L’équipe MAB développe des méthodes statistiques et des algorithmes pour comprendre les processus de l’évolution. Ces techniques s’appliquent à différentes échelles: du gène aux génomes; de la population aux espèces. Les outils proposés permettent aux biologistes de comprendre les mécanismes qui régissent la diversité du vivant et l’impact de facteurs environnementaux sur celle-ci.
- les mécanismes de réarrangement génomique au cours de l’évolution,
- la reconstruction de réseaux phylogénétiques,
- les analyses de métagénomique s’appuyant sur une approche phylogénétique,
- l’utilisation de séquences génétiques comme marqueurs d’événements passés, tels que la transmission virale,
- la compréhension des forces gouvernant la distribution spatiale d’espèces/de populations contemporaines,
- l’utilisation de la phylogénie pour améliorer les techniques d’assemblage de génomes.
- reconstruction des réarrangements génomiques prenant en compte la conformation de la chromatine,
- bases mathématiques et algorithmes pour l’inférence de réseaux phylogénétiques (ex. identifiabilité des paramètres, exploration de l’espace des solutions, etc),
- inférence statistique suivant des modèles de génétique des populations incorporant la dimension spatiale
- heuristiques pour la reconstruction rapide d’arbres suivant le principe du maximum de vraisemblance,
- algorithmes pour la comparaison et la réconciliation d’arbres multiples
- inférence en phylogénomique à partir de distances entre gènes/genomes
- CompPhy: une plateforme collaborative pour comparer les phylogénies
- Sylvx: un outil graphique pour visualiser et réconcilier les arbres
- ERaBLE: estimation efficace de vitesses d’evolution et de longueurs de branches en phylogénomique
- Alpha: analyse comparative de bactériophages
- FastME: inférence rapide et précise de phylogénies a partir de distances génétiques
- LSD: datation moléculaire a partir de distances génétiques
- SMS: sélection rapide de modèles de substitution
- scriptree: un langage de script pour le graphisme phylogénétique
- phylotype: projection et analyse de traits d’histoire de vie sur une phylogénie
- PhyML: reconstruction d’arbres par maximum de vraisemblance
- EvoLaps: visualisation de reconstructions phylogéographiques
- AquaPony: visualisation et interprétation d’information phylogéographiques à partir de phylogénies
- EPIK: placement phylogénétique de séquences issues du metabarcoding (remplaçant de RAPPAS)
- SHERPA: identification de virus recombinants à partir de k-mers
- PEWO: collection de workflows pour l’évaluation d’outils de placement phylogénétique
- SnappNet: inférence par MCMC de réseaux phylogénétiques à partir de données bialléliques
- Anne-Muriel Arigon
- Vincent Berry
- Fabio Pardi
- Annie Chateau
- Francois Chevenet
- Krister Swenson
- Vincent Lefort
- Stephane Guindon