Le fonctionnement du laboratoire est assuré par différentes instances
Le Laboratoire est organisé en départements scientifiques qui comprennent des équipes de recherche (éventuellement communes à deux départements), et en services communs :
COMM : Communication
STI-AR : Appui à la recherche
LOG : Logistique
GEST-FI : Gestion financière
VALO : Valorisation-Europe-Incubation
GEST-ADM : Gestion administrative et Accueil
INDEx : Ingénierie Numérique Données Exploitation
DORIST : DOnnées Reproductibles et IST
OPALES : Organisation, Personnels, Accueil, Logistique Et Secrétariats