MAB: Méthodes et algorithmes pour la bio informatique

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À la croisée de la biologie et de l’informatique, la bioinformatique cherche à résoudre des questions biologiques par le calcul. Celles-ci couvrent un large spectre, de la biologie fondamentale à l’agronomie en passant par la santé et l’environnement. L’équipe MAB poursuit des travaux méthodologiques (algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation, modélisation probabiliste, apprentissage statistique) pour répondre à des questions biologiques essentielles (évolution, phylogénie, génomique comparative, annotation fonctionnelle des gènes et des protéines, paludisme, HIV, cancer).

Les thématiques de recherche sont organisées en trois axes : Algorithmique du texte et méthodes pour l'analyse du séquençage à haut débit, Méthodes pour l’inférence évolutive, et Outils pour l’annotation fonctionnelle. Les logiciels développés dans l'équipe sont disponibles sur la plateforme ATGC.

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Actualités

Décembre 2016 : Soutenance des thèses d'Elodie Cassan et Bastien Cazaux. Félicitations à tous les deux !

Octobre 2016 : Démarrage du projet ANR GENOSPACE porté par Stéphane Guindon.

Septembre 2016 : Confirmation de l’existence du dixième gène du VIH dans PNAS  (Cassan et al., PNAS, 2016).

Janvier 2016 : Le logiciel LSD (Least Squares Dating) fait la couverture de la revue "Systematic Biology" (To et al. Sys. Biol. 2016).

Mots-clés

Algorithmique du texte et des arbres, Combinatoire, Optimisation, Modélisation probabiliste et statistique, Classification, Phylogénie, Séquençage haut debit, Génomes, Transcriptomes, Protéomes, Cancer, Paludisme, VIH

Dernière mise à jour le 10/03/2017