“PhyML est un logiciel d’analyse statistique qui permet de retracer l’évolution de gènes et parfois même de génomes complets. 56 génomes du Coronavirus nCov-2019 sont disponibles à ce jour (le 4 février 2020).
La reconstruction de l’arbre phylogénétique de ces virus (cad leur généalogie) par PhyML a permis de montrer (1,2) qu’un premier groupe d’individus a été contaminé  en décembre 2019 a Wuhan, suite a un unique évènement de zoonose, cad une transmission du virus de l’animal a l’homme. C’est également a partir de l’analyse phylogénétique que l’on a pu confirmer que les transmissions ultérieures se sont faites entre humains, excluant ainsi l’hypothèse de transmissions multiples a partir d’un pool d’animaux infectés.
PhyML est un logiciel conçu et développé par Stéphane Guindon et l’équipe de bioinformatique du LIRMM. Les articles (3,4) décrivant les algorithmes implémentés dans cet outil totalisent plus de 25,000 citations.”
Liens:
(1)http://virological.org/t/phylodynamic-analysis-56-genomes-05-feb-2020/356
(2)http://virological.org/t/temporal-signal-and-the-evolutionary-rate-of-2019-n-cov-using-47-genomes-collected-by-feb-01-2020/379
(3)https://academic.oup.com/sysbio/article/52/5/696/1681984
(4)https://academic.oup.com/sysbio/article/59/3/307/1702850
(5)https://ins2i.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/phyml-un-logiciel-pour-remonter-la-piste-du-coronavirus