Une partie de l’équipe MAB s’intéresse aux processus gouvernant l’évolution à l’échelle moléculaire. En particulier, nous nous focalisons sur les mécanismes agissant à différentes échelles : du génome à celle d’un gène, d’espèces de parentés évolutives éloignées à une même population. Des algorithmes et méthodes statistiques originaux sont développés pour mieux comprendre les processus ayant générés les données observées.
- l’élucidation des mécanismes de réarrangement génomique au cours de l’évolution,
- la reconstruction de réseaux phylogénétiques a partir de l’analyse d’importants volumes de données,
- les analyses en métagénomique s’appuyant sur une approche phylogénétique,
- la prédiction d’orthologues et l’annotation automatique de gènes aidées par la phylogénie,
- l’utilisation de séquences génétiques comme marqueurs d’événements passés, tels que la transmission virale,
- la compréhension des forces gouvernant la distribution spatiale d’espèces/de populations contemporaines,
- l’utilisation de la phylogénie pour améliorer les techniques d’assemblage de génomes.
- algorithmes pour reconstruire les réarrangements génomiques prenant en compte la conformation de la chromatine,
- bases mathématiques et algorithmes pour l’inférence de réseaux phylogénétiques (ex. identifiabilité des paramètres, exploration de l’espace des solutions, etc),
- inférence bayésienne suivant le modèle Lambda-Fleming-Viot spatial,
- heuristiques pour la reconstruction rapide d’arbres suivant le principe du maximum de vraisemblance,
- algorithmes pour la comparaison et la réconciliation d’arbres multiples
- inférence en phylogénomique à partir de distances entre gènes/genomes
- CompPhy: une plateforme collaborative pour comparer les phylogénies
- Sylvx: un outil graphique pour visualiser et réconcilier les arbres
- TreeDyn: visualisation et édition d’arbres
- ERaBLE: estimation efficace de vitesses d’evolution et de longueurs de branches en phylogénomique
- Alpha: analyse comparative de bactériophages
- PhyTime: estimation bayésienne de dates de divergence entre espèces
- FastME: inférence rapide et précise de phylogénies a partir de distances génétiques
- LSD: datation moleculaire a partir de distances genetiques
- SMS: sélection rapide de modèles de substitution
- scriptree: un langage de script pour le graphisme phylogénétique
- phylotype: projection et analyse de traits d’histoire de vie sur une phylogenie
- PhyREX : inférence suivant le coalescent structuré avec une distribution spatiale continue des individus
- PhyML: reconstruction d’arbres par maximum de vraisemblance
- Mowgli: réconciliation d’arbres d’hôtes et de parasites
- ARt-DeCo: assemblage de génomes aide par la co-évolution
- Anne-Muriel Arigon Chifolleau
- Vincent Berry
- Fabio Pardi
- Annie Chateau
- Francois Chevenet
- Krister Swenson
- Vincent Lefort
- Stephane Guindon