannequin de l'Institut de Génomique Fonctionelle de Montpellier. 250 KE
  6. Défi "Big Data" MASTODONS (2017), projet C3G sur la correction de séquences, comportant 5 labos français et un belge; (25 KE/an)
  7. ANR blanche "Colib'read" "Méthodes d’extraction d’information biologique dans les données HTS non assemblées" (2013-16), responsable pour l'équipe du LIRMM; (137 KE pour le LIRMM)
  8. Projet Labex NumEV "Assembling the reference genome of a marine algae for assessing its biodiversity." avec Lab. Arago (Banyuls/Mer, UPMC) (2013-2014); 40KE postdoc
  9. Défi "Big Data" MASTODONS (2012-16), projet SeqPheHD++ comportant 5 labos français; (370 KE)
  10. PEPS CNRS "Algorithmes d'identification de transcrits chimères dans les données de transcriptome haut-débit et implications en cancérologie".
  11. ANR Blanche CoCoGen (2008-2012) "Comparison of Complete Genomes : an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution" avec INRA unités UBLO et MIG, et SupAgro Paris Tech.
  12. ACI IMPBio RepEvol 2004-2007 avec l'INRIA Nancy, CEFE Montpellier, IGH Montpellier, Univ. Boston.
  13. Responsable du groupe Algorithmique pour la génomique du programme MathSTIC du CNRS financé à hauteur de 9KE pour une année juin 2005 à juin 2006.
  14. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes des séquences, indexation de motifs du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy), août 2003 à août 2004.
  15. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes et séquences du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy) et T. Lecroq (Univ. Rouen). 2002-2003, financement 20 KEuros.
  16. Projet Inter-EPST Bioinformatique. Évolution intra-génomique des séquences répétées. 2000 à 2003, financement 250KF.
  17. Co-responsable du projet Clustering d'EST pour la fabricatin de puces à ADN avec M. Vingron au DKFZ; 1998-1999, financement Deutsches Human Genome Project.

2.4. Collaborations industrielles

  1. Projet Plan de relance avec entreprise SpyGen, 2022-2023.
  2. Logiciels pour l'analyse de données de métabarcoding, Entreprise SpyGen, 2021
  3. Participation industrielle de DEiNOVE au projet ALPACA 2020-2024
  4. Participation industrielle de Stellate Therapeutics (fka Amabiotics) au consortium SMART.

2.4.1. Collaborations passées

  1. Accord de confidentialité Abivax 2017-2018
  2. Accord de confidentialité DEiNOVE 2016-2017
  3. Partenariat avec Acobiom (ex-SkuldTech), projet UM 2006-2009, PIA IBC 2012-2018.

2.5. Participation à des projets ou consortium

2.5.1. Actuels

  1. Participation au réseau COST européen Translational control in Cancer European Network (TRANSLACORE) (2022-2026) COST Action CA21154. Porteur: JJ Diaz (CRCL - Lyon) and F. Gebauer (CRG - Barcelona).
  2. Consortium SMART, groupement de 6 partenaires pour l'étude de l'épigénétique des ARNs, Porteurs : A. David et C. Hirtz.
  3. Participation au projet "EpiTransDiag", financement SIRIC Montpellier Cancer, Porteur A. David (IGF), 4 partenaires; Responsable LIRMM.
  4. Membre du Pan-Genomics Consortium depuis 2015, participant au Workshop de Leiden en 2015 dont est issu un récent article de revue sur ce sujet dans Briefings in Bioinformatics.

2.5.2. Par le passé

  1. Projet MUSE, BAPSIM "Boosting alignment‐free phylogenetic sequence identification in metagenomics"; porteur : Fabio Pardi (LIRMM); 2018-2020; 18 mois postdoctorat.
  2. Participation au réseau COST européen "Translatome" - réunion à Montpellier en janvier 2017.
  3. ANR PlasmoExplore 2007-2009, porteur O. Gascuel.
  4. Académie des Sciences de Finlande. Projet "Fast multi-pattern searches or intrusion detection and DNA". 2006-2008, responsalble J. Tarhio (Helsinki Univ. Technology).
  5. Action BIO-STIC LR, Projet "Evolution des structures répétées en tandem dans les génomes", coordinateur P. Jarne du CEFE, et projet INRIA-Color "Dynamique évolutive d'éléments répétés du génome (microsatellites)", 2004-2005.
  6. Action de coopération France-Belgique entre le LIFL et l'Univ. Mons Hainaut (Belgique), 1995-1996. "Compression de textes"
  7. Équipe du LIFL participant au GDR "Informatique et Génomes". 1993-1996; demande de financement.
  8. Participant au GREG: Groupement de recherches et d'études des génomes (88-92)

3. Encadrements et formation par la recherche

3.1. Post-doctorants et ingénieurs

  1. Marion Buffard (2022-2024) ATER and then postdoc Univ. Montpellier.
  2. Céline Mandier (2022-2023) projet TRANSLATOL, financement INCA. Analyses de transcriptome, traductome et protéome pour études en cancérologie.
  3. Nikolay Romashchenko (2022) projet logiciels pour l'analyse de données en métagénomique. Financement LIRMM.
  4. Benjamin Linard (2022-2024) projet Plan Relance, en collaboration avec entreprise SpyGen.
  5. Bastien Cazaux (2020-2021) projet IFB. Actuellement, MdC Univ. Lille.
  6. Benjamin Linard (2020) projet France Génomique. Actuellement, entreprise SpyGen.
  7. Julie Ripoll (2019-) projet GEM financement Labex NUMEV, projet INCA FluoRib
  8. Guillaume Scholz (2018-2020) projet BAPSIM financement MUSE
  9. Damien Paulet (2013-2018) projets Traduction et IBC, financements FRM et PIA
  10. Julien Veyssier (2017-2018) projet CORGEN financement IFB
  11. Rodrigo Canovas (2015-2017) projet IBC financements PIA
  12. Amal Makrini (2014-2016) projet Transcriptome financement France Génomique
  13. Vincent Maillol (2013-2014) projet Transcriptome financement France Génomique
  14. Maxime Hébrard (2013-2014) projet Algue marine financement Labex Numev
  15. Nicolas Philippe (2012-2013) projet Chimères financement ARC

3.2. Doctorants

  1. Jordan Moutet 2022-2025, "Traitement des insertions et délétions de séquences en bioinformatique. De la reconstruction des séquences ancestrales jusqu'à l'alignement multiple et la métagénomique", bourse MNERT, co-encadrant: Fabio Pardi (LIRMM).
  2. Pengfei Wang, 2021-2024, "Pangenomics: algorithms and applications", projet ALPACA.
  3. Nikolay Romashchenko, soutenance 15 décembre 2021, début: oct. 2018, "Computing informative k-mers for phylogenetic placement", Co-encadrant: Fabio Pardi (LIRMM)
  4. Sébastien Relier, soutenance 1 décembre 2020, thèse en biologie, Co-encadrant: Alexandre David (IGF). Actuellement post-doctorant National Institute of Health USA.
  5. Sylvain Pulicani. soutenance 28 nov. 2018. "Réarrangements et chromatine". Co-encadrant: Giacomo Cavalli (IGH) et Krister Swenson (LIRMM).
  6. Bastien Cazaux, soutenance 7 décembre 2016. "Lien entre structures d’indexation et problèmes sur les superchaines". Actuellement, MdC Univ. Lille. url: https://www.theses.fr/2016MONTT307
  7. Pierre Riou. Univ. Montpellier. non soutenue. 2008-2012. "Calculs d'intervalles de gènes communs pour la comparaison de génomes". Co-encadrement : Annie Chateau.
  8. Nicolas Philippe, doctorat Montpellier 29 septembre 2011. "Développement de méthodes et d'algorithmes pour la caractérisation et l'annotation des transcriptomes avec les séquenceurs haut débit". Co-encadrant: T. Commes. Actuellement, entreprise SeqOne.
  9. Raluca Uricaru, doctorat Montpellier 14 Décembre 2010. "Algorithmes de comparaison de génomes appliqués aux génomes bactériens". Actuellement Maitre Conférences Univ. Bordeaux I, LABRI
  10. Sébastien Leclercq, doctorat Montpellier 19 décembre 2007. Co-encadrant: Philippe Jarne (CEFE). Actuellement, chercheur en Infectiologie et Santé Publique, INRAE, Nouzilly, France.
  11. François Nicolas, doctorat Montpellier 13 décembre 2005. "Algorithmique du texte : recherche de motifs et calcul de consensus".
  12. Sèverine Bérard, doctorat Montpellier 5 décembre 2003. "Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique". Actuellement Maitre Conférences Univ. Montpellier
  13. Jean Stéphane Varré, doctorat Univ. Lille I, 10 juillet 2000. "Concepts et algorithmes pour la comparaison de séquences génétiques : une approche informationnelle". Encadrant principal: JP. Delahaye. Actuellement, Prof. Univ. Lille I.

3.3. Diplôme de mathématiques (Allemagne)

  1. Sven Rahmann, Univ. Heidelberg, 2000. "Word statistics in random texts and applications to computational molecular biology". Actuellement, prof. Univ. Saarland, Saarbrücken, Allemagne.

3.4. Master en informatique ou biologie

  1. Paul Medout-Marere 2023. Master Bioinformatique I, Montpellier. Projet bibliographique Indexation Multi-Génome, structure et applications soutenu 12/01/24.
  2. Jordan Moutet 2022. Master Math Informatique, Montpellier. Inférence des patrons ancestraux de présence/absence d’insertions et délétions dans les séquences biologiques co-encadrement Fabio Pardi.
  3. Benoit Penel 2022. Master Bioinformatique, Montpellier. Extension de l’outil de benchmarking PEWO, dédiée au Placement Phylogénétique. co-encadrement B. Linard.
  4. Marie Mille 2021. Master Info. BCD. "Recherche de motifs probabilistes : le cas des Matrices Poids Position dinucléotidiques (di-PWM)". Co-encadrants: J. Ripoll, B. Cazaux.
  5. Benoit Aliaga 2021. Master Info. BCD. "Développement d'un pipeline d'analyse de données de scRNA-seq pour étudier les effets du micro-environnement des adénomes hypophysaires". Co-encadrants: J. Ripoll, P. Bertolino.
  6. Charlotte Dubec 2021. AgroParisTech. "Algorithmes de recherche de motif pour le démultiplexage". Collaboration SpyGen. Co-encadrants: B. Cazaux, B. Linard.
  7. Samuel Juhel 2017. "Calcul de superchaînes". Co-encadrant: B. Cazaux. Master Info.
  8. Valentin Klein 2017 "Profil et correction d'erreurs dans les longues lectures de séquençage" Master Info BCD.
  9. Quentin Desmettre 2015. "Réoptimisation de superchaîne" Ecole Ingénieur ISIMA. Co-encadrant B. Cazaux.
  10. Bastien Cazaux 2013. "Étude et Comptage : reconstruction de l'arbre compact des suffixes". Master mathématiques et informatique
  11. Sarah Sini 2010 "Unicité des fenêtres d'un génome par recherche de mots". Master informatique.
  12. Benjamin Sèverac 2008. "Comparaison de génomes et distance de transformation". Master informatique. Encadrants : Sèverine Bérard et Éric Rivals
  13. Vanessa Douttez 2008. "Comparaison de génomes : Chaînage avec chevauchement". Master informatique. Co-encadrants: R. Uricaru et A. Chateau.
  14. Valentin Guignon, 2006. "Alignement multiple de séquences répétées", Master de bioinformatique, Univ. du Québec (UQAM).
  15. Raluca Uricaru 2006. "Hidden Markov Models for the Detection of Motif Repeats in Protein Sequences". Master Thesis, École Normale Supérieure of Lyon.
  16. Leila Aouati 2005. "Comparaison de répétitions en tandem". Master informatique
  17. Rémy Orain, 2004. "Répétitions en tandem dans les protéines". Master informatique (non soutenu pour cause d'embauche).
  18. Eric Fontanillas, 2002. Master Physiologie Végétale Appliquée. "Utilisation d'un modèle informatique d'alignement de cartes MVR pour l'étude phylogénétique du minisatellite humain MS205".
  19. Edmond Torres, 2001. "Algorithmes de recherche de motifs par filtration". Master informatique
  20. Sèverine Bérard, 2000. "Reconstruction d'histoire de répétitions en tandem". Master informatique
  21. Jean-Stéphane Varré 1996, Université de Lille I, "Distances basées sur des notions de compression de données et application à la phylogénie". Master informatique. Encadrant principal: JP. Delahaye.

3.5. Master en statistiques

  1. Richa SU, Univ. Paris. 2020. Master 2 Ingénierie Mathématique et Biostatistique. Apprentissage automatique sur les données de spectroscopie de modification d’ARN pour distinguer des stades de cancers.

3.6. Licence

  1. Antoine Limasset, 2012. "Indexations de séquences courtes". Actuellement, doctorant à IRISA de Rennes, GenScale team.
  2. Jin Li. 2014. ENS Cachan. "Combinatoire des corrélations de mots finis." Co-encadrant : Bastien Cazaux.
  3. Maria Khartchenko. 2022 Princeton University, USA. "Analyse de séries longitudinales de profil de traduction des ARN"

3.7. Comités de thèses

  • Université Bretagne Loire: Garance Gourdel "Sketch-based approaches to processing massive string data" (2020-2023; encadrants. Pierre Peterlongo et Tatiana Starikovskaya).
  • Université de Montpellier: Ankit Diwedi (thèse 2016; E. Cornillot), François Richard (thèse 2016; A. Kajava), Maximilien Servajean (thèse 2015; E. Pacitti), Mireille Lejeune (thèse 2005; J. Marti)
  • Université de Lyon: Anne-Sophie Sertier (thèse 2009; D. Kahn)
  • Université Paris-Sud 11, Orsay - INRA Versailles : José Hernandez Mora (thèse 2010; F. Budar)

4. Organisation de colloques, conférences et workshops et animation scientifique.

4.1. Internationales et nationales

  1. Workshop Colib'read, 7-8 novembre 2016 à Paris.
  2. France Génomique Workshop WetLab and Bioinformatics in Montpellier, 9-10th May 2016.
  3. Workshop international "Data Structures in Bioinformatics" Bielefeld, Allemagne, February 23-24, 2016.
  4. Colloque de Bioinformatique du GdR BIM, Paris, 7-8 octobre 2015
  5. First international Workshop "Data Structures in Bioinformatics" Montpellier 8-9 Dec. 2014.
  6. Workshop SeqBio, Montpellier, nov. 2014
  7. Colloquium "Indexing for scientific big data", Paris 15th Jan 2014.
  8. Workshop SeqBio in Montpellier 25-26 Nov. 2013
  9. Colloque de Bioinformatique Moléculaire du GdR BIM, Paris 19 et 20 novembre 2013
  10. Workshop international VARIAHTON 2013 Udine Italie, 21 May 2013.
  11. Session "Galaxy Tour de France" (avec l'équipe Galaxy), Montpellier, 29 mai 2012.
  12. Journées du GdR BiM 2012 http://mig.jouy.inra.fr/?q=fr/journees-gdrbim-2012 Paris.
  13. Colloque Bioinformatics and High Throughput Sequencing - 2011 Paris, mars 2011.
  14. Colloque Bioinformatique pour le séquençage haut-débit 2010, Paris, mars 2010.
  15. Conférence JOBIM à Nantes en 2009.
  16. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2010.
  17. Réunion thématique "Algorithmique génomique" Orsay 24-25 novembre 2005
  18. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2003.
  19. Rencontre sur l'algorithmique des séquences Nancy, 20-21 janvier 2003
  20. Journées Actions Spécifiques autour de Algorithmique et la Génomique en 2002 à Montpellier.
  21. Réunion "Algorithmes pour la bioinformatique" Action spécifique du département STIC du CNRS, Montpellier, 11-12 mars 2002
  22. Conférence JOBIM à Montpellier 2000.
  23. École thématique du CNRS "Analyse in-silico de séquences génomiques" à Marseille, 17 au 28 juillet 2000.
  24. Rencontre Roche - DKFZ à Heidelberg Allemagne 1999.
  25. Lille Rencontres GdR "Informatique et génomes" Lille sept 1994.

4.2. Locales

  1. Journées de l'IBC à Montpellier en 2012, 2014, 2016, 2018
  2. Formation programmation avec librairie GATB (avec équipe GATB) à l'IBC, Montpellier, 16 Juin 2017.
  3. Viral Metagenomics Workshop, at IBC Montpellier, 27-28th April 2017, avec N. Rascovan (Marseille), Montpellier, France
  4. Workshop Mastodons Montpellier "Gestion de données à grande échelle en Sciences de la Vie" décembre 2012
  5. Inauguration Institute of Computational Biology IBC Montpellier 1 octobre 2012 http://www.ibc-montpellier.fr/
  6. Journée du Département Informatique, Montpellier, mars 2007.
  7. Séminaires de la Génopole de Montpellier 2003-2004.
  8. Journée du Département Informatique Fondamentale et Appliquée du LIRMM, Mèze, 29 novembre 2001.

5. Activité éditoriale et relecture

5.1. Chair ou area-chair de conférences nationales ou internationales

  1. ECCB European Conference on Computational Biology 2014
  2. JOBIM 2009

5.2. Comités de programme de conférences internationales (24)

  1. 23rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2023, Sept, Houston, Texas
  2. 22nd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2022, Sept, Postdam, Germany
  3. 21st Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2021, August 2-4, Chicago (virtual)
  4. 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2021); Bolzano-Bozen, Italy January 25-28, 2021.
  5. 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2020
  6. 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2020); Limassol, Cyprus, January 20-24, 2020.
  7. 19th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2019
  8. 18th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2018
  9. 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval SPIRE 2017
  10. 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2017
  11. NGS Conference - Structural variation and population genomics 2017
  12. ECCB European Conference on Computational Biology: 2003, 2008, 2012, 2014, 2016
  13. RECOMB-SEQ RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing: 2016
  14. NGS Conference - Genome Annotation: 2016
  15. IEEE BIBM International Conference on Bioinformatics and Biomedicine: 2015, 2016
  16. RECOMB Comparative Genomics: 2010, 2013
  17. Bioinformatics: 2010, 2011, 2012
  18. International Conference on Digital Information and Communication Technology and its Applications (DICTAP): 2011
  19. STACS International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science: 2008

5.3. Comités de programme de conférences ou workshops nationaux

  1. JOBIM Conférence française de bioinformatique: 2010, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020, 2022, 2023, 2024.
  2. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB): 2018
  3. Workshop SeqBio: 2002, 2003, 2005, 2010 à 2016
  4. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique: 2016.
  5. German Conference on Bioinformatics en 2007.

5.4. Comités éditoriaux de revues internationales

  1. BMC Bioinformatics depuis 2008.
  2. NAR Genomics and Bioinformatics depuis 2019.
  3. Dataset Papers in Biology (section Bioinformatics) 2012-2017.
  4. The Open Bioinformatics Journal 2010-2015
  5. The Open Applied Informatics Journal 2007-2013

5.5. Rapport d'Habilitation à diriger des recherches

  1. Juliana SILVA BERNARDES habilitation en ingénièrie, Sorbonne University, Faculty of Science, Paris, France, sept 2023
  2. Hugues Richard habilitation en bioinformatique, Sorbonne University, Faculty of Science, Paris, France 14/02/2022 "Statistical methods for analysing high throughput sequencing data"
  3. Damien Eveillard habilitation en informatique, Univ. Nantes en 2020, "From Systems Biology to Systems Ecology: a computational journey through biological scales"
  4. Laurent Mouchard habilitation en informatique, Univ. Rouen en 2016, "Contributions algorithmiques à l'analyse des séquences génomiques"
  5. Nicolas Thierry-Mieg habilitation en informatique Univ. Joseph Fourier Grenoble en 2013 à Grenoble; "Smart-pooling et interactomes".
  6. Cédric Chauve habilitation en informatique, Univ. Vancouver et Bordeaux I en 2011, "A la recherche des génomes perdus : Modèles, Méthodologies et Algorithmes pour la Comparaison de Génomes"

5.6. Rapport de thèse de doctorat

5.6.1. A l'étranger

  1. Au Canada : Rapporteur, Alice Kaye, University of British Columbia, Vancouver, 23 July 2021, "Approaches to Genome Analysis through the Application of Graph Theory".
  2. En Belgique : Rapporteur, Mahdi Heydari, Department of Information Technology (INTEC), Ghent University, Ghent (Gand), Belgium, 13 Mai 2019. "Error Correction of Illumina Sequencing Data". D/2019/10.500/49
  3. En Finlande, en informatique : "Opposant" à la soutenance de Niko Välimäki, Univ. Helsinki, août 2012, sur l'indexation de séquences et données structurées. Le jury n'inclut qu'un seul opposant extérieur et la soutenance consiste en un exposé de 20 min et 2h de discussion entre l'opposant et le candidat.

5.6.2. Biologie

  1. Guillaume Gautreau, Centre National de Séquençage, Evry, 27 février 2020, "Conceptualisation et exploitation d’un graphe de pangénome partitionné comme représentation compacte de la diversité du répertoire génique des espèces procaryotes"
  2. Lauriane Cacheux au Muséum d'Histoire Naturelle de Paris, 15 novembre 2016, "Diversité et histoire évolutive des séquences alpha-satellites chez les Cercopithèques"
  3. Claire Lemaître, Univ. Lyon I, en 2008, "Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères : caractérisation des points de cassure".

5.6.3. Informatique et Bioinformatique

  1. Hélène Lopez-Maestre, Univ. Lyon, 15 février 2017 "Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d'espèces non modèles"
  2. Andreea Radulescu, Univ. Nantes, 25 novembre 2015 "Assemblage de novo de répétitions à partir de données NGS"
  3. Laure Sambourg, Univ. Joseph Fourier Grenoble, soutenance 18/12/2013 "Décrypter les données omiques : importance du contrôle qualité. Application au cancer de l’ovaire"
  4. Rayan Chikhi, ENS Cachan, Rennes, en 2012 "Computational Methods for de novo Assembly of Next-Generation Genome Sequencing Data".
  5. Eric Audemard, Univ. Toulouse en 2011, sur la génomique compartive. Thèse non soutenue.
  6. Marta Gîrdea, Univ. Lille I, en décembre 2010, "New methods for biological sequence alignment"; le 10 décembre 2010.
  7. Mikael Salson, Univ. Rouen, en 2009, "Indexation dynamique et compressée de textes".
  8. Yann Ponty, Univ. Paris Sud, en 2006, "Modélisation de séquences génomiques structurées, génération aléatoire et applications".
  9. Arnaud Lefebvre, Univ. Rouen, en 2003 avec O. Gascuel, "Compression de texte et la comparaison de séquences".

5.7. Jurys d'HdR

  1. Matthias Zytnicki habilitation en bioinformatique, INRAE Toulouse, prévue 13 avril 2022, "Méthodes informatiques pour l’analyse de données de séquençage de petits ARN".
  2. Anna-Sophie Fiston-Lavier habilitation en biologie évolutive, Université de Montpellier, 4 avril 2022, "Les éléments transposables : Impact sur la structure et l'évolution des génomes".
  3. Guillaume Blin habilitation en informatique Université de Marne-la-vallée en 2012, "Combinatorial Objects in Bio-Algorithmics: Related problems and complexities"; lundi 18 juin 2012.

5.8. Jurys de thèse

5.8.1. Mathématiques

  1. Mme Yinneth León Velasco, IMAG, "About the link function in generalized linear models for categorical responses", Université de Montpellier, le 7 juin 2022.

5.8.2. Informatique ou bioinformatique

  1. Yoshihiro Shibuya, Lab. d'Informatique Gaspard-Monge, Univ. Gustave Eiffel, 29 nov. 2022 Sketching data structures for alignment-free analysis of genomic sequences.
  2. Eloi Durant, IRD, Univ. Monptellier, Design of novel visual representations and tools applied to plant pangenome visualization, 29 sept 2022.
  3. Kevin Da Silva, Univ. Rennes I et Metagenopolis, 8 mars 2022.
  4. Olivier Chabrol, Univ. Aix Marseille, 14 déc. 2017.
  5. Yassin Refahi, Univ. Montpellier, 15 nov. 2011, "Modélisation multi-échelle de la phyllotaxie des plantes".
  6. Hugo Devillers, Univ. Evry, 21 fév. 2011, "Statistique de comparaison de génomes bactériens".
  7. Matthias Gallé, Univ. Rennes I, 14 février 2011, "Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem".
  8. Denis Bertrand, Univ. Montpellier, en déc. 2005, "Phylogénie et répétitions en tandem"
  9. Martin Figeac, Univ. Lille I, en 2004, "Scénarios de réarrangements et génomique comparative"

5.8.3. Biologie

  1. Vincent Zvenigorosky-Durel, 13 novembre 2018, Université Toulouse 3, "Etude des parentés génétiques dans les populations humaines anciennes : estimation de la fiabilité et de l'efficacité des méthodes d'analyse"
  2. Mireille Lejeune, Univ. Montpellier en 2005 "Transcriptome et SAGE et applications en cancérologie"

5.9. Comités de thèse

  1. Garance Gourdel, Dir. Tatiana Starikovskaya and Pierre Peterlongo, Univ. Rennes I, 2021-2023
  2. Ankit Dwivedi, Dir. Emmanuel Cornillot, IRCM, Univ. Montpellier, 2014-2015
  3. Francois Richard, Dir. Andrei Kajava, CRBM, Univ. Montpellier, 2013-2015
  4. Maximilien Servajean, Dir. Esther Pacitti, Univ. Montpellier, 2012-2014
  5. Emilie Dumas, Dir. Mylène WEIL, Inst. des Sciences de l'Évolution (ISE-M), Univ. Montpellier, 2011-2012
  6. Anne-Sophie Sertier, Dir. Daniel KAHN, L. Biométrie et Biologie Evolutive, Université Lyon 1, 2009

5.10. Relecture pour des journaux ou conférences internationales

5.10.1. Informatique (Computer Science)

  • The International Journal on Very Large Data Bases (VLDB) Journal
  • J. of Combinatorial Theory series A
  • Theoretical Computer Science
  • J. Discrete Algorithms
  • Information Processing Letters
  • INFORMS
  • Fundamenta Informaticae

5.10.2. Bioinformatique

  • Bioinformatics
  • DATABASE (Oxford UP)
  • J. of Computational Biology
  • IEEE Transactions on Bioinformatics and Computational Biology
  • J. of Bioinformatics and Computational Biology
  • BMC Bioinformatics
  • Int. J. for Bioinformatics Research and Applications

5.10.3. Biologie ou biotechnologie

  • Nature Biotechnology
  • Genome Biology
  • Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS),
  • BMC Evolutionary Biology

5.10.4. Conférences

  • Informatique : IWOCA 2014, Symp. on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Symp. on String Processing and Information Retrieval (SPIRE) 2006 et 2011, STACS 2007 et 2010, Int. Symp. on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS) en 2006, International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA) en 2005.
  • Bioinformatique : ACM Int. Conf. on Computational Molecular Biology (RECOMB) 2004-2008, Comparative Genomics 2010, 2012, 2013, NGS 2016, Bioinformatics 2010-2012, Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2001 et 2004, RECOMB Seq 2016, European Conf. on Computational Biology ECCB 2018.

5.11. Evaluations de projet de recherche et développement pour des organismes étrangers ou des entreprises

5.12. Comité d'évaluation de laboratoires - HCERES

  • 2020 Laboratoire "Techniques de l’Ingénierie Médicale et de la Complexité" TIMC-IMAG

6. Responsabilités et administration de la recherche

6.1. Responsabilités et implications internationales, nationales, ou hors région

  1. COST European Network TRANSLACORE (CA21154): Co-leader of Working Group 3 Bioinformatics.
  2. Directeur du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" de 2010-2015
  3. Comité scientifique du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2016
  4. Membre du Comité d'Orientation Scientifique du GdR MaDICS depuis sa création en 2015.
  5. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2015.
  6. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2010.
  7. Membre du Conseil d'Administration de la S.F.B.I. (Société Française de Bioinformatique) de 2007 à 2010.
  8. Correspondant Europe du du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2022.

6.2. Responsabilités et implications régionales

  1. Membre du comité de pilotage scientifique du SIRIC Montpellier (2023–)
    SIRIC: Site de recherche intégrée sur le cancer.
  2. Responsable scientifique de la plateforme de Bioinformatique ATGC depuis 2016.
  3. Responsable des formations "Bioinformatique pour les NGS" et "Linux et script pour la bioinformatique" proposées par CNRS Formation depuis 2015.
  4. Labex Numev, co-responsable du Projet Intégré "ADN et génomes" 2015-2016.
  5. Membre commission Bioinformatique de l'Université de Montpellier, 2016-2017. Cette commission n'a pas de statut officiel.
  6. Membre du comité de direction de l'Institut de Biologie Computationnelle (IBC) depuis 2012.
  7. Responsable du Département-Informatique du LIRMM de mai 2007 à 2010 (90 permanents, 100 non permanents, 13 équipes).
  8. Membre du Conseil Doctoral de la Spécialité Informatique de l'Ecole Doctorale de Montpellier depuis 2008.
  9. Membre du Comité de Sélection (ou COSE) d'Informatique de l'Université de Montpellier, depuis 2008.
  10. Membre du Conseil Scientifique du LIRMM de 2012 à 2014.
  11. Membre du Comité de Sélection de l'université d'Aix Marseille en 2010.
  12. Membre élu du Conseil de Département de Recherche STICS de l'Université de Montpellier 2 de 2005-2008.
  13. Responsable des séminaires bioinformatique du LIRMM de 2005 à décembre 2007.
  14. Membre des Commissions de Spécialistes section 26-27 de l'Université de Montpellier 3 (U. Paul Valéry) de 2005 à 2009
  15. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27-61 de l'université de Perpignan de 2002 à 2004.
  16. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27 de l'université de Montpellier II de 2001 à 2004.
  17. Membre du Conseil de laboratoire du LIRMM de février 2001 à mars 2003.

7. Enseignement, formations, diffusion

7.1. Écoles à destination des chercheurs

  1. École d'été interdisciplinaire "Open access, Open data et données" organisée par l'Université de Strasbourg, 19-21 juin 2018. Annonce Lien
  2. Plateforme ATGC : formations au catalogue CNRS Formation 2015-2018
  3. École internationale de Bioinformatique Tunis, sep. 2014 organisée par l'Institut Pasteur et l'European Molecular Biology Organisation Annonce
  4. École de Printemps d'Informatique Théorique ile d'Oléron, mai 2014 Annonce
  5. Next Generation Sequencing, Bioinformatics Spring School from NOVA network (The Nordic Forestry, Veterinary and Agricultural University Network) march 2012, Enaforsholm Sweden
  6. International Summer School in Paleogenomics, organisée par CNRS, 17-21 octobre 2011, Cargèse, France. Annonce

7.2. Formations de Bioinformatique de la Plateforme ATGC

7.2.1. Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

  • Depuis 2015
  • Nombre de places : 12
  • Fiche du catalogue CNRS Formations (depuis 2020)
Année 2015 2016 2017 2018 2019 2020
# participants 12 12 12 12 12 9

7.2.2. Linux et script pour la bioinformatique

  • Depuis 2017
  • Nombre de places : 12
  • Fiche du catalogue CNRS Formations depuis 2020
Année 2017 2018 2019 2020
# participants 11 9 11 3

7.2.3. Python et le module Pandas pour gérer et analyser des données

  • Depuis 2020
  • Nombre de places 6 à 18
  • Fiche du catalogue CNRS Formations depuis 2020
  • Fiche
  • OBJECTIFS
    • Savoir gérer, manipuler et analyser des données avec le module Pandas en langage Python
    • Etre capable de développer des programmes Python utilisant Pandas

7.3. Formation externes

  • Formation à la Bioinformatique, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 1 semaine, novembre 2002.
  • Formation à la Bioinformatique, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 1 semaine, avril 2004.

7.4. Enseignement universitaire régulier à l'Université de Montpellier

  • Module "Algorithmique du texte" Master d'informatique M1 ; 2010-2018
  • Module "Bioinformatique avancée" Master d'informatique M2 (anciennement DEA) ; 1999-2018

8. Valorisation

  1. Accompagnement RISE de CNRS Innovation. "EpiTransDiag" dans la 10ème promotion de projets de start-up soutenus par le CNRS en 2024 (cf. annonce CNRS Innovation 24/01/2024).
  2. Projet de maturation technologique "EpiTransDiag", co-porteur Alex David (INSERM) et Christophe Hirtz (CHU Mtp), financement SATT 2023-2025
  3. Plateforme ATGC : responsabilité depuis 2016, co-responsabilité depuis 2017
  4. Volet NGS "Analyse de Séquençage" de la plateforme ATGC : création 2012
  5. Formation "Bioinformatique pour le Séquençage Haut Débit" d'ATGC au catalogue CNRS Formation 2015-2018
  6. Formation "Linux et script pour la bioinformatique" d'ATGC au catalogue CNRS Formation 2017, 2018
  7. Diffusion de LoRDEC : distributions, FAQ, intégration sous Galaxy, intégration GeneOuest, site GATB, 25 citations depuis 2014.
  8. Brevets US et EU (cf. Publication List) on DNA replication

8.1. Réseaux auxquels la plateforme ATGC participe

8.2. Brevets et demandes en cours

  1. Brevet international n° WO/2023/006588 Method for characterising a tumour, publication 02.02.2023, instituts: CHU Montpellier, Université Montpellier, INSERM et CNRS.
  2. Demande de brevet n° 2108279 du 29/07/2021, Procédé d'évaluation du degré de malignité d'une tumeur gliale, déposé par INSERM Transfert, instituts: CHU Montpellier, Université Montpellier, CNRS et INSERM.
  3. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, P. Prorok, Purification process of nascent DNA, patent n° US 20150267208 (2015), 20150267208 (2018), 20190093147 (2019)
  4. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, Purification process of nascent DNA, patent n° US 61/238 315 (2011) and European patent EP2473623 (2012).

8.3. Licences pour logiciels

  • Logiciel QOD : licence numéro IDDN.FR.001.440001.000.S.C.2011.000.31.235

8.4. Cooperation with industry

  1. Project BIO-PEA with company SpyGen, "Bioinformatic Optimisations for Proficient eDNA Analysis", Funding "Plan de relance", 2022-2023. Supervisor of an engineer from SpyGen.
  2. Assessor for BPI France ("Banque Publique d'Investissements"), 2020.
  3. H2020 ITN "ALPACA" #956229; agreement with several companies including Deinove, 2020-2024.
  4. Consultant with non disclosure agreement for company Deinove, 2018.
  5. Consultant with non disclosure agreement for company ABIVAX (ex-Splicos) 2017.

9. Communication à destination du grand public

  1. Décembre 2022: travaux sur le diagnostic du gliome utilisant les modifications de l'ARN mis en exergue dans le Dossier "Grand Angle Cancers" du magazine de l'INSERM de décembre 2022. Voir la section "Au-delà de l'ADN, l'ARN" pages 29-30. Accès au dossier cancer en PDF, au magazine complet (ou lecture en ligne).
  2. Octobre 2022: Relai du communiqué de presse du CNRS dans la lettre "En direct des labos" du 04/10/2022, url.
  3. Octobre 2022: Article dans le Midi Libre "Tumeur du cerveau : des scientifiques montpelliérains mettent au point un test de diagnostic révolutionnaire" – 09/10/2022.
  4. Octobre 2022: 1ères Portes Ouvertes du LIRMM pour la Fête de la Science 2022, participation et démonstration de logiciels – 08/10/2022, affiche, photo.
  5. Octobre 2022: Interview dans émission "A l'UM la science" à propos de la méthode de diagnostic du gliome (podcast); organisé par l'Univ. de Montpellier.
  6. Sept 2022: communiqué de presse du CNRS (INSB et INS2I) qui met nos travaux sur le diagnostic du gliome en lumière : https://www.insb.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/exploiter-le-code-chimique-de-larn-pour-etablir-une-carte-didentite-tumorale
  7. Juin 2022: Interview croisée "L'informatique au service de la biologie" (un biologiste et un bioinformaticien) sur le site Centre Léon Bérard (de recherche en cancérologie) de Lyon. https://www.centreleonberard.fr/institution/actualites/linformatique-au-service-de-la-biologie
  8. 4 Février 2022 : actualités sur le site
  9. 3 Février 2022 : Article interview sur le Midi Libre https://www.midilibre.fr/2022/02/02/cancer-a-montpellier-des-scientifiques-explorent-les-effets-inattendus-des-chimiotherapies-10084084.php
  10. Février 2022 : à l'occasion de la Journée mondiale contre le cancer 2022, communiqué de presse de l'INSERM sur notre travail collaboratif et la publication dans Nature Communications de 2022. Lien : https://presse.inserm.fr/journee-mondiale-contre-le-cancer-linserm-plus-que-jamais-mobilise/44565/
  11. Avril 2021 : article du 04/04/2021 dans le Midi Libre (lien sur abonnement) concernant la collaboration du consortium SMART dans notre travail publié dans Nature Communications en 2021.
  12. Avril 2021 : actualité dans CNRS-Hebdo sur notre étude du rôle de l'épitranscriptome dans la progression d'un cancer, article paru dans Nature Communications Lien : https://www.occitanie-est.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/lepitranscriptome-un-code-invisible-sur-larn-controle-la-progression-tumorale
  13. Mars 2021 : actualité sur le site de l'INSERM.fr à propos de notre article dans Nature Communications.
  14. Avril 2020 : Interview pour Science et Vie pour un article à propos de Folding@Home un projet de calcul distribué, dont une activité concerne la recherche sur le covid-19.
  15. Mars 2020 : actualité pour le "Dossier Virus" sur le site du Journal du CNRS.
  16. Novembre 2019 : actualité sur le site de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) concernant l'article de collaboration publié dans Nature Communications en 2019.
  17. Octobre 2019 : participation à la Fête de la science 2019 au Village des sciences de Montpellier (stand Labex NUMEV) le 6 octobre 2019.
  18. Septembre 2019 : article paru sur le site du CNRS intitulé "Réordonner les textes pour optimiser la compression de leur index".
  19. Août 2019 : actualité sur une étude collaborative incluant la plateforme ATGC de Montpellier à l'honneur sur le journal web du National Institute of Environmental Health Sciences (NIEHS), qui est l'agence du NIH étudiant les liens entre santé et environnement aux USA.
  20. Juin 2018 : participation (encart) au dossier d'Agropolis International "Systèmes complexes" (ISSN : 1628-4240).
  21. Octobre 2017: Article en anglais sur le site américain phys.org concernant les implications de nos résultats sur l'effet des changements environnementaux sur le cycle du carbone.
  22. Septembre 2017 : conférence dans le cadre de la journée "25 ans du LIRMM" le 28/09/2017.
  23. Août 2017: Interview et article concernant notre travail sur l'assemblage de génomes de virus à Radio France International (in English).
  24. Juillet 2017 : communiqué sur le site du CNRS à propos des recherches sur la diversité génomique des micro-algues.
  25. Juin 2017 : article dans le Journal du CNRS "Un outil pour démêler la jungle des virus" concernant notre travail sur l'assemblage de génomes de virus paru dans Genome Research.
  26. Octobre 2015 : interview en vidéo "Analyser les données génomiques" pour le magazine # Savoir(s) de l'Université de Strasbourg. "Entretien avec Eric Rivals, Directeur de recherches du CNRS au sein du laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier. Un entretien réalisé lors des journées « Principaux défis du big data » organisées par le laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Icube) de l’Unistra."
  27. Aout 2007 : Communiqué sur le site du CNRS concernant notre travail sur la diversité génomique et l'évolution des souris paru dans Genome Biology en 2007.
  28. Avril 2005 : Intervention publique dans le cadre des Rendez-vous Scientifiques de Montpellier "Bioinformatique : concepts, résultats et enjeux".

10. Logiciels - Software

Pour une liste à jour des divers logiciels issus des projets de recherches voir la page dédiée : Software list.

Please see my Software list and some web services on ATGC platform.

11. Plateforme de services en bioinformatique ATGC

11.1. Actualités

  • janvier 2021 : financement IBISA d'un ingénieur (12 mois)
  • novembre 2019 : actualités sur le site de Institut Français de Bioinformatique
  • octobre 2019 : LoRDEC accepté comme ressources ELIXIR
  • juillet 2019 : actualité sur le site de France Génomique

11.2. Labels et reconnaissance de la plateforme (PF) ATGC

  • Institut Français de Bioinformatique IFB (depuis 2014 – plateforme fondatrice)
  • France Génomique : réseau des plates-formes françaises de génomique et de bio-informatique les plus performantes (depuis 2012 – plateforme fondatrice)
  • Aviesan Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé
  • Cancéropôle Grand Sud-Ouest : fiche (depuis 2009)
  • IBISA (depuis 2006)
  • Renabi

Auteur: Eric Rivals

Created: 2024-02-01 jeu. 18:56

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