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Plateformes en Informatique

Les plateformes informatique regroupent les développements logiciels produits par le laboratoire dans les domaines de la bioInformatique, de l’intelligence artificielle, de l’algorithmique et le calcul rapide et des sciences des données.

ATGC BioInformatique

Vincent LEFORT
Responsable technique
Stéphane GUINDON
Responsable scientifique
Eric RIVALS
Responsable scientifique

La plateforme ATGC, labellisée par IBiSA en 2010, est soutenue par des Projets d’Investissement d’Avenir : l’IFB (Institut Français de Bioinformatique), France Génomique et le Labex NUMEV. La plateforme est adossée à l’équipe de recherche MAB (Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique) et bénéficie également des recherches réalisées au sein de l’IBC (Institut de Biologie Computationelle).

La plateforme a la triple vocation de diffuser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté montpelliéraine, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d’apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux.

La plateforme propose des formations tout au long de l’année. Retrouvez la liste sur le site ATGC.

Mots-clés: Bioinformatique, Phylogénétique, Séquençage.

Les outils sont accessibles en ligne gratuitement. Ils peuvent être téléchargés et/ou exécutés sur les clusters du LIRMM. Les outils distribués sur ATGC ont une très grande visibilité internationale, le logiciel PhyML (développé au sein de l’équipe MAB, et classé « Current Classic » depuis Octobre 2007 par Science Watch) a été cité plus de 15 000 fois (cf. Web of Science).

Site de la plateforme ATGC

Intelligence Artificielle

Alain GUTIERREZ
Responsable technique

La plateforme héberge les logiciels développés au laboratoire dans le domaine de l’intelligence artificielle, en particulier, dans le domaine de la représentation des connaissances et des raisonnements, dans le domaine des systèmes multi-agents et pour l’analyse et le traitement des données visuelles. Ces développements vont de la preuve de concept à la mise en production.

Mots-Clés: Représentation des connaissances, systèmes multi-agents.

Logiciels sous CeCILL Free Software License Agreement

  • GRAAL (GRAPHIK) est une boite à outils Java dédiée au stockage et à l’interrogation des bases de connaissances, dans le cadre des règles existentielles avec la langage Datalog+/-, CeCILL v2.1 license, 2015
  • MadKit (SMILE) est une plate-forme de développement multi-agents développé en Java. MaDKit est conçu pour construire facilement des applications distribuées et des simulations en utilisant le paradigme et les fonctionnalités multi-agents, CeCILL-C, 2017

Logiciels sans licence

  • DisChoco (COCONUT) est une plate-forme de bibliothèque Java pour le raisonnement sur contraintes distribuées (DCR), 2012
  • AOC poset builder (MAREL) est un outil de classification écrit en Java disponible également en ligne. Il permet de construire des AOC poset (ou sous-hiérarchie Galois), une sous structure du treillis de Galois, 2013
  • FCP-Miner (COCONUT) permet la localisation de fautes basée sur l’extraction de motifs ensemblistes sous contraintes, 2016
  • LocGenAOC (MAREL) génération locale d’AOC-poset, 2018
  • COGUI (GRAPHIK) est un logiciel développé en Java. Il permet de construire des bases de connaissances fondés sur les graphes, 2019
  • Constraint Acquisition Platform (COCONUT) permet  d’apprendre un réseau de contraintes à partir d’un ensemble d’exemples et d’une bibliothèque de contraintes., 2019
  • MorphoNet (ICAR) MorphoNet est un navigateur anatomique interactif pour les ensembles de données segmentées en 3D et 3D+t. Il fournit un ensemble d’outils pour explorer la structure, la dynamique et la variabilité des formes biologiques, des fossiles aux embryons en développement.

Algorithmique et Calcul Efficace

Cyril BOUVIER
Responsable technique

La plateforme apporte un support technique pour le développement de logiciels de calcul efficace qui permettent de rendre effectifs des résultats théoriques. Elle héberge des logiciels de calcul mathématique et des logiciels de traitement d’images.

Mots-Clés: Calcul mathématique, Calcul Efficace, Traitement d’images.

Logiciels sous GNU General Public License

  • LinBox (ECO) est une bibliothèque haute performance pour l’algèbre linéaire exacte, LGPL, 2012,
  • Mathemagix (ECO) est un logiciel libre pour l’algèbre et l’analyse, GNU General Public License, 2012,
  • SageMath (ECO) est un logiciel libre et gratuit de calcul mathématique, GPL, 2012,
  • CADO-NFS, An Implementation of the Number Field Sieve Algorithm (ECO) est une implémentation de l’algorithme de crible sur les corps de nombres (NFS) pour la factorisation d’entiers et le calcul de logarithmes discrets dans les corps finis, GNU Lesser General Public License
    v2.1 or later, 2017,
  • IBEX (COCONUT) est une bibliothèque C ++ pour le traitement de contraintes sur des nombres réels, GNU Lesser General Public License, 2019
  • FFLAS-FFPACK (ECO) est un ensemble de routines d’algèbre linéaire sur les corps finis, LGPL, 2019.

Logiciels sous CeCILL Free Software License Agreement

  • CGPE (DALI) est un générateur de code pour l’évaluation de polynômes, CeCILL v2, 2013
  • Givaro (ECO) est une bibliothèque C++ pour le calcul arithmétique et algébrique, CeCILL-B, 2017
  • OMSMO Software – Oriented Matroids for Shape Modeling (ALGCO) pour l’utilisation de matroïdes orientés pour des applications interdisciplinaires, CeCILL Free Software License Agreement v2.1, 2019.

Logiciels sans licence

  • PerPI (DALI) est un outil d’analyses et de mesures de performance de parallélisation d’instructions, 2014
  • Reproductible Software (DALI) est un logiciel d’algèbre linéaire efficace et précis, 2015
  • Traitement d’images (ICAR) est un ensemble de logiciels en libre-accès pour le traitement d’images en ligne, 2017
  • SOFA (ICAR)  est un framework dédié à la recherche, au prototypage et au développement de simulations basées sur la physique, 2019
  • Medical Image Segmentation Tool (ICAR) est un outil de segmentation des images médicales, 2019

Sciences des données

Joel MAIZI
Responsable technique

La plateforme apporte un support technique pour le développement de logiciels pour analyser des grandes bases de données et en extraire de nouvelles connaissances, pour analyser le langage naturel ou pour gérer des données scientifiques.

Mots-Clés: Ontologies, Analyse de données, Gestion de données

Logiciels sous Creative Common License

  • FEEL: a French Expanded Emotion Lexicon (ADVANSE) est un lexique français contenant plus de 14 000 mots distincts exprimant des émotions et des sentiments, Creative Commons Attribution Non Commercial 4.0, 2016
  • AgroPortal (FADO) est un portail d’ontologies agronomiques  qui permet de mettre en ligne, parcourir et télécharger des ontologies, ainsi que d’annoter des textes à partir de ces ontologies ou de créer des mappings entre les ontologies, Creative Commons, 2016
  • SIFR BioPortal (FADO) est un portail d’ontologies biologiques qui permet de mettre en ligne, parcourir et télécharger des ontologies, ainsi que d’annoter des textes à partir de ces ontologies ou de créer des mappings entre les ontologies, Creative Commons, 2016
  • SumGra: Mining Frequent Subgraphs in Multigraphs (ADVANSE), est une nouvelle approche d’extraction par sous-graphes qui peut être appliquée aux multigraphes, Creative Commons Attribution Non Commercial 3.0, 2017
  • The MultiStream Implementation: A Multiresolution Streamgraph Approach to Explore Hierarchical Time Series (ADVANSE) est une nouvelle approche pour transmettre la structure hiérarchique des séries chronologiques multiples, Creative Commons Attribution Non Commercial Share Alike 4.0, 2019
  • JGetMove: Mining Multiple Movement Patterns (ADVANSE) est une version Java de l’algorithme GetMove, Creative Commons Attribution 3.0, 2019
  • AttentiveEmocontext System at SemEval-2019 Task 3 for Emotional Classification in short Conversation (ADVANSE) pour la classification émotionnelle, Creative Commons Attribution Non Commercial 3.0, 2019
  • Temporal Mood Variation: at the CLEF eRisk-2018 (ADVANSE) permet de modéliser la variation temporelle de l’humeur détectée à partir des messages des utilisateurs, Creative Commons Attribution Non Commercial 3.0, 2019
  • LogMagnet (ZENITH) est un logiciel d’analyse des données de streaming, et en particulier des données de log, Creative Commons Attribution 2.0, 2019

Logiciels sous GNU General Public License

  • Shared-data Overlay Network (SON) (ZENITH) est une plateforme de développement open source pour les réseaux P2P utilisant des services web, GNU Library General Public License v2 or later, 2014
  • WebSmatch (ZENITH) est un environnement d’intégration de sources de données hétérogènes du web. Il est utilisé par la société Data Publica dans sa chaine de traitement d’open data, et par nos partenaires IBC (CIRAD et IRD), GNU Lesser General Public License v2.1 only, 2014, LinearOne (TEXTE), GNU Lesser General Public License v3.0 only, 2016
  • Triton Server (ZENITH) est un serveur pour la gestion des données graphiques et des applications pour les réseaux sociaux mobiles, GNU Lesser General Public License v2.1 or later, 2017
  • SAVIME (Simulation And Visualization IN-Memory) (ZENITH) est un système de type SGBD qui stocke les données sous forme de tableaux multidimensionnels typés. Il est conçu pour faciliter l’interrogation et la visualisation des données de simulation numérique, GNU General Public License v3.0 only, 2017
  • SciFloware (ZENITH) est conçu pour être un middleware pour l’exécution de workflows sur différents systèmes et logiciels, GNU Library General Public License v2 or later, 2017
  • Grail (TEXTE) comprend un ensemble de démonstrateurs de théorèmes pour les grammaires modernes de type logique, GNU Lesser General Public License v3.0 or later, 2018
  • Grail Light (TEXTE) comprend un ensemble de démonstrateurs de théorèmes pour les grammaires modernes de type logique. Il inclut un analyseur à spectre large spécialisé sur la langue française, ainsi que des démonstrateurs de théorèmes généralistes pour concevoir des grammaires de langues naturelles, GNU Lesser General Public License v3.0 or later, 2019

Logiciels sous CeCILL Free Software License Agreement

  • OpenAlea  est un système de gestion de workflows scientifiques permettant la modélisation, la simulation et l’analyse, dans le domaine de l’architecture des plantes,CeCILL-C Free Software License Agreement, 2019

Logiciels sous autres licences

  • FP-Hadoop (ZENITH) est une amélioration du framework Hadoop, Apache License 2.0, 2016
  • Imitates (ZENITH) est un outil d’indexation de séries temporelles de très grandes tailles, Apache License 2.0, 2019
  • CloudMdsQL (ZENITH) est un système dit polystore, avec un langage fonctionnel SQL capable d’interroger plusieurs data stores hétérogènes (SGBD relationnel, NoSQL, HDFS, etc.) , MIT License, 2016
  • DfAnalyzer (ZENITH) fournit des analyses de flux de fichiers et d’éléments de données basées sur une abstraction de flux de données, MIT License, 2018
  • Museval (ZENITH) est un package python pour évaluer les résultats de la séparation des sources en utilisant l’ensemble de données MUSDB18 (MUSDB18 est un ensemble de 150 pistes musicales complètes (durée ~10h)), MIT License, 2018
  • Snoop (ZENITH) est une bibliothèque généraliste en C++ dédiée à la gestion de données et à la recherche efficace de similarités, licence propriétaire, 2019

Logiciels sans licence

  • Pl@ntNet (ZENITH) est un projet de sciences participatives accessible sous forme d’application qui vous aide à identifier des plantes à partir de vos photos.
  • The PlantGame (ZENITH) est un jeu participatif ayant pour finalité la production de grandes masses de données taxonomiques en vue d’améliorer notre connaissance de la biodiversité. L’intérêt du jeu est double: •s’initier, s’entrainer ou se perfectionner à la pratique de la botanique tout en s’amusant (avec un principe de montée en compétence) et• participer à un projet de science participative de grande ampleur sur la biodiversité.
  • PlantRT, (ZENITH) est une plateforme distribuée de partage de contenu, permettant la recherche de mots clés pour l’observation des plantes et la recommandation basée sur la position GPS, 2014
  • Yam++ (FADO) est un outil d’alignement d’ontologies, 2019
  • LEGATO (FADO) est un système automatique et open source permettant de relier des graphes de connaissances RDF hétérogènes et divers. Legato permet de réduire les efforts de configuration de l’utilisateur en implémentant des méthodes efficaces de filtrage de données et de représentation d’instances. En particulier, le système est capable de lever des ambiguïtés entre instances distinctes mais très similaires dans leur description, 2019
  • Claims Explorer (FADO) est un moteur de recherche qui permet de naviguer dans le graphe de connaissance ClaimsKG qui rassemble des informations sur une grande quantité d’assertions et leur meta-données extraites à partir de sites de fact-checking de référence, 2019
  • Coda (FADO) est un prototype d’application Web utilisé pour valider facilement et rapidement des liens d’identité (de type owl:sameAs) manuellement. L’outil peut être utilisé par les développeurs d’ontologies ou les curateurs de jeux de données pour sélectionner manuellement les liens générés automatiquement, 2019
  • Jeux de Mots (TEXTE) est un outil logiciel en ligne visant à construire un grand réseau lexico-sémantique du français. Cet outil est composée de plusieurs jeux (GWAP – games with a purpose) et d’environnements contributifs, 2019
  • Hadoop_g5k (ZENITH) est un dépôt contenant des scripts visant à faciliter le déploiement et l’évaluation expérimentale de projets basés sur hadoop dans Grid5000, 2019
  • SmartFlore (ZENITH) est une application pour l’identification des plantes, 2019
  • Chiaroscuro (ZENITH) est une nouvelle solution de préservation de la vie privée pour regrouper les séries chronologiques personnelles diffusées massivement, 2019