Félicitations à Stéphane Guindon pour son article intitulé “Accounting for spatial sampling patterns in Bayesian phylogeography” paru dans le PNAS.
La phylogéographie est la discipline qui se concentre sur l’analyse de séquences génétiques géo-reférencées. Les lieux échantillonnés, c’est-à-dire les endroits où du matériel génétique est récolté, sont parfois choisis en fonction de contraintes logistiques (certains lieux sont plus faciles d’accès que d’autres, certains pays génèrent plus de données que d’autres, etc.).
Dans d’autres cas, l’échantillonnage est effectué en proportion de la densité de la population sous-jacente, voire même parfois de manière exhaustive. Nos travaux montrent qu’ignorer ces éléments de modélisation conduit à sur-estimer la précision des estimations de paramètres cruciaux en phylogéographie. Nous décrivons également ici un nouveau modèle stochastique ainsi qu’un algorithme pour l’inférence bayésienne suivant ce modèle, qui permet d’inférer les paramètres de manière efficace.
Pour plus d’informations : https://www.nature.com/articles/s43588-022-00194-4
